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- EMDB-9776: Structure of C2S1M1-type PSII-FCPII supercomplex from diatom -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9776
タイトルStructure of C2S1M1-type PSII-FCPII supercomplex from diatom
マップデータ
試料
  • 複合体: C2S1M1-type PSII-FCPII supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: x 28種
  • リガンド: x 14種
キーワードPhotosystem / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid / photosystem II assembly / photosystem II stabilization / photosystem II / extrinsic component of membrane / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / photosynthesis / respiratory electron transport chain ...thylakoid / photosystem II assembly / photosystem II stabilization / photosystem II / extrinsic component of membrane / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / photosynthesis / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide ...PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Extrinsic protein in photosystem II / Extrinsic protein in photosystem II / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II reaction center protein H
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetoceros gracilis (珪藻)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Nagao R / Kato K
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2019
タイトル: Structural basis for energy harvesting and dissipation in a diatom PSII-FCPII supercomplex.
著者: Ryo Nagao / Koji Kato / Takehiro Suzuki / Kentaro Ifuku / Ikuo Uchiyama / Yasuhiro Kashino / Naoshi Dohmae / Seiji Akimoto / Jian-Ren Shen / Naoyuki Miyazaki / Fusamichi Akita /
要旨: Light-harvesting antenna systems in photosynthetic organisms harvest solar energy and transfer it to the photosynthetic reaction centres to initiate charge-separation and electron-transfer reactions. ...Light-harvesting antenna systems in photosynthetic organisms harvest solar energy and transfer it to the photosynthetic reaction centres to initiate charge-separation and electron-transfer reactions. Diatoms are one of the important groups of oxyphototrophs and possess fucoxanthin chlorophyll a/c-binding proteins (FCPs) as light harvesters. The organization and association pattern of FCP with the photosystem II (PSII) core are unknown. Here we solved the structure of PSII-FCPII supercomplexes isolated from a diatom, Chaetoceros gracilis, by single-particle cryoelectron microscopy. The PSII-FCPII forms a homodimer. In each monomer, two FCP homotetramers and three FCP monomers are associated with one PSII core. The structure reveals a highly complicated protein-pigment network that is different from the green-type light-harvesting apparatus. Comparing these two systems allows the identification of energy transfer and quenching pathways. These findings provide structural insights into not only excitation-energy transfer mechanisms in the diatom PSII-FCPII, but also changes of light harvesters between the red- and green-lineage oxyphototrophs during evolution.
履歴
登録2019年1月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月5日-
マップ公開2019年8月7日-
更新2025年9月17日-
現状2025年9月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.06
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  • 原子モデル: PDB-6j3z
  • 表面レベル: 0.06
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9776.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9776.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 512 pix.
= 573.44 Å		1.12 Å/pix.
x 512 pix.
= 573.44 Å		1.12 Å/pix.
x 512 pix.
= 573.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.12 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.16363706 - 0.34556636
平均 (標準偏差)0.00045867026 (±0.006673382)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 573.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.121.121.12
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z573.440573.440573.440
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ344344344
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.1640.3460.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : C2S1M1-type PSII-FCPII supercomplex

全体名称: C2S1M1-type PSII-FCPII supercomplex
要素
  • 複合体: C2S1M1-type PSII-FCPII supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein D1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II chlorophyll protein CP47
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II chlorophyll protein CP43
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein D2
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein J
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein M
    • タンパク質・ペプチド: Extrinsic protein in photosystem II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
    • タンパク質・ペプチド: Extrinsic protein in photosystem II
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c-550
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Ycf12
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center X protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z
    • タンパク質・ペプチド: Extrinsic protein in photosystem II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein W
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein 0
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcf1, FCP1
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein monomer 1
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein monomer 2
    • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein monomer 3
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: CA-MN4-O5 CLUSTER
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate

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超分子 #1: C2S1M1-type PSII-FCPII supercomplex

超分子名称: C2S1M1-type PSII-FCPII supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#28
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 910 KDa

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分子 #1: Photosystem II reaction center protein D1

分子名称: Photosystem II reaction center protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 38.1835 KDa
配列文字列: MTATLERREG VSLWERFCAW ITSTENRLYI GWFGCLMFPT LLTATSCFII AFIAAPPVDI DGIREPVAGS LLYGNNIISG AVVPSSNAI GMHFYPIWEA ASIDEWLYNG GPYQLIVLHF LLGVSAYMGR EWELSYRLGM RPWIFVAFSA PVAAASAVFL V YPIGQGSF ...文字列:
MTATLERREG VSLWERFCAW ITSTENRLYI GWFGCLMFPT LLTATSCFII AFIAAPPVDI DGIREPVAGS LLYGNNIISG AVVPSSNAI GMHFYPIWEA ASIDEWLYNG GPYQLIVLHF LLGVSAYMGR EWELSYRLGM RPWIFVAFSA PVAAASAVFL V YPIGQGSF SDGMPLGISG TFNFMLVFQA EHNILMHPFH MAGVAGVFGG SLFSAMHGSL VTSSLIRETT ENESTNYGYK FG QEEETYN IVAAHGYFGR LIFQYASFNN SRALHFFLAL WPVVGIWITS MGISTMAFNL NGFNFNQSVV DSQGRVINTW ADI LNRANL GIEVMHERNA HNFPLDLA

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分子 #2: Photosystem II chlorophyll protein CP47

分子名称: Photosystem II chlorophyll protein CP47 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 56.475301 KDa
配列文字列: MALPWYRVHT VVLNDPGRLI AVHLMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLNPMWRQGM FVMPFMTRLG ITDSWGGWSI TGESVSNPG IWSFEGVALS HIILSGMCFL AAIWHWVYWD LELFRDPRTG EPALDLPKIF GIHLFLSGLL CFGFGAFHVT G LFGPGIWV ...文字列:
MALPWYRVHT VVLNDPGRLI AVHLMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLNPMWRQGM FVMPFMTRLG ITDSWGGWSI TGESVSNPG IWSFEGVALS HIILSGMCFL AAIWHWVYWD LELFRDPRTG EPALDLPKIF GIHLFLSGLL CFGFGAFHVT G LFGPGIWV SDAYGITGKV QPVAPAWGAD GFNPFNPGGI AAHHIAAGIF GIFAGIFHLT VRPPQRLYRA LRMGNIETVL SS SISAVFF AAFVTSGTMW YGAAATPIEL FGPTRYQWDS GYFQQEIERQ VETSVSEGLS ESQAWSRIPD KLAFYDYIGN NPA KGGLFR AGPMNKGDGI AEAWLGHPIF RDKEGRELTV RRMPAFFETF PVILVDKDGI IRADIPFRRA ESKYSIEQVG VTVD FYGGK LNGQTFKDAP TVKKFARKAQ LGEVFEFDRT SLESDGVFRS SPRGWYTYGH ANFALLFFFG HLWHGGRTIF RDVFT GIGA EVTEQVEFGA FQKLGDKSTK KQGAV

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分子 #3: Photosystem II chlorophyll protein CP43

分子名称: Photosystem II chlorophyll protein CP43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 51.947262 KDa
配列文字列: MKTLYSLRRY YHVETPFNSS IAGRDIESTG FAWWSGNARL INVSGKLLGA HVAHAGLMVF WAGAMVLFEV SHFVPEKPTY EQGFILIQH LATLGYGIGP GGEITSTVPY FAVGVIHLIS SAILGFGGIY HSLLGPDTLE ESFPFFGYDW RDKNKMTTIL G IHLCLLGL ...文字列:
MKTLYSLRRY YHVETPFNSS IAGRDIESTG FAWWSGNARL INVSGKLLGA HVAHAGLMVF WAGAMVLFEV SHFVPEKPTY EQGFILIQH LATLGYGIGP GGEITSTVPY FAVGVIHLIS SAILGFGGIY HSLLGPDTLE ESFPFFGYDW RDKNKMTTIL G IHLCLLGL GSFLLVIKAM YLGGVYDTWA PGGGDVRYIT TPTLNPIVIF GYVFRSPFGG DGWVVSVNNM EDVIGGHIWV GI LCITGGI WHIFTKPFAW ARRAFVWSGE AYLSYSLAAI SLMGFTAALY SWYNNTAYPS ELYGPTGPEA SQAQAFTFLV RDQ RLGANV SSAQGPTGLG KYLMRSPSGE IIFGGETMRF WDLRAPWVEP LRGPNGLDIN KIKNDIQPWQ ERRAAEYMTH APLG SLNSV GGVATEINSV NYVSPRSWLC CSHFFLAFFF LVGHWWHSGR ARAAAAGFEK GINRANEPVL SMRPID

