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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9730 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Flock House Virus eluted particle | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of Flock House Virus eluted particle | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 nodavirus endopeptidase / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / T=3 icosahedral viral capsid / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Flock house virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Banerjee M / Azad K | |||||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2019 タイトル: Structural Dynamics of Nonenveloped Virus Disassembly Intermediates. 著者: Kimi Azad / Manidipa Banerjee / 要旨: The stability of icosahedral viruses is crucial for protecting the viral genome during transit; however, successful infection requires eventual disassembly of the capsid. A comprehensive ...The stability of icosahedral viruses is crucial for protecting the viral genome during transit; however, successful infection requires eventual disassembly of the capsid. A comprehensive understanding of how stable, uniform icosahedrons disassemble remains elusive, mainly due to the complexities involved in isolating transient intermediates. We utilized incremental heating to systematically characterize the disassembly pathway of a model nonenveloped virus and identified an intriguing link between virus maturation and disassembly. Further, we isolated and characterized two intermediates by cryo-electron microscopy and three-dimensional reconstruction, without imposing icosahedral symmetry. The first intermediate displayed a series of major, asymmetric alterations, whereas the second showed that the act of genome release, through the 2-fold axis, is actually confined to a small section on the capsid. Our study thus presents a comprehensive structural analysis of nonenveloped virus disassembly and emphasizes the asymmetric nature of programmed conformational changes. Disassembly or uncoating of an icosahedral capsid is a crucial step during infection by nonenveloped viruses. However, the dynamic and transient nature of the disassembly process makes it challenging to isolate intermediates in a temporal, stepwise manner for structural characterization. Using controlled, incremental heating, we isolated two disassembly intermediates: "eluted particles" and "puffed particles" of an insect nodavirus, Flock House virus (FHV). Cryo-electron microscopy and three-dimensional reconstruction of the FHV disassembly intermediates indicated that disassembly-related conformational alterations are minimally global and largely local, leading to asymmetry in the particle and eventual genome release without complete disintegration of the icosahedron. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9730.map.gz | 15.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9730-v30.xml emd-9730.xml | 13.8 KB 13.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9730_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9730.png | 197.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9730 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9730 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9730.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of Flock House Virus eluted particle | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.7407 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Flock house virus
全体 | 名称: Flock house virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Flock house virus
超分子 | 名称: Flock house virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Purified wildtype Flock House Virus heated to 70 degC NCBI-ID: 12287 / 生物種: Flock house virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Costelytra zealandica (甲虫) |
Host system | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 実験値: 9 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 300.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: CAPSID PROTEIN BETA
分子 | 名称: CAPSID PROTEIN BETA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: nodavirus endopeptidase |
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由来(天然) | 生物種: Flock house virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 39.367355 KDa |
組換発現 | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
配列 | 文字列: MVNNNRPRRQ RAQRVVVTTT QTAPVPQQNV PRNGRRRRNR TRRNRRRVRG MNMAALTRLS QPGLAFLKCA FAPPDFNTDP GKGIPDRFE GKVVSRKDVL NQSISFTAGQ DTFILIAPTP GVAYWSASVP AGTFPTSATT FNPVNYPGFT SMFGTTSTSR S DQVSSFRY ...文字列: MVNNNRPRRQ RAQRVVVTTT QTAPVPQQNV PRNGRRRRNR TRRNRRRVRG MNMAALTRLS QPGLAFLKCA FAPPDFNTDP GKGIPDRFE GKVVSRKDVL NQSISFTAGQ DTFILIAPTP GVAYWSASVP AGTFPTSATT FNPVNYPGFT SMFGTTSTSR S DQVSSFRY ASMNVGIYPT SNLMQFAGSI TVWKCPVKLS TVQFPVATDP ATSSLVHTLV GLDGVLAVGP DNFSESFIKG VF SQSACNE PDFEFNDILE GIQTLPPANV SLGSTGQPFT MDSGAEATSG VVGWGNMDTI VIRVSAPEGA VNSAILKAWS CIE YRPNPN AMLYQFGHDS PPLDEVALQE YRTVARSLPV AVIAAQN |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 式: C8H18N2O4S / 構成要素 - 名称: HEPES |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 284 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 3 seconds before plunging. |
詳細 | Purified wildtype Flock House Virus heated to 70 degC |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2835 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |