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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9906 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of membrane protein | ||||||||||||
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![]() | PTS / ManYZ / transporter / Mannose / PROTEIN TRANSPORT | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() mannose transmembrane transport / protein-N(PI)-phosphohistidine-mannose phosphotransferase system transporter activity / glucose import across plasma membrane / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transmembrane transporter complex / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å | ||||||||||||
![]() | Wang JW / Zeng JW | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the mannose transporter of the bacterial phosphotransferase system. 著者: Xueli Liu / Jianwei Zeng / Kai Huang / Jiawei Wang / ![]() | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 19.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 7.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 63.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 443.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.338 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : ManYZ trimer complex
全体 | 名称: ManYZ trimer complex |
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要素 |
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-超分子 #1: ManYZ trimer complex
超分子 | 名称: ManYZ trimer complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 176 kDa/nm |
-分子 #1: PTS mannose transporter subunit IID
分子 | 名称: PTS mannose transporter subunit IID / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 30.983373 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MVDTTQTTTE KKLTQSDIRG VFLRSNLFQG SWNFERMQAL GFCFSMVPAI RRLYPENNEA RKQAIRRHLE FFNTQPFVAA PILGVTLAL EEQRANGAEI DDGAINGIKV GLMGPLAGVG DPIFWGTVRP VFAALGAGIA MSGSLLGPLL FFILFNLVRL A TRYYGVAY ...文字列: MVDTTQTTTE KKLTQSDIRG VFLRSNLFQG SWNFERMQAL GFCFSMVPAI RRLYPENNEA RKQAIRRHLE FFNTQPFVAA PILGVTLAL EEQRANGAEI DDGAINGIKV GLMGPLAGVG DPIFWGTVRP VFAALGAGIA MSGSLLGPLL FFILFNLVRL A TRYYGVAY GYSKGIDIVK DMGGGFLQKL TEGASILGLF VMGALVNKWT HVNIPLVVSR ITDQTGKEHV TTVQTILDQL MP GLVPLLL TFACMWLLRK KVNPLWIIVG FFVIGIAGYA CGLLGL UniProtKB: UNIPROTKB: A0A387CW08 |
-分子 #2: PTS system mannose-specific EIIC component
分子 | 名称: PTS system mannose-specific EIIC component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 28.752783 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MEITTLQIVL VFIVACIAGM GSILDEFQFH RPLIACTLVG IVLGDMKTGI IIGGTLEMIA LGWMNIGAAV APDAALASII STILVIAGH QSIGAGIALA IPLAAAGQVL TIIVRTITVA FQHAADKAAD NGNLTAISWI HVSSLFLQAM RVAIPAVIVA L SVGTSEVQ ...文字列: MEITTLQIVL VFIVACIAGM GSILDEFQFH RPLIACTLVG IVLGDMKTGI IIGGTLEMIA LGWMNIGAAV APDAALASII STILVIAGH QSIGAGIALA IPLAAAGQVL TIIVRTITVA FQHAADKAAD NGNLTAISWI HVSSLFLQAM RVAIPAVIVA L SVGTSEVQ NMLNAIPEVV TNGLNIAGGM IVVVGYAMVI NMMRAGYLMP FFYLGFVTAA FTNFNLVALG VIGTVMAVLY IQ LSPKYNR VAGAPAQAAG NNDLDNELDH HHHHHHH UniProtKB: PTS system mannose-specific EIIC component |
-分子 #3: alpha-D-mannopyranose
分子 | 名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: MAN |
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分子量 | 理論値: 180.156 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-MAN: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |