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万見
- EMDB-9673: CryoEM structure of Mud Crab Dicistrovirus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9673
タイトルCryoEM structure of Mud Crab Dicistrovirus
マップデータ
試料Mud crab dicistrovirus != Mud crab virus

Mud crab dicistrovirus

  • ウイルス: Mud crab virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP1 of Mud crab dicistrovirus
    • タンパク質・ペプチド: VP2 of Mud crab dicistrovirus
    • タンパク質・ペプチド: VP3 of Mud crab dicistrovirus
    • タンパク質・ペプチド: VP4 of Mud crab dicistrovirus
キーワードDicistrovirus / VIRUS
機能・相同性Dicistrovirus, capsid-polyprotein, C-terminal / CRPV capsid protein like / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Structural polyprotein
機能・相同性情報
生物種Mud crab virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhang Q / Gao Y
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China31570736 中国
National Natural Science Foundation of China31672677 中国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2019
タイトル: Cryo-electron Microscopy Structures of Novel Viruses from Mud Crab with Multiple Infections.
著者: Yuanzhu Gao / Shanshan Liu / Jiamiao Huang / Qianqian Wang / Kunpeng Li / Jian He / Jianguo He / Shaoping Weng / Qinfen Zhang /
要旨: Viruses associated with sleeping disease (SD) in crabs cause great economic losses to aquaculture, and no effective measures are available for their prevention. In this study, to help develop novel ...Viruses associated with sleeping disease (SD) in crabs cause great economic losses to aquaculture, and no effective measures are available for their prevention. In this study, to help develop novel antiviral strategies, single-particle cryo-electron microscopy was applied to investigate viruses associated with SD. The results not only revealed the structure of mud crab dicistrovirus (MCDV) but also identified a novel mud crab tombus-like virus (MCTV) not previously detected using molecular biology methods. The structure of MCDV at a 3.5-Å resolution reveals three major capsid proteins (VP1 to VP3) organized into a pseudo-T=3 icosahedral capsid, and affirms the existence of VP4. Unusually, MCDV VP3 contains a long C-terminal region and forms a novel protrusion that has not been observed in other dicistrovirus. Our results also reveal that MCDV can release its genome via conformation changes of the protrusions when viral mixtures are heated. The structure of MCTV at a 3.3-Å resolution reveals a T= 3 icosahedral capsid with common features of both tombusviruses and nodaviruses. Furthermore, MCTV has a novel hydrophobic tunnel beneath the 5-fold vertex and 30 dimeric protrusions composed of the P-domains of the capsid protein at the 2-fold axes that are exposed on the virion surface. The structural features of MCTV are consistent with a novel type of virus. Pathogen identification is vital for unknown infectious outbreaks, especially for dual or multiple infections. Sleeping disease (SD) in crabs causes great economic losses to aquaculture worldwide. Here we report the discovery and identification of a novel virus in mud crabs with multiple infections that was not previously detected by molecular, immune, or traditional electron microscopy (EM) methods. High-resolution structures of pathogenic viruses are essential for a molecular understanding and developing new disease prevention methods. The three-dimensional (3D) structure of the mud crab tombus-like virus (MCTV) and mud crab dicistrovirus (MCDV) determined in this study could assist the development of antiviral inhibitors. The identification of a novel virus in multiple infections previously missed using other methods demonstrates the usefulness of this strategy for investigating multiple infectious outbreaks, even in humans and other animals.
履歴
登録2018年10月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月16日-
マップ公開2019年1月16日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6iic
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6iic
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9673.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9673.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 512 pix.
= 477.696 Å		0.93 Å/pix.
x 512 pix.
= 477.696 Å		0.93 Å/pix.
x 512 pix.
= 477.696 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.933 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.5 / ムービー #1: 3.5
最小 - 最大-13.330893 - 13.997154
平均 (標準偏差)-0.010499333 (±0.8961877)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 477.696 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.9330.9330.933
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z477.696477.696477.696
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-383-383-383
NX/NY/NZ768768768
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-13.33113.997-0.010

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mud crab dicistrovirus

全体名称: Mud crab dicistrovirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Mud crab virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP1 of Mud crab dicistrovirus
    • タンパク質・ペプチド: VP2 of Mud crab dicistrovirus
    • タンパク質・ペプチド: VP3 of Mud crab dicistrovirus
    • タンパク質・ペプチド: VP4 of Mud crab dicistrovirus

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超分子 #1: Mud crab virus

超分子名称: Mud crab virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 932662 / 生物種: Mud crab virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Scylla paramamosain (甲殻類)

