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万見
- EMDB-9569: Structural snapshot of cytoplasmic pre-60S ribosomal particles bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9569
タイトルStructural snapshot of cytoplasmic pre-60S ribosomal particles bound with Nmd3, Lsg1, Tif6 and Reh1
マップデータ
試料
  • 複合体: Pre-60S-Nmd3 complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of polysaccharide biosynthetic process / maturation of 5.8S rRNA / transporter complex / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / lipopolysaccharide transport / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding ...maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of polysaccharide biosynthetic process / maturation of 5.8S rRNA / transporter complex / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / lipopolysaccharide transport / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / ribosomal large subunit export from nucleus / translational elongation / ribosomal subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA / translation initiation factor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / cytosolic ribosome assembly / macroautophagy / translational initiation / maintenance of translational fