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- EMDB-9990: Supercomplex for electron transfer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9990
タイトルSupercomplex for electron transfer
マップデータ
試料
  • 複合体: Cylic electron transfer supercomplex from cyanobacteria
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
  • リガンド: x 8種
キーワードSupercomplex / cyanobacteria / cyclic electron transport / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH dehydrogenase complex / transmembrane transporter complex / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / ubiquinone binding / electron transport coupled proton transport / NADH dehydrogenase activity ...トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH dehydrogenase complex / transmembrane transporter complex / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / ubiquinone binding / electron transport coupled proton transport / NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / endomembrane system / aerobic respiration / NAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase-like complex, subunit S / NAD(P)H dehydrogenase subunit S / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chloroplast chain 5, C-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O / NADH-dehyrogenase subunit F, TMs, (complex I) C-terminus / Cyanobacterial and plant NDH-1 subunit O / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N / NADH-quinone oxidoreductase chain 4 ...NADH dehydrogenase-like complex, subunit S / NAD(P)H dehydrogenase subunit S / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chloroplast chain 5, C-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O / NADH-dehyrogenase subunit F, TMs, (complex I) C-terminus / Cyanobacterial and plant NDH-1 subunit O / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N / NADH-quinone oxidoreductase chain 4 / Cyanobacterial and plastid NDH-1 subunit M / NADH dehydrogenase transmembrane subunit / NADH-quinone oxidoreductase cyanobacterial subunit N / NADH-plastoquinone oxidoreductase, subunit I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, N-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 N-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / NADH:ubiquinone oxidoreductase / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, TM / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N / NADH dehydrogenase subunit 5 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4 1 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L / NADH-quinone oxidoreductase subunit J ...NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N / NADH dehydrogenase subunit 5 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4 1 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L / NADH-quinone oxidoreductase subunit J / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1 / Tlr0636 protein / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O / Proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit P NdhP / Proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit Q NdhQ
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Pan X / Cao D
資金援助 中国, 9件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (China)2017YFA0503702 中国
Ministry of Science and Technology (China)2017YFA0504700 中国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0502900 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08020302 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08030204 中国
Chinese Academy of SciencesXDB27020106 中国
Chinese Academy of SciencesQYZDB-SSW-SMC005 中国
National Natural Science Foundation of China31770778 中国
National Natural Science Foundation of China31600609 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for electron transport mechanism of complex I-like photosynthetic NAD(P)H dehydrogenase.
著者: Xiaowei Pan / Duanfang Cao / Fen Xie / Fang Xu / Xiaodong Su / Hualing Mi / Xinzheng Zhang / Mei Li /
要旨: NAD(P)H dehydrogenase-like (NDH) complex NDH-1L of cyanobacteria plays a crucial role in cyclic electron flow (CEF) around photosystem I and respiration processes. NDH-1L couples the electron ...NAD(P)H dehydrogenase-like (NDH) complex NDH-1L of cyanobacteria plays a crucial role in cyclic electron flow (CEF) around photosystem I and respiration processes. NDH-1L couples the electron transport from ferredoxin (Fd) to plastoquinone (PQ) and proton pumping from cytoplasm to the lumen that drives the ATP production. NDH-1L-dependent CEF increases the ATP/NADPH ratio, and is therefore pivotal for oxygenic phototrophs to function under stress. Here we report two structures of NDH-1L from Thermosynechococcus elongatus BP-1, in complex with one Fd and an endogenous PQ, respectively. Our structures represent the complete model of cyanobacterial NDH-1L, revealing the binding manner of NDH-1L with Fd and PQ, as well as the structural elements crucial for proper functioning of the NDH-1L complex. Together, our data provides deep insights into the electron transport from Fd to PQ, and its coupling with proton translocation in NDH-1L.
履歴
登録2019年7月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月12日-
マップ公開2020年2月12日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6khj
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9990.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9990.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 400 pix.
= 416. Å		1.04 Å/pix.
x 400 pix.
= 416. Å		1.04 Å/pix.
x 400 pix.
= 416. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.137655 - 0.38314354
平均 (標準偏差)0.0003497507 (±0.007646633)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-200-200-200
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 416.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z416.000416.000416.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-200-200-200
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.1380.3830.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cylic electron transfer supercomplex from cyanobacteria

