+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 116d | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF THE A-DNA DODECAMER D(CCGTACGTACGG): CHOICE OF FRAGMENT HELICAL AXIS | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() Bingman, C.A. / Zon, G. / Sundaralingam, M. | ![]() ![]() タイトル: Crystal and molecular structure of the A-DNA dodecamer d(CCGTACGTACGG). Choice of fragment helical axis. 著者: Bingman, C.A. / Zon, G. / Sundaralingam, M. #1: ![]() タイトル: Crystal and Molecular Structure of the Alternating Dodecamer d(GCGTACGTACGC) in the A-DNA Form: Comparison with the Isomorphous Non-Alternating Dodecamer d(CCGTACGTACGG) 著者: Bingman, C.A. / Jain, S. / Zon, G. / Sundaralingam, M. 履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 16.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 9.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 365.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 368.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.09 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
---|---|
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS / 検出器: OSCILLATION CAMERA |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.5 Å / Num. all: 4971 / Num. obs: 1664 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Observed criterion σ(I): 2 / Num. measured all: 4971 / Rmerge(I) obs: 0.04 |
-
解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.5→8 Å / σ(F): 2 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine Biso |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |