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- PDB-6j3y: Structure of C2S2-type PSII-FCPII supercomplex from diatom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j3y
タイトルStructure of C2S2-type PSII-FCPII supercomplex from diatom
要素
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Extrinsic protein in photosystem ...) x 3
  • (Photosystem II chlorophyll protein ...) x 2
  • (Photosystem II reaction center protein ...) x 12
  • (Unknown protein ...) x 3
  • Cytochrome c-550
  • Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcf1, FCP1
  • Photosystem II reaction center X protein
キーワードELECTRON TRANSPORT / Photosystem
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid / photosystem II assembly / photosystem II stabilization / photosystem II / extrinsic component of membrane / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / photosynthesis / respiratory electron transport chain ...thylakoid / photosystem II assembly / photosystem II stabilization / photosystem II / extrinsic component of membrane / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / photosynthesis / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide ...PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A86 / BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER ...Chem-A86 / BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Chem-SQD / Extrinsic protein in photosystem II / Extrinsic protein in photosystem II / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II reaction center protein H
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetoceros gracilis (珪藻)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Nagao, R. / Kato, K. / Shen, J.R. / Miyazaki, N. / Akita, F.
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2019
タイトル: Structural basis for energy harvesting and dissipation in a diatom PSII-FCPII supercomplex.
著者: Ryo Nagao / Koji Kato / Takehiro Suzuki / Kentaro Ifuku / Ikuo Uchiyama / Yasuhiro Kashino / Naoshi Dohmae / Seiji Akimoto / Jian-Ren Shen / Naoyuki Miyazaki / Fusamichi Akita /
要旨: Light-harvesting antenna systems in photosynthetic organisms harvest solar energy and transfer it to the photosynthetic reaction centres to initiate charge-separation and electron-transfer reactions. ...Light-harvesting antenna systems in photosynthetic organisms harvest solar energy and transfer it to the photosynthetic reaction centres to initiate charge-separation and electron-transfer reactions. Diatoms are one of the important groups of oxyphototrophs and possess fucoxanthin chlorophyll a/c-binding proteins (FCPs) as light harvesters. The organization and association pattern of FCP with the photosystem II (PSII) core are unknown. Here we solved the structure of PSII-FCPII supercomplexes isolated from a diatom, Chaetoceros gracilis, by single-particle cryoelectron microscopy. The PSII-FCPII forms a homodimer. In each monomer, two FCP homotetramers and three FCP monomers are associated with one PSII core. The structure reveals a highly complicated protein-pigment network that is different from the green-type light-harvesting apparatus. Comparing these two systems allows the identification of energy transfer and quenching pathways. These findings provide structural insights into not only excitation-energy transfer mechanisms in the diatom PSII-FCPII, but also changes of light harvesters between the red- and green-lineage oxyphototrophs during evolution.
履歴
登録2019年1月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年8月7日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB
改定 2.02025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_conn_type
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改定 1.12025年4月9日Data content type: EM metadata
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Group: Data processing / Database references ...Data processing / Database references / Experimental summary / Refinement description / Structure summary
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
カテゴリ: database_2 / em_3d_fitting_list ...database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / entity / pdbx_initial_refinement_model
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
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改定 2.12025年9月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_modification_feature ...em_admin / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年9月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9775
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9775
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem II reaction center protein D1
B: Photosystem II chlorophyll protein CP47
C: Photosystem II chlorophyll protein CP43
D: Photosystem II reaction center protein D2
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
O: Extrinsic protein in photosystem II
T: Photosystem II reaction center protein T
U: Extrinsic protein in photosystem II
V: Cytochrome c-550
Y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
X: Photosystem II reaction center X protein
Z: Photosystem II reaction center protein Z
Q: Extrinsic protein in photosystem II
W: Photosystem II reaction center protein W
0: Unknown protein 0
1: Unknown protein 1
2: Unknown protein 2
a: Photosystem II reaction center protein D1
b: Photosystem II chlorophyll protein CP47
c: Photosystem II chlorophyll protein CP43
d: Photosystem II reaction center protein D2
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
j: Photosystem II reaction center protein J
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
o: Extrinsic protein in photosystem II
t: Photosystem II reaction center protein T
u: Extrinsic protein in photosystem II
v: Cytochrome c-550
y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
x: Photosystem II reaction center X protein
z: Photosystem II reaction center protein Z
q: Extrinsic protein in photosystem II
w: Photosystem II reaction center protein W
5: Unknown protein 0
6: Unknown protein 1
7: Unknown protein 2
11: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcf1, FCP1
12: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcf1, FCP1
13: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcf1, FCP1
14: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcf1, FCP1
31: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcf1, FCP1
32: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcf1, FCP1
33: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcf1, FCP1
34: Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcf1, FCP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,082,716342
ポリマ－856,98156
非ポリマー225,735286
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem II reaction center protein ... , 12種, 24分子 AaDdHhIiJjKkLlMmTtYyZzWw

#1: タンパク質 Photosystem II reaction center protein D1


分子量: 38183.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#4: タンパク質 Photosystem II reaction center protein D2


分子量: 39069.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#7: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / PSII-H


分子量: 7418.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B7XBY7
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I


分子量: 4427.212 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J


分子量: 4093.833 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K


分子量: 4978.028 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L


分子量: 4367.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#12: タンパク質 Photosystem II reaction center protein M


分子量: 14180.403 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T


分子量: 3711.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#17: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Ycf12


分子量: 3609.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#19: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z


分子量: 6528.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#21: タンパク質 Photosystem II reaction center protein W


分子量: 7848.743 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)

-
Photosystem II chlorophyll protein ... , 2種, 4分子 BbCc

#2: タンパク質 Photosystem II chlorophyll protein CP47


分子量: 56475.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#3: タンパク質 Photosystem II chlorophyll protein CP43


分子量: 51947.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#5: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha


分子量: 9507.667 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta


分子量: 4912.796 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)

-
Extrinsic protein in photosystem ... , 3種, 6分子 OoUuQq

#13: タンパク質 Extrinsic protein in photosystem II / Extrinsic protein O of oxygen-evolving complex


分子量: 26762.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B6ZHE8
#15: タンパク質 Extrinsic protein in photosystem II / Extrinsic protein U of oxygen-evolving complex


分子量: 10137.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B6ZHF0
#20: タンパク質 Extrinsic protein in photosystem II / Extrinsic protein Q of oxygen-evolving complex


分子量: 17088.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B6ZHE9

-
タンパク質 , 2種, 10分子 Vv1112131431323334

#16: タンパク質 Cytochrome c-550 / Extrinsic protein V of oxygen-evolving complex / Cytochrome c550


分子量: 14893.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B6ZHF4
#25: タンパク質
Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcf1, FCP1


分子量: 22098.182 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 Xx

#18: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center X protein / Photosystem II reaction center protein X


分子量: 3859.647 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B6ZHF2

-
Unknown protein ... , 3種, 6分子 051627

#22: タンパク質・ペプチド Unknown protein 0


分子量: 2656.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#23: タンパク質・ペプチド Unknown protein 1


分子量: 2571.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#24: タンパク質・ペプチド Unknown protein 2


分子量: 869.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)

-
糖 , 2種, 10分子

#35: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15
#39: 糖 ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 12種, 276分子

#26: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#27: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#28: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#29: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE


分子量: 536.873 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#30: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL


分子量: 795.116 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#31: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3
#32: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE


分子量: 722.970 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#33: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#34: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O5
#36: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#37: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#38: 化合物...
ChemComp-A86 / (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate / Fucoxanthin


分子量: 658.906 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H58O6

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細Unknown protein 0/1/2 are supposed to be new components of photosystem II. Sequence of the entities ...Unknown protein 0/1/2 are supposed to be new components of photosystem II. Sequence of the entities could not be assigned.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: C2S2-type PSII-FCPII supercomplex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#25 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.85 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
緩衝液pH: 6.5
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
120 mMMES-NaOH1
20.02 %DDM1
試料濃度: 0.256 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (1.14_3260: phenix.real_space_refine) / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2RELION2.1画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF Chimera1.12モデルフィッティング
9PHENIX1.13_2998モデル精密化
10RELION2.1初期オイラー角割当
11RELION2.1最終オイラー角割当
12RELION2.1分類
13RELION2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 214939 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
13WU2

3wu2

13WU21PDBexperimental model
23JCU

3jcu

13JCU2PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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