全体名称: Cylic electron transfer supercomplex from cyanobacteria
要素
  • 複合体: Cylic electron transfer supercomplex from cyanobacteria
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4 1
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit J
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O
    • タンパク質・ペプチド: proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit P
    • タンパク質・ペプチド: proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit Q
    • タンパク質・ペプチド: Tlr0636 protein
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

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超分子 #1: Cylic electron transfer supercomplex from cyanobacteria

超分子名称: Cylic electron transfer supercomplex from cyanobacteria
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#18
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)

+
分子 #1: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 40.565984 KDa
配列文字列: MESGIDLQGQ FISALQSLGL SHDLAKLLWL PLPMLMMLIV ATVGVLVAVW LERKISAAVQ QRIGPEYIGP LGILAPLADG LKLIFKEDV LPANSDRWLF TLGPAVVVIP VFLSYIIVPF GQNLLISNLA MGVFLWIALS SIAPIGLLMA GYASNNKYSL L GGLRAAAQ ...文字列:
MESGIDLQGQ FISALQSLGL SHDLAKLLWL PLPMLMMLIV ATVGVLVAVW LERKISAAVQ QRIGPEYIGP LGILAPLADG LKLIFKEDV LPANSDRWLF TLGPAVVVIP VFLSYIIVPF GQNLLISNLA MGVFLWIALS SIAPIGLLMA GYASNNKYSL L GGLRAAAQ SISYEIPLAL AVLAVAMMSN GLGTVEIVEQ QSQYGILSWN VWRQPIGFLV FWIAALAECE RLPFDLPEAE EE LVAGYQT EYAGMKFALF YLGAYVNLVL SALLVSVLYF GGWSFPIPLE TIANLLGVSE TNPFLQIAFA VLGITMTLIK AYF FVFLAI LLRWTVPRVR IDQLLDLGWK FLLPVGLVNL LLTAGLKLAF PVAFGG

UniProtKB: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1

+
分子 #2: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 55.168543 KDa
配列文字列: MDLVTLAGQL NAGTILPETI LIVTLLVVLL ADLIQGRQAD RWTPYFAIVG LGGAIATMIP LWTQPATISF FGSFISDHLS LFFRGLIAL SALGTILMSI RYVEQTGSSL GEFMTILLTA TVGGMFIAGA QELVFIFVAL ETLSIASYLL TGYTKRDSRS N EAALKYLL ...文字列:
MDLVTLAGQL NAGTILPETI LIVTLLVVLL ADLIQGRQAD RWTPYFAIVG LGGAIATMIP LWTQPATISF FGSFISDHLS LFFRGLIAL SALGTILMSI RYVEQTGSSL GEFMTILLTA TVGGMFIAGA QELVFIFVAL ETLSIASYLL TGYTKRDSRS N EAALKYLL IGAASSAIFL YGSSLLYGLS GGHTQLPAIA QALSSESLGL VVALVFVIAG ISFKISAVPF HQWTPDVYEG AP TPVVAFL SVGSKAAGFA LAIRFLTLAF PSVTDQWQLI FTVLAILSMI LGNVVALAQT SMKRMLAYSS IGQAGFVMIG FVV GTEAGY ASMLFYLLVY LFMNLGAFTC VILFSLRTGT DQISEYAGLY QKDPLLTLGL SLCLLSLGGI PPLAGFFGKI YLFW AGWQA GAYGLVLLGL LTSVISIYYY IRVVKMMVVK EPQEMSEAVR NYPEVSWSSF GLRPLQVGLV MTVIATSLAG ILANP LFNL VNTAVWDVPQ LANQPTVMEV AYQALSPAGK S

