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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9921 | |||||||||
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タイトル | The cryo-em structure of Thimerosal-treated HPV18 VLP | |||||||||
マップデータ | The cryo-em structure of thimerosal-treated HPV18 VLP | |||||||||
試料 |
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生物種 | Human papillomavirus (パピローマウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Li S / Zheng Q | |||||||||
引用 | ジャーナル: Eur J Pharm Biopharm / 年: 2019 タイトル: Altered antigenicity and immunogenicity of human papillomavirus virus-like particles in the presence of thimerosal. 著者: Siyi Chen / Xiaofen Huang / Yike Li / Xin Wang / Huirong Pan / Zhijie Lin / Qingbing Zheng / Shaowei Li / Jun Zhang / Ningshao Xia / Qinjian Zhao / 要旨: Thimerosal has been widely used as a preservative in human vaccines for decades. Thimerosal, a thiol capping agent with ethyl mercury being the active degradant, could have impacts on the vaccine ...Thimerosal has been widely used as a preservative in human vaccines for decades. Thimerosal, a thiol capping agent with ethyl mercury being the active degradant, could have impacts on the vaccine potency due to potential thiol modification. The effects on the antigenicity and immunogenicity of human papillomavirus (HPV) virus-like particles (VLPs) in the presence of thimerosal was studied. In general, reduced binding activity was observed between HPV antigens and monoclonal antibodies (mAbs) upon thimerosal treatment, accompanied by reduced protein conformational stability. The immunogenicity of a pentavalent vaccine formulation (HPV6, HPV11, HPV16, HPV18 and hepatitis E virus) with or without thimerosal was studied in mice. The functional antibody titres, as well as the binding titres, were determined, showing a substantial decrease for vaccine formulations containing thimerosal for HPV16/18. Similarly, epitope-specific competition assays using specific and functional mAbs as tracers also showed a significant reduction in immunogenicity for HPV16/18 in the presence of thimerosal. Structural alterations in the capsid protein for HPV18 were observed with cryo-electron microscopy and 3-dimensional reconstruction in the comparative structural analysis. The results should alert scientists in formulation development field on the choice for vaccine preservatives, in particular for thiol-containing antigens. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9921.map.gz | 722.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9921-v30.xml emd-9921.xml | 8.2 KB 8.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9921.png | 196.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9921 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9921 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9921_validation.pdf.gz | 78.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9921_full_validation.pdf.gz | 77.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9921_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9921 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9921 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9921.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The cryo-em structure of thimerosal-treated HPV18 VLP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.128 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human papillomavirus
全体 | 名称: Human papillomavirus (パピローマウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Human papillomavirus
超分子 | 名称: Human papillomavirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 10566 / 生物種: Human papillomavirus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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Host system | 生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 859 |
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初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |