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万見
- EMDB-9900: cryo-EM structure of archaeal Ribonuclease P with mature tRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9900
タイトルcryo-EM structure of archaeal Ribonuclease P with mature tRNA
マップデータ
試料
  • 複合体: cryo-EM structure of archaeal Ribonuclease P with mature tRNA
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease P protein component 2
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease P protein component 3
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease P protein component 1
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease P protein component 4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L7Ae
    • RNA: tRNA
    • RNA: RPR
  • リガンド: ZINC ION
キーワードRibonuclease P / RNA-protein complex / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P RNA binding / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P complex / ribonuclease P / box C/D sno(s)RNA binding / box C/D methylation guide snoRNP complex / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / box C/D snoRNP assembly / ribosome biogenesis ...ribonuclease P RNA binding / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P complex / ribonuclease P / box C/D sno(s)RNA binding / box C/D methylation guide snoRNP complex / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / box C/D snoRNP assembly / ribosome biogenesis / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease P protein subunit Rnp2, archaea / Ribonuclease P subunit RNP4 / Ribonuclease P, protein component 3, archaeal / Ribonuclease P protein subunit RNP1 / Ribonuclease P subunit, Rpr2/Snm1/Rpp21 / RNAse P Rpr2/Rpp21/SNM1 subunit domain / RNase P subunit Pop5/Rpp14/Rnp2-like / RNase P subunit Pop5/Rpp14/Rnp2-like domain superfamily / Rpp14/Pop5 family / RNase P subunit p30 ...Ribonuclease P protein subunit Rnp2, archaea / Ribonuclease P subunit RNP4 / Ribonuclease P, protein component 3, archaeal / Ribonuclease P protein subunit RNP1 / Ribonuclease P subunit, Rpr2/Snm1/Rpp21 / RNAse P Rpr2/Rpp21/SNM1 subunit domain / RNase P subunit Pop5/Rpp14/Rnp2-like / RNase P subunit Pop5/Rpp14/Rnp2-like domain superfamily / Rpp14/Pop5 family / RNase P subunit p30 / Ribonuclease P/MRP subunit Rpp29 / RNase P subunit p30 / Ribonuclease P protein subunit Rpp29/RNP1 / Ribonuclease P/MRP subunit Rpp29 superfamily / Ribonuclease P/MRP, subunit p29 / A domain found in a protein subunit of human RNase MRP and RNase P ribonucleoprotein complexes and archaeal proteins. / Rof/RNase P-like / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein eL8 / Ribonuclease P protein component 1 / Ribonuclease P protein component 2 / Ribonuclease P protein component 4 / Ribonuclease P protein component 3
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) / Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Wan F / Lan P
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Cryo-electron microscopy structure of an archaeal ribonuclease P holoenzyme.
著者: Futang Wan / Qianmin Wang / Jing Tan / Ming Tan / Juan Chen / Shaohua Shi / Pengfei Lan / Jian Wu / Ming Lei /
要旨: Ribonuclease P (RNase P) is an essential ribozyme responsible for tRNA 5' maturation. Here we report the cryo-EM structures of Methanocaldococcus jannaschii (Mja) RNase P holoenzyme alone and in ...Ribonuclease P (RNase P) is an essential ribozyme responsible for tRNA 5' maturation. Here we report the cryo-EM structures of Methanocaldococcus jannaschii (Mja) RNase P holoenzyme alone and in complex with a tRNA substrate at resolutions of 4.6 Å and 4.3 Å, respectively. The structures reveal that the subunits of MjaRNase P are strung together to organize the holoenzyme in a dimeric conformation required for efficient catalysis. The structures also show that archaeal RNase P is a functional chimera of bacterial and eukaryal RNase Ps that possesses bacterial-like two RNA-based anchors and a eukaryal-like protein-aided stabilization mechanism. The 3'-RCCA sequence of tRNA, which is a key recognition element for bacterial RNase P, is dispensable for tRNA recognition by MjaRNase P. The overall organization of MjaRNase P, particularly within the active site, is similar to those of bacterial and eukaryal RNase Ps, suggesting a universal catalytic mechanism for all RNase Ps.
履歴
登録2019年5月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月19日-
マップ公開2019年6月19日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6k0b
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9900.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9900.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 280 pix.
= 369.6 Å		1.32 Å/pix.
x 280 pix.
= 369.6 Å		1.32 Å/pix.
x 280 pix.
= 369.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.08432491 - 0.17919031
平均 (標準偏差)0.00044191844 (±0.00508289)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 369.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z369.600369.600369.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ858858858
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.0840.1790.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : cryo-EM structure of archaeal Ribonuclease P with mature tRNA