UniProtKB: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2

+
分子 #3: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 15.013919 KDa
配列文字列:
MVAIPRLRDT ATVFVLSGYE YFLGFLIICS LVPVLALAAS ALLRPKSGRM IRLTTYESGM EPIGGAWIQF NVRYYMFALV FVIFDVETV FLYPWAVAFH QLGLLAFIEA LIFIAILVVA LVYAWRKRAL EWS

UniProtKB: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3

+
分子 #4: NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4 1

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 57.847504 KDa
配列文字列: MSTFPWLTTI ILFPIVAALA IPFIPDPTGK GRPIRWYALA VGLIDFALIV YAFTNFYDLN TPGMQLWESY DWIPEIGLRW SVGADGLSM PLILLTGFIT TLAILAAWPV TLKPRLFYFL MLAMYGGQIA VFAVQDMLVF FLAWELELIP VYLLLAIWGG H KRQYAATK ...文字列:
MSTFPWLTTI ILFPIVAALA IPFIPDPTGK GRPIRWYALA VGLIDFALIV YAFTNFYDLN TPGMQLWESY DWIPEIGLRW SVGADGLSM PLILLTGFIT TLAILAAWPV TLKPRLFYFL MLAMYGGQIA VFAVQDMLVF FLAWELELIP VYLLLAIWGG H KRQYAATK FILYTAGSSL FILVAGLAMA FYGDTVSFDM QTLAAKDYAL GFQLLVYAGF LVAYGVKLPI VPLHTWLPDA HG EATAPVH MLLAGILLKM GGYALIRMNV DMLPAAHAKF APVLVILGVV NIIYAALTSY AQRNLKRKIA YSSISHIGFV LIG IASFTN LGMSGAVLQM VSHGLIGASL FFLVGATYDR THTLILEEMG GVGQKMKKIF AMFTACSLAS LALPGMSGFV AELM VFIGF ATSDAYSLPF RVIVVFLAAV GVILTPIYLL SMLREIFYGP ENKELVEHEA LVDAEPREVF IIACLLVPII GIGLY PKLL TQIYDATTGQ VIARAREVLP TLAQQTEQPL GILPMVAPQL KANAQ

UniProtKB: NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4 1

+
分子 #5: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 11.140265 KDa
配列文字列:
MQLTYVLILA ALLFCIGIYG LVTSRNAVRV LMSIELLLNA VNLNLIGFAN YLDGQQIKGQ VFAVFVITVA AAEAAVGLAI ILAIYRNRD TVDMEKFNLL KW

UniProtKB: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L

+
分子 #6: NADH dehydrogenase subunit 5

分子名称: NADH dehydrogenase subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 72.025352 KDa
配列文字列: MEPLYQYAWL IPVLPLLGAL IVGFGLIAFS ETTSKLRRPS AIFIMALMAI AMGHSLTLFW SQVQGHLPYT QMIEWAAAGN LHIAMGYVI DPLAALMLVI VTTVAFLVML YSDGYMAHDP GYVRFFAYLS LFGSSMLGLV VSPNLVQVYI FWELVGMCSY L LIGFWYDR ...文字列:
MEPLYQYAWL IPVLPLLGAL IVGFGLIAFS ETTSKLRRPS AIFIMALMAI AMGHSLTLFW SQVQGHLPYT QMIEWAAAGN LHIAMGYVI DPLAALMLVI VTTVAFLVML YSDGYMAHDP GYVRFFAYLS LFGSSMLGLV VSPNLVQVYI FWELVGMCSY L LIGFWYDR KSAAEAAQKA FVTNRVGDFG LLLGMVGLFW ATGTFDFAGM GDRLTELVNT GLLSPSLAAI LAILVFLGPV AK SAQFPLH VWLPDAMEGP TPISALIHAA TMVAAGVFLI ARMFPVFEQL PQVMTTIAWT GAFTAFMGAT IAITQNDIKK SLA YSTISQ LGYMVMGMGV GAYSAGLFHL MTHAYFKAML FLGSGSVIHS MEGVVGHNPD LAQDMRYMGG LRKYMPITGA TFLV GCLAI SGVPPFAGFW SKDEILGAVF HANPAMWLLT WLTAGLTAFY MFRMYFMTFE GKFRNVPPER QEHHDHHSHH AAVPH ESPW TMTLPLVVLA IPSTLIGFVG TPFNNLFEVF IHAPGEEKVA EHAVDLTEFL ILGGSSVGIG LMGITVAYLM YLKGTP SPQ AIAKAIQPLY QFSLHKWYFD ELYEAVFIKG CRRLARQVLE VDYNVVDGVV NLTGFVTMVT GEGLKYLQNG RAQFYAL IV LLAVLGFVIF SVQT