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分子 #1: VP1 of Mud crab dicistrovirus

分子名称: VP1 of Mud crab dicistrovirus / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mud crab virus (ウイルス)
分子量理論値: 20.691158 KDa
配列文字列: GGGMDYAKSD SSSLVTTMGE QFRSLRMLTR RSSPTDVLTG TSVTLPGITI GTDSSLRQSV LNIISYMYRF TKGSISYKII PKIKGDLYI TTSSADNIEL NSNAYSFDVN RALHYQNTAL NPVVQVSLPY YCPSENLVID STSFPNLSNL VLTNLERSSN T YTVLVSAG ...文字列:
GGGMDYAKSD SSSLVTTMGE QFRSLRMLTR RSSPTDVLTG TSVTLPGITI GTDSSLRQSV LNIISYMYRF TKGSISYKII PKIKGDLYI TTSSADNIEL NSNAYSFDVN RALHYQNTAL NPVVQVSLPY YCPSENLVID STSFPNLSNL VLTNLERSSN T YTVLVSAG DDHTFSQLAG CPAFTIGPSR SAA

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #2: VP2 of Mud crab dicistrovirus

分子名称: VP2 of Mud crab dicistrovirus / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mud crab virus (ウイルス)
分子量理論値: 28.074658 KDa
配列文字列: MDSSVTNTGG LMPSATISNS EGATMLLNDI PDPTQNVFLS RNVTDNLFEV QDQNLIESLS REVLLGTGTW QSGQAEISTT LTEQQLITN YEQPSIRQIS LPDDIVKGSS FIASKLANIA YMRCDYELYL RVQGSPFLQG LLLLWNKMNA DQTSKIRSSI T EHLRSITS ...文字列:
MDSSVTNTGG LMPSATISNS EGATMLLNDI PDPTQNVFLS RNVTDNLFEV QDQNLIESLS REVLLGTGTW QSGQAEISTT LTEQQLITN YEQPSIRQIS LPDDIVKGSS FIASKLANIA YMRCDYELYL RVQGSPFLQG LLLLWNKMNA DQTSKIRSSI T EHLRSITS FPGVTLNMQS DSRSVKLVIP YTSEFQVFNP RNENKLNSVR LSILSALRGP STSEKATYSI MGRMTNIKLY GH APSIVSL SYPQTE

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #3: VP3 of Mud crab dicistrovirus

分子名称: VP3 of Mud crab dicistrovirus / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mud crab virus (ウイルス)
分子量理論値: 48.24968 KDa
配列文字列: SKDRDLSKVS PYENIPAKGF THGVGFDYGV PLSLFPDNAI DPTIANPESI DEMSIQYLAS RPYMLDRYTI KGGNTPSPSG TVVADIPIS PVNYSLYGSI IRDYRTIFGA PVSLAVAMAS WWRAKIHLNL QFAKTQYHQC RLLVQYLPYG SDVQSLENVL S QIIDISHV ...文字列:
SKDRDLSKVS PYENIPAKGF THGVGFDYGV PLSLFPDNAI DPTIANPESI DEMSIQYLAS RPYMLDRYTI KGGNTPSPSG TVVADIPIS PVNYSLYGSI IRDYRTIFGA PVSLAVAMAS WWRAKIHLNL QFAKTQYHQC RLLVQYLPYG SDVQSLENVL S QIIDISHV DESGIDLCFP SIFTNKWMRS YDPATEGYTA GCAPGRILIS VLNPLISAST VNDDIVMMPW LTWENLELAE PG SLAKAAI GFDYPADAVD EKWTSRELPV TGSSFNLFRD TTIVLGASTN ISNLVLTNDD TGGDYQIVST TPTGSYVSAV TCP QGTYTI THDGVGATII SNFPILGAGE GPSFQISALR HGDKVTITED PTKINVSGVS FLTGTNSWKA SLKDSSGTLL GRLE YDGTS FSSDSPASLI PGKYNVELDP ADNSAVVTIV ANNSFGTASL DTH

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #4: VP4 of Mud crab dicistrovirus

分子名称: VP4 of Mud crab dicistrovirus / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mud crab virus (ウイルス)
分子量理論値: 5.792425 KDa
配列文字列:
GGDDATASQR GIVTQVADTV SSISNVVDGL GVPLLSSISK PIGWVSNVVS NVASIFGF

UniProtKB: Structural polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80.0 K / 最高: 100.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 3 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: jspr / 使用した粒子像数: 31801
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 3次元分類クラス数: 4
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6iic:
CryoEM structure of Mud Crab Dicistrovirus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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