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- EMDB-9780: Molecular basis for pore blockade of human Sodium channel Nav1.2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9780
タイトルMolecular basis for pore blockade of human Sodium channel Nav1.2 by mu-conotoxin KIIIA
マップデータThe map after postprocessing in RELION2.1.
試料
  • 複合体: Nav1.2-beta2-KIIIA
    • 複合体: Nav1.2-beta2
    • 複合体: KIIIA
    • タンパク質・ペプチド: Human Voltage gated sodium channel sub-type 1.2
  • タンパク質・ペプチド: Sodium channel protein type 2 subunit alpha
  • タンパク質・ペプチド: Mu-conotoxin KIIIA
機能・相同性
機能・相同性情報


response to pyrethroid / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / nerve development / cardiac conduction / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / paranode region of axon / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / membrane depolarization during action potential ...response to pyrethroid / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / nerve development / cardiac conduction / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / paranode region of axon / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / membrane depolarization during action potential / positive regulation of sodium ion transport / dentate gyrus development / axon initial segment / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / node of Ranvier / voltage-gated sodium channel complex / Interaction between L1 and Ankyrins / voltage-gated sodium channel activity / sodium ion transport / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of heart rate by cardiac conduction / intercalated disc / sodium channel regulator activity / neuronal action potential / cardiac muscle contraction / T-tubule / myelination / sodium ion transmembrane transport / determination of adult lifespan / memory / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / nervous system development / presynaptic membrane / response to heat / toxin activity / neuron apoptotic process / gene expression / chemical synaptic transmission / cellular response to hypoxia / calmodulin binding / axon / synapse / glutamatergic synapse / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Myelin P0 protein-related / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / SCN5A-like, C-terminal IQ motif / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. ...Myelin P0 protein-related / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / SCN5A-like, C-terminal IQ motif / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / IQ motif profile. / Voltage-dependent channel domain superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ion transport domain / Ion transport protein / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium channel regulatory subunit beta-2 / Mu-conotoxin KIIIB / Sodium channel protein type 2 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Conus kinoshitai (キノシタイモ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Pan X / Li Z / Huang X / Huang G / Shen H / Lei J / Yan N
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Molecular basis for pore blockade of human Na channel Na1.2 by the μ-conotoxin KIIIA.
著者: Xiaojing Pan / Zhangqiang Li / Xiaoshuang Huang / Gaoxingyu Huang / Shuai Gao / Huaizong Shen / Lei Liu / Jianlin Lei / Nieng Yan /
要旨: The voltage-gated sodium channel Na1.2 is responsible for the initiation and propagation of action potentials in the central nervous system. We report the cryo-electron microscopy structure of human ...The voltage-gated sodium channel Na1.2 is responsible for the initiation and propagation of action potentials in the central nervous system. We report the cryo-electron microscopy structure of human Na1.2 bound to a peptidic pore blocker, the μ-conotoxin KIIIA, in the presence of an auxiliary subunit, β2, to an overall resolution of 3.0 angstroms. The immunoglobulin domain of β2 interacts with the shoulder of the pore domain through a disulfide bond. The 16-residue KIIIA interacts with the extracellular segments in repeats I to III, placing Lys at the entrance to the selectivity filter. Many interacting residues are specific to Na1.2, revealing a molecular basis for KIIIA specificity. The structure establishes a framework for the rational design of subtype-specific blockers for Na channels.
履歴
登録2019年1月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月27日-
マップ公開2019年2月27日-
更新2019年4月10日-
現状2019年4月10日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6j8e
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9780.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9780.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The map after postprocessing in RELION2.1.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 240 pix.
= 261.84 Å		1.09 Å/pix.
x 240 pix.
= 261.84 Å		1.09 Å/pix.
x 240 pix.
= 261.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.091 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.13213122 - 0.28682157
平均 (標準偏差)0.0005159385 (±0.00825877)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 261.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0911.0911.091
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z261.840261.840261.840
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.1320.2870.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Nav1.2-beta2-KIIIA

全体名称: Nav1.2-beta2-KIIIA
要素
  • 複合体: Nav1.2-beta2-KIIIA
    • 複合体: Nav1.2-beta2
    • 複合体: KIIIA
    • タンパク質・ペプチド: Human Voltage gated sodium channel sub-type 1.2
  • タンパク質・ペプチド: Sodium channel protein type 2 subunit alpha
  • タンパク質・ペプチド: Mu-conotoxin KIIIA

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超分子 #1: Nav1.2-beta2-KIIIA

超分子名称: Nav1.2-beta2-KIIIA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Ternary complex of Human Nav1.2 with Human Voltage-gated sodium channel auxilliary subunit beta2 and mu-conotoxin KIIIA
分子量実験値: 252 kDa/nm

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超分子 #2: Nav1.2-beta2

超分子名称: Nav1.2-beta2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
詳細: Human Nav1.2 with Human Voltage-gated sodium channel auxilliary subunit beta2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: KIIIA

超分子名称: KIIIA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 詳細: mu-conotoxin KIIIA
由来(天然)生物種: Conus kinoshitai (キノシタイモ)

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分子 #1: Human Voltage gated sodium channel sub-type 1.2