UniProtKB: NADH dehydrogenase subunit 5

+
分子 #7: NADH-quinone oxidoreductase subunit J

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 21.580568 KDa
配列文字列: MDLATLTQTI TFFALAAAVI IAALGVVLLD NVVYSAFLLG GVFLSIAGLY ILMNADFVSA AQILIYVGAV NVLILFAIML VNKRETYTP VPGRWLRQGG AAVVSLGVFA LLTKMILQTP WQLSSVPPTP DSITTIGQHF FSDFLLPFEL ASVLLLMALI G AVVLARRE ...文字列:
MDLATLTQTI TFFALAAAVI IAALGVVLLD NVVYSAFLLG GVFLSIAGLY ILMNADFVSA AQILIYVGAV NVLILFAIML VNKRETYTP VPGRWLRQGG AAVVSLGVFA LLTKMILQTP WQLSSVPPTP DSITTIGQHF FSDFLLPFEL ASVLLLMALI G AVVLARRE LVLEPEPILG EEVVPPLELP ERPREPVALS EK

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit J

+
分子 #8: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 45.271184 KDa
配列文字列: MPKIETRTEP MVINMGPHHP SMHGVLRLMV TLDGEDVIDC EPVIGYLHRG MEKIAENRTN IMFIPYVSRW DYAAGMFNEA VTVNAPEKL AGIPVPKRAS YIRVIMLELN RIANHLLWLG PFLADVGAQT PFFYIFRERE YIYDLFEAAT GMRFINNNYF R IGGVAADL ...文字列:
MPKIETRTEP MVINMGPHHP SMHGVLRLMV TLDGEDVIDC EPVIGYLHRG MEKIAENRTN IMFIPYVSRW DYAAGMFNEA VTVNAPEKL AGIPVPKRAS YIRVIMLELN RIANHLLWLG PFLADVGAQT PFFYIFRERE YIYDLFEAAT GMRFINNNYF R IGGVAADL TYGWVTKCRD FCDYFLPKVD EYERLITNNP IFVRRLQGVG KISREEAINW GLSGPMLRAS GVKWDLRKVD HY ECYDDFD WDVPVATEGD CLARYIVRIQ EMRESVKIIR QALDGLPGGP YENLEAKRML EGAKSEWNGF DYQYIGKKLS PTF KIPKGE HYVRVESGKG ELGIYLIGDD NVFPWRWKIR PPDFNNLQVL PQLLKGMKVA DIVAILGSID VIMGSVDR

UniProtKB: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H

+
分子 #9: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 22.444801 KDa
配列文字列: MKFLNQITNY AKEAVQSAKY IGQGLSVTFD HMRRRPITVQ YPYEKLIPSE RFRGRIHFEF DKCIACEVCV RVCPINLPVV DWVFNKELK KKELKHYSID FGVCIFCANC VEYCPTNCLS VTEEYELATY DRHELNYDSV AMGRIPYKVT QDPMVTPIRE F AYLPAGVM ...文字列:
MKFLNQITNY AKEAVQSAKY IGQGLSVTFD HMRRRPITVQ YPYEKLIPSE RFRGRIHFEF DKCIACEVCV RVCPINLPVV DWVFNKELK KKELKHYSID FGVCIFCANC VEYCPTNCLS VTEEYELATY DRHELNYDSV AMGRIPYKVT QDPMVTPIRE F AYLPAGVM SGHDLPAGAQ RAGERPEAIA NTAKSSEN

