PDB-111d: CRYSTAL STRUCTURE AND STABILITY OF A DNA DUPLEX CONTAINING A(ANTI...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 111d

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE AND STABILITY OF A DNA DUPLEX CONTAINING A(ANTI).G(SYN) BASE-PAIRS

要素

DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*GP*GP*CP*G)-3')

キーワード

DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / MISMATCHED

機能・相同性

DNA / DNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Brown, T. / Leonard, G.A. / Booth, E.D. / Chambers, J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystal structure and stability of a DNA duplex containing A(anti).G(syn) base-pairs.
著者: Brown, T. / Leonard, G.A. / Booth, E.D. / Chambers, J.

履歴

登録	1993年1月4日	登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1993年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	111d.cif.gz	21.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb111d.ent.gz	13.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	111d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	111d_validation.pdf.gz	323.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	111d_full_validation.pdf.gz	334.3 KB	表示
XML形式データ	111d_validation.xml.gz	2.8 KB	表示
CIF形式データ	111d_validation.cif.gz	3.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/11/111d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/11/111d	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1d77-d 9bna-d 1ilc-3 3gjj-d 1g8v-d 285d-d 265d-d 5cjy-d 2bna-d 4pwm-d 4itd-d 5xuv-d 150d-d 388d-d 3u08-d 4hli-d 264d-d 298d-d 328d-d 1eel-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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類似性 (1)
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登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*GP*GP*CP*G)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*GP*GP*CP*G)-3')

7.37 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	25.230, 41.160, 65.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPCPAPAPAPTPTPGPGPCPG)-3') 分子量: 3687.417 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.25 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: pH 6.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.00K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	MPD	1	1
3	NA CACODYLATE	1	1
4	MGCL2	1	1
5	SPERMINE	1	1

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃ / pH: 6.6 / 手法: unknown

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	0.5 mM	DNA	1
2	50 mM	sodium cacodylate	1	2
3	20 mM	magnesium chloride	1	2
4	1.0 mM	spermine	1	2
5	18 %(v/v)	MPD	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 277 K
検出器	タイプ: STOE-SIEMENS AED2 / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	最高解像度: 2.25 Å / Num. obs: 2840 / Observed criterion σ(F): 1
反射	PLUS 最高解像度*: 2.25 Å

-
解析

ソフトウェア

名称: NUCLSQ / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2.25→8 Å / σ(F): 2 /

	R_factor	反射数
obs	0.16	2262

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	詳細	Treatment
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	490	0	62	552

ソフトウェア

*PLUS

名称: NUCLSQ / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.25 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / R_factor obs: 0.16

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ
X-RAY DIFFRACTION	n_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	n_angle_d

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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