+
分子 #4: Photosystem II reaction center protein D2

分子名称: Photosystem II reaction center protein D2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 39.06952 KDa
配列文字列: MTIAIGQNQE RGLFDLVDDW LKKDRFVFVG WSGLLLFPTA YLAAGGWMTG TTFVTSWYTH GLASSYLEGC NFLTAAVSTP ANSVGHSLL LLWGPEAQGD FTRWCQIGGL WTFVALHGAF GLIGFCLRQF EIARLVGIRP YNAIAFSGPI AVFVSVFLLY P LGQASWFF ...文字列:
MTIAIGQNQE RGLFDLVDDW LKKDRFVFVG WSGLLLFPTA YLAAGGWMTG TTFVTSWYTH GLASSYLEGC NFLTAAVSTP ANSVGHSLL LLWGPEAQGD FTRWCQIGGL WTFVALHGAF GLIGFCLRQF EIARLVGIRP YNAIAFSGPI AVFVSVFLLY P LGQASWFF APSFGVAAIF RFLLFLQGFH NWTLNPFHMM GVAGILGGAL LCAIHGATVE NTLFEDGDAA NTFRAFTPTQ SE ETYSMVT ANRFWSQIFG VAFSNKRWLH FFMLFVPVTG LWTSSIGIVG LALNLRAYDF VSQELRAAED PEFETFYTKN HLL DEGIRA WMAAQDQPHE NFVFPEEVLP RGNAL

+
分子 #5: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 9.507667 KDa
配列文字列:
MSGGSTGERP FSDIITSVRY WIIHSITIPS LFVSGWLFIS TGLAYDVFGT PRPNEYFTQD RQQVPLVNDR FSAKQELEDL TKGL

+
分子 #6: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 4.912796 KDa
配列文字列:
MTNNINQPVA YPIFTFRWLA IHGLAIPTVF FLGGITAMQF IQR

+
分子 #7: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 7.418827 KDa
配列文字列:
MALRTRLGEI LRPLNAEYGK VAPGWGTTPI MGIVMLAFLI FLVIILQIYN SSLIIENVDV DWANGIV

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein H

+
分子 #8: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 4.427212 KDa
配列文字列:
MLTLKILVYT TVIFFVSLFI FGFLSSDPSR NPNRKDLE

+
分子 #9: Photosystem II reaction center protein J

分子名称: Photosystem II reaction center protein J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 4.093833 KDa
配列文字列:
MTNTGRIPLW LVGLVGGLAV ITMLSLFFYG SYSGLGSSL

+
分子 #10: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 4.978028 KDa
配列文字列:
MESLLLARLP EAYVVFSPIV DVLPIIPVFF LLLAFVWQAA IGFR

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 4.367076 KDa
配列文字列:
MTGPNPNKQA VELNRTSLYW GLLLIFVLAV LFSSYFFN

+
分子 #12: Photosystem II reaction center protein M

分子名称: Photosystem II reaction center protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 14.180403 KDa
配列文字列:
LHLTVVSEVG KVAVGSIPAA AIASPAFAMD SVVESLPTNM LAGEVQFGAY LAVLLGTFLP ALFLVNLFIQ TEARKAGKAG GQDSDLDGY LCIRVWIAIE AGRLSSHLWC PLVLPHFWRN NRTVSHLYGR YQ

+
分子 #13: Extrinsic protein in photosystem II

分子名称: Extrinsic protein in photosystem II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 26.762297 KDa
配列文字列: LTKSQINELS YLQVKGTGLA NRCAEVVGED SIKPKPGAKL VDMCIEPKAW AVEEEVGKAG KTEKKFVNSK VMTRQTYTLD AIEGPITVD GGKITFNEKE GIDYAATTVQ LPGGERVPFL FTVKDLVAKG NGDTFKPGFQ MGGDFNTPSY RTGLFLDPKG R GGTTGYDM ...文字列:
LTKSQINELS YLQVKGTGLA NRCAEVVGED SIKPKPGAKL VDMCIEPKAW AVEEEVGKAG KTEKKFVNSK VMTRQTYTLD AIEGPITVD GGKITFNEKE GIDYAATTVQ LPGGERVPFL FTVKDLVAKG NGDTFKPGFQ MGGDFNTPSY RTGLFLDPKG R GGTTGYDM AVALPALQLG EEGDAELFGE NNKVFDITQG RIEMEVNKVN AEDSEIGGVF VATQLSDTDM GSKTPKKVLT KG IFYAKVD Q

UniProtKB: Extrinsic protein in photosystem II

+
分子 #14: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 3.711547 KDa
配列文字列:
MEALVYTFLL IGTLMVIFFA VFFRETPRIL R

+
分子 #15: Extrinsic protein in photosystem II

分子名称: Extrinsic protein in photosystem II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 10.137501 KDa
配列文字列:
VIDYENIGYL GGSSIVDINN ANVRAYLKMP GMYPTVAGKI VSHGPYSGVA DLYKIPGLSS AEADVIKKYE SRLTAKTPSP DYVIDRINN GLYR