UniProtKB: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I

+
分子 #10: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 19.363789 KDa
配列文字列:
MSDTPEAPIV EAGPVGRLLQ SQNLSVESLG RDASGVEMIK VDRDRLLAVC QTLYADGFNY LRCQAAYDSG PGQDLVSTYH LIKLSDNAD RPPEVRIKVF VPRDDPRVPS VYWIWKTADW QERESYDMFG IVYEGHPNLK RILMPEDWVG WPLRKDYITP D FYELQEAY

UniProtKB: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J

+
分子 #11: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 25.766998 KDa
配列文字列: MTNTTSPAIL NPIARPEVPQ ELAENIILTS LNDVYDWARL SSLWPLMYGT ACCFIEFAAM IGSRFDFDRF GLVPRNSPRQ ADLIITSGT ITMKMAPALV RLYEQMPSPK YVIAMGACTI TGGMFSSDSY SAVRGVDKLI PVDVYLPGCP PRPEAIMDAI V KLRKKIAN ...文字列:
MTNTTSPAIL NPIARPEVPQ ELAENIILTS LNDVYDWARL SSLWPLMYGT ACCFIEFAAM IGSRFDFDRF GLVPRNSPRQ ADLIITSGT ITMKMAPALV RLYEQMPSPK YVIAMGACTI TGGMFSSDSY SAVRGVDKLI PVDVYLPGCP PRPEAIMDAI V KLRKKIAN EHINERGNLA QTHRLFTAKH KMKPVPPILT GQYLNAPSRQ APPPALAAAM GIAVPALGEA VSETTSVAE

UniProtKB: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K

+
分子 #12: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 8.575137 KDa
配列文字列:
MAVSTELLVL GVYGALAGLY LLVVPAIVYA YLNARWYVAS SFERAFMYFL VTFFFPGLLL LAPFINFRPQ PRSLNS

UniProtKB: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L

+
分子 #13: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 12.584056 KDa
配列文字列:
MLLKSTTRHV HIYAGHVVDG EVHPDTETLT LNVDPDNELE WNEAALAKVE AKFRELVANA AGEDLTEYNL RRIGSDLEHF IRSLLMQGE IGYNLNSRVR NYSLGIPRVN HS

UniProtKB: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M

+
分子 #14: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 16.656182 KDa
配列文字列:
MGLLAGYQFV KDLESAGALA LFVPPEGGFE GRYQRRLRSK GYTTLPMSAP GLGDLAAYLT QEHGIRPAHT GKEDIRVYFQ PPLVTYHLE NLPPNAKGLV LWLIDGKRLS KQEFAYLAQL TQTLPKFKVV VEVGGDRVVR WEPLADWVAA A

UniProtKB: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N

+
分子 #15: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 7.877076 KDa
配列文字列:
MAIKKGDLVK VVAEKLANSL EALASDHRYP PYLFEGRGEV VDIRGDYAQI KFPVPTPTVW LRLDQLEVAQ

UniProtKB: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O

+
分子 #16: proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit P

分子名称: proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit P
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 4.878649 KDa
配列文字列:
MDAVISVKPI LLAMTPVFIL LCLFFGTRNG FYDTDQYHGN GSAH

+
分子 #17: proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit Q

分子名称: proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit Q
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 4.858724 KDa
配列文字列:
MATDFNRGIM KFDGADSPAM IAISAVLILG FIAALIWWAL HTAYA

+
分子 #18: Tlr0636 protein

分子名称: Tlr0636 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 12.462559 KDa
配列文字列:
MIRPIADTYP LLPLSKAQMG QRQEIINSHK RLWDKTMATD LIMTILPGMT VKVTNPNDTY YQFQGIVQRI TDGKVAVLFE GGNWDKLVT FQASELEPVV VTPKEKAKAK K

UniProtKB: Tlr0636 protein

+
分子 #19: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #20: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #21: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 3 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #22: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 6 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #23: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 2 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #24: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 1 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #25: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 2 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #26: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 187788
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る