全体名称: cryo-EM structure of archaeal Ribonuclease P with mature tRNA
要素
  • 複合体: cryo-EM structure of archaeal Ribonuclease P with mature tRNA
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease P protein component 2
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease P protein component 3
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease P protein component 1
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease P protein component 4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L7Ae
    • RNA: tRNA
    • RNA: RPR
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: cryo-EM structure of archaeal Ribonuclease P with mature tRNA

超分子名称: cryo-EM structure of archaeal Ribonuclease P with mature tRNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

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分子 #1: Ribonuclease P protein component 2

分子名称: Ribonuclease P protein component 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
分子量理論値: 15.972156 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MIEMLKTLPP TLREKKRYIA FKILYDEELK EGEVVNLIRK AVLEYYGSWG TSKANPWLVY YDFPYGILRC QRDNVDYVKA SLILIREFK EKPVNIICLG VSGTIRKAKI KFLGIKKPKR WFVIRRERLK AKKQK

UniProtKB: Ribonuclease P protein component 2

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分子 #2: Ribonuclease P protein component 3

分子名称: Ribonuclease P protein component 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
分子量理論値: 27.394783 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MRIDINRIEK EEDIKLLKEL KWNGFVFYQY DDEFSKDRYE EVKAIAESYK LKVYSGVKIK TESSKQLRDK VKKFRNKCHI ILIEGGVLK INRAAVELHD VDILSTPELG RKDSGIDHVL ARLASNHRVA IELNFKTLLN KDGYERARTL LFFRNNLKLA K KFDVPVVI ...文字列:
MRIDINRIEK EEDIKLLKEL KWNGFVFYQY DDEFSKDRYE EVKAIAESYK LKVYSGVKIK TESSKQLRDK VKKFRNKCHI ILIEGGVLK INRAAVELHD VDILSTPELG RKDSGIDHVL ARLASNHRVA IELNFKTLLN KDGYERARTL LFFRNNLKLA K KFDVPVVI STDAENKYQI KNPYDLRAFL NTLVEPLYAK KIMETAYKIC DFRDYLMRDN VVRYGVEIIK EEKE

UniProtKB: Ribonuclease P protein component 3

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分子 #3: Ribonuclease P protein component 1

分子名称: Ribonuclease P protein component 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
分子量理論値: 10.910179 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MITPHNILRH ELIGLKVEIV EAKNKAMIGI KGKVVDETRN TLVIEKEDGR EVVIPKDIAV FLFQLKGCKV KVDGRLLIGR PEERLKKKI KILYPY

UniProtKB: Ribonuclease P protein component 1

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分子 #4: Ribonuclease P protein component 4

分子名称: Ribonuclease P protein component 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
分子量理論値: 15.610048 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MKKFLEKKLK KIAYERIDIL MSLAEEEAKK GNWDRAKRYV YLARRIAMKM RIRFPKKWKR RICKKCGTFL LYGRNARVRI KSKRYPHVV ITCLECGAIY RIPMIREKKE KRRKKLEERL KAKSNSQTS

UniProtKB: Ribonuclease P protein component 4

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分子 #5: 50S ribosomal protein L7Ae

分子名称: 50S ribosomal protein L7Ae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
分子量理論値: 12.703843 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MAVYVKFKVP EEIQKELLDA VAKAQKIKKG ANEVTKAVER GIAKLVIIAE DVKPEEVVAH LPYLCEEKGI PYAYVASKQD LGKAAGLEV AASSVAIINE GDAEELKVLI EKVNVLKQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL8

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分子 #6: tRNA

分子名称: tRNA / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 26.613838 KDa
配列文字列:
GGUGGGGUUC CCGAGCGGCC AAAGGGAGCA GACUCUAAAU CUGCCGUCAU CGACUUCGAA GGUUCGAAUC CUUCCCCCAC CAC

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分子 #7: RPR

分子名称: RPR / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
分子量理論値: 83.581586 KDa
配列文字列: GGAGGGGGCU GGUGACUUUC CCCUCUUUAA GAGGGGAGGA AGUUCCGCCC ACCCCAUUUA UGGGCAGCGU CCCCUGAGAA GGGGCGGGA GAUGCAGCAG AAACGACACG GCUCCGGAAG AGAUGACGAU GAUAGUGAAA GUUGAGGACU UCCGGAGAAC C GGUGAAAC ...文字列:
GGAGGGGGCU GGUGACUUUC CCCUCUUUAA GAGGGGAGGA AGUUCCGCCC ACCCCAUUUA UGGGCAGCGU CCCCUGAGAA GGGGCGGGA GAUGCAGCAG AAACGACACG GCUCCGGAAG AGAUGACGAU GAUAGUGAAA GUUGAGGACU UCCGGAGAAC C GGUGAAAC GGGCAUCUCC CCUGCCCGGG GUGCAAGCCG GUUUCGGCGC UUAGCCGAAU GUCACCGAAA UUACAGAAGG CG GGCUAUA GCCCCCAUUU U

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分子 #8: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.32 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 150000
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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