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万見
- EMDB-9858: Structure of the archaeal Archaeoglobus fulgidus oligosaccharyltr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9858
タイトルStructure of the archaeal Archaeoglobus fulgidus oligosaccharyltransferase (AfAglB-L) embedded in nanodisc
マップデータ
試料
  • 複合体: Archaeoglobus fulgidus oligosaccharyltransferase (AfAglB-L) embedded in nanodisc
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Kawasaki Y / Mayanagi K / Kohda D
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of ScienceJP26119002 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the archaeal Archaeoglobus fulgidus oligosaccharyltransferase (AfAglB-L) embedded in nanodisc
著者: Kawasaki Y / Mayanagi K / Kohda D
履歴
登録2019年3月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月25日-
マップ公開2020年3月25日-
更新2020年3月25日-
現状2020年3月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 2.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9858.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9858.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.76 Å/pix.
x 80 pix.
= 220.8 Å		2.76 Å/pix.
x 80 pix.
= 220.8 Å		2.76 Å/pix.
x 80 pix.
= 220.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.76 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.7 / ムービー #1: 2.7
最小 - 最大-3.5697725 - 8.499276
平均 (標準偏差)-0.00000000152 (±1)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-14-14-14
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 220.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.762.762.76
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z220.800220.800220.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-14-14-14
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-3.5708.499-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Archaeoglobus fulgidus oligosaccharyltransferase (AfAglB-L) embed...

全体名称: Archaeoglobus fulgidus oligosaccharyltransferase (AfAglB-L) embedded in nanodisc
要素
  • 複合体: Archaeoglobus fulgidus oligosaccharyltransferase (AfAglB-L) embedded in nanodisc

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超分子 #1: Archaeoglobus fulgidus oligosaccharyltransferase (AfAglB-L) embed...

超分子名称: Archaeoglobus fulgidus oligosaccharyltransferase (AfAglB-L) embedded in nanodisc
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris-HCl
100.0 mMNaClsodium chloride

詳細: 20 mM Tris-HCl (pH 7.4), 100 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl acetate
詳細: Negatively stained EM specimens were prepared using uranyl-acetate stain.
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 250 / 平均露光時間: 120.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm

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画像解析

粒子像選択選択した数: 43985
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 1.9) / ソフトウェア - 詳細: EMAN refine command was used. / 使用した粒子像数: 43985
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 1.9)
ソフトウェア - 詳細: EMAN StartAny command was used.
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Number reference projections: 180
ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 1.9) / ソフトウェア - 詳細: EMAN refine command was used.
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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