UniProtKB: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein

+
分子 #16: Cytochrome c-550

分子名称: Cytochrome c-550 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 14.893812 KDa
配列文字列:
IDLDEATRTV VVDNAGNTTV LTPEQVKRGK RLFNATCGAC HVGGITKTNP NVGLDPEALS LATPRRDNIS ALVDYIKNPT TYDGLESIA EVHPSIKSAD IYPRMRSLTD EDLYSIAGHI MLSPKIASEK WGGGKIYY

UniProtKB: Photosystem II extrinsic protein V

+
分子 #17: Photosystem II reaction center protein Ycf12

分子名称: Photosystem II reaction center protein Ycf12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 3.6095 KDa
配列文字列:
MINWQVIGQL MSTAVIMLAG PAVIVLLALK KGNL

+
分子 #18: Photosystem II reaction center X protein

分子名称: Photosystem II reaction center X protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 3.859647 KDa
配列文字列:
MTASLSNFIA SLIAGGVVVG VIAIALIVIS KSDRILRS

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein X

+
分子 #19: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 6.528887 KDa
配列文字列:
MITLLVALLV LISLGLVVTV PVALATPGEW EIAKGKFNRF FQIWVFLVIV IAAADGISSS I

+
分子 #20: Extrinsic protein in photosystem II

分子名称: Extrinsic protein in photosystem II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 17.088086 KDa
配列文字列:
AVGESPRFSV FGLVGDGTSY SEGAAYGTDQ ADKLYSPYSV YSPEGEKSLY KPDNAEYLAR KKAVLAETKN RLQKIPAYVD KKEWFNVKD ELTRYMYETR GAVRSLSSSV TQKEKAEVFF RALEDTYGAA TLKKGDAVKA SNDKAIAALD AFTATL

UniProtKB: Extrinsic protein in photosystem II

+
分子 #21: Photosystem II reaction center protein W

分子名称: Photosystem II reaction center protein W / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 7.848743 KDa
配列文字列:
MAALAGFMPA ILSSTAAVAT EGTNEWFGVD DLRLLAVLFL GHWAILSLWL GSYGDSNEDE DFFGEIDYSA RK

+
分子 #22: Unknown protein 0

分子名称: Unknown protein 0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 2.656265 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

+
分子 #23: Unknown protein 1

分子名称: Unknown protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 2.571161 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)

+
分子 #24: Unknown protein 2

分子名称: Unknown protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 869.063 Da
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #25: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcf1, FCP1

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcf1, FCP1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 22.098182 KDa
配列文字列: MKLAVAALLV ASAAAFAPAP ASKASTSLKV SEIELGVTEP LGVYDPLGWL ESEPEAFERR RAVERKHGRV AMAAVVGTIV HNNHIVFDG YLSPSNNLKF SDIPTGVDGI RAIPTAGLAQ ILAFFALVEL AWMPASKYDG DYGVGYFGTD IKDPEEKARK L NVELNNGR ...文字列:
MKLAVAALLV ASAAAFAPAP ASKASTSLKV SEIELGVTEP LGVYDPLGWL ESEPEAFERR RAVERKHGRV AMAAVVGTIV HNNHIVFDG YLSPSNNLKF SDIPTGVDGI RAIPTAGLAQ ILAFFALVEL AWMPASKYDG DYGVGYFGTD IKDPEEKARK L NVELNNGR AAMMGIMGNM VAEVLTGQTM YEQYASGHIS PFGDGQGVF

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分子 #26: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein monomer 1

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein monomer 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 18.315516 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #27: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein monomer 2

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein monomer 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 12.188016 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #28: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein monomer 3

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein monomer 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 13.209274 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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+
分子 #29: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #30: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 184 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #31: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A

+
分子 #32: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 24 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE

+
分子 #33: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 6 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

+
分子 #34: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 2 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION

+
分子 #35: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 8 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

+
分子 #36: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 14 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #37: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 2 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #38: CA-MN4-O5 CLUSTER

分子名称: CA-MN4-O5 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 2 / 式: OEX
分子量理論値: 339.827 Da
Chemical component information

ChemComp-OEX:
CA-MN4-O5 CLUSTER

+
分子 #39: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 8 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #40: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 4 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #41: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #42: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5...

分子名称: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 59 / 式: A86
分子量理論値: 658.906 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.256 mg/mL
緩衝液pH: 6.5 / 構成要素:
濃度式
20.0 mMMES-NaOH
0.02 %DDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3jcu

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 147981
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3wu2

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3jcu

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6j3z:
Structure of C2S1M1-type PSII-FCPII supercomplex from diatom

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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