分子名称: Human Voltage gated sodium channel sub-type 1.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGT MAQSVL VPPGPDSFRF FTRESLAAIE QRIAEEKAKR PKQERKDEDD ENGPKPNSDL EAGK SLPFI YGDIPPEMVS VPLEDLDPYY INKKTFIVLN KGKAISRFSA TPALYILTPF NPIRK LAIK ...文字列:
MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGT MAQSVL VPPGPDSFRF FTRESLAAIE QRIAEEKAKR PKQERKDEDD ENGPKPNSDL EAGK SLPFI YGDIPPEMVS VPLEDLDPYY INKKTFIVLN KGKAISRFSA TPALYILTPF NPIRK LAIK ILVHSLFNML IMCTILTNCV FMTMSNPPDW TKNVEYTFTG IYTFESLIKI LARGFC LED FTFLRDPWNW LDFTVITFAY VTEFVDLGNV SALRTFRVLR ALKTISVIPG LKTIVGA LI QSVKKLSDVM ILTVFCLSVF ALIGLQLFMG NLRNKCLQWP PDNSSFEINI TSFFNNSL D GNGTTFNRTV SIFNWDEYIE DKSHFYFLEG QNDALLCGNS SDAGQCPEGY ICVKAGRNP NYGYTSFDTF SWAFLSLFRL MTQDFWENLY QLTLRAAGKT YMIFFVLVIF LGSFYLINLI LAVVAMAYE EQNQATLEEA EQKEAEFQQM LEQLKKQQEE AQAAAAAASA ESRDFSGAGG I GVFSESSS VASKLSSKSE KELKNRRKKK KQKEQSGEEE KNDRVRKSES EDSIRRKGFR FS LEGSRLT YEKRFSSPHQ SLLSIRGSLF SPRRNSRASL FSFRGRAKDI GSENDFADDE HST FEDNDS RRDSLFVPHR HGERRHSNVS QASRASRVLP ILPMNGKMHS AVDCNGVVSL VGGP STLTS AGQLLPEGTT TETEIRKRRS SSYHVSMDLL EDPTSRQRAM SIASILTNTM EELEE SRQK CPPCWYKFAN MCLIWDCCKP WLKVKHLVNL VVMDPFVDLA ITICIVLNTL FMAMEH YPM TEQFSSVLSV GNLVFTGIFT AEMFLKIIAM DPYYYFQEGW NIFDGFIVSL SLMELGL AN VEGLSVLRSF RLLRVFKLAK SWPTLNMLIK IIGNSVGALG NLTLVLAIIV FIFAVVGM Q LFGKSYKECV CKISNDCELP RWHMHDFFHS FLIVFRVLCG EWIETMWDCM EVAGQTMCL TVFMMVMVIG NLVVLNLFLA LLLSSFSSDN LAATDDDNEM NNLQIAVGRM QKGIDFVKRK IREFIQKAF VRKQKALDEI KPLEDLNNKK DSCISNHTTI EIGKDLNYLK DGNGTTSGIG S SVEKYVVD ESDYMSFINN PSLTVTVPIA VGESDFENLN TEEFSSESDM EESKEKLNAT SS SEGSTVD IGAPAEGEQP EVEPEESLEP EACFTEDCVR KFKCCQISIE EGKGKLWWNL RKT CYKIVE HNWFETFIVF MILLSSGALA FEDIYIEQRK TIKTMLEYAD KVFTYIFILE MLLK WVAYG FQVYFTNAWC WLDFLIVDVS LVSLTANALG YSELGAIKSL RTLRALRPLR ALSRF EGMR VVVNALLGAI PSIMNVLLVC LIFWLIFSIM GVNLFAGKFY HCINYTTGEM FDVSVV NNY SECKALIESN QTARWKNVKV NFDNVGLGYL SLLQVATFKG WMDIMYAAVD SRNVELQ PK YEDNLYMYLY FVIFIIFGSF FTLNLFIGVI IDNFNQQKKK FGGQDIFMTE EQKKYYNA M KKLGSKKPQK PIPRPANKFQ GMVFDFVTKQ VFDISIMILI CLNMVTMMVE TDDQSQEMT NILYWINLVF IVLFTGECVL KLISLRYYYF TIGWNIFDFV VVILSIVGMF LAELIEKYFV SPTLFRVIR LARIGRILRL IKGAKGIRTL LFALMMSLPA LFNIGLLLFL VMFIYAIFGM S NFAYVKRE VGIDDMFNFE TFGNSMICLF QITTSAGWDG LLAPILNSGP PDCDPDKDHP GS SVKGDCG NPSVGIFFFV SYIIISFLVV VNMYIAVILE NFSVATEESA EPLSEDDFEM FYE VWEKFD PDATQFIEFA KLSDFADALD PPLLIAKPNK VQLIAMDLPM VSGDRIHCLD ILFA FTKRV LGESGEMDAL RIQMEERFMA SNPSKVSYEP ITTTLKRKQE EVSAIIIQRA YRRYL LKQK VKKVSSIYKK DKGKECDGTP IKEDTLIDKL NENSTPEKTD MTPSTTSPPS YDSVTK PEK EKFEKDKSEK EDKGKDIRES KK

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分子 #2: Sodium channel protein type 2 subunit alpha

分子名称: Sodium channel protein type 2 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GRSMEVTVPA TLNVLNGSDA RLPCTFNSCY TVNHKQFSLN WTYQECNNCS EEMFLQFRMK IINLKLERFQ DRVEFSGNPS KYDVSVMLR NVQPEDEGIY NCYIMNPPDR HRGHGKIHLQ VLM

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分子 #3: Mu-conotoxin KIIIA

分子名称: Mu-conotoxin KIIIA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Conus kinoshitai (キノシタイモ)
配列文字列:
CCNCSSKWCR DHSRCC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 5.9
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 200275
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6j8e:
Human Nav1.2-beta2-KIIIA ternary complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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