EMDB-9951: Core region of dimeric ATM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-9951

タイトル

Core region of dimeric ATM

マップデータ

試料

細胞器官・細胞要素: Core region of dimeric ATM

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.03 Å

データ登録者

Xiao J / Liu M / Qi Y / Yuriy C / Xu Y

引用

ジャーナル: Cell Res / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the activation of ATM kinase.
著者: Jianxiong Xiao / Mengjie Liu / Yilun Qi / Yuriy Chaban / Chao Gao / Beiqing Pan / Yuan Tian / Zishuo Yu / Jie Li / Peijun Zhang / Yanhui Xu /

履歴

登録	2019年6月16日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2019年12月25日	-
マップ公開	2019年12月25日	-
更新	2019年12月25日	-
現状	2019年12月25日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

ムービー	表面図（断面を密度値に従い着色）表面レベル: 0.016 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード表面図（円筒半径に従い着色）表面レベル: 0.016 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像	emd_9951.png

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EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_9951.map.gz	4.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-9951-v30.xml emd-9951.xml	7.9 KB 7.9 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_9951.png	54.6 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9951 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9951	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_9951_validation.pdf.gz	78.4 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_9951_full_validation.pdf.gz	77.5 KB	表示
XML形式データ	emd_9951_validation.xml.gz	493 B	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9951 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9951	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9949C 9950C 6k9kC 6k9lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	12563 6wtu-d 4ziq-1 6lu9-d 6wtv-d 6ro4-d 4w9m-d 4dag-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_9951.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.62 Å/pix. x 256 pix. = 414.72 Å	1.62 Å/pix. x 256 pix. = 414.72 Å	1.62 Å/pix. x 256 pix. = 414.72 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.62 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.016 / ムービー #1: 0.016
最小 - 最大	-0.06294137 - 0.11015883
平均 (標準偏差)	0.000124683 (±0.0024660155)

対称性

空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Origin	0	0	0
サイズ	256	256	256
Spacing	256	256	256

セル

A=B=C: 414.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップヘッダ情報:

mode	Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z	1.62	1.62	1.62
M x/y/z	256	256	256
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	414.720	414.720	414.720
α/β/γ	90.000	90.000	90.000
start NX/NY/NZ	0	0	0
NX/NY/NZ	28	10	48
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	0	0	0
NC/NR/NS	256	256	256
D min/max/mean	-0.063	0.110	0.000

-
全体 : Core region of dimeric ATM

全体	名称: Core region of dimeric ATM
要素	細胞器官・細胞要素: Core region of dimeric ATM

-
超分子 #1: Core region of dimeric ATM

超分子	名称: Core region of dimeric ATM / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4
グリッド	材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	#0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) #0 - 平均電子線量: 32.0 e/Å² / #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) #1 - 平均電子線量: 38.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

Image recording ID	1
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 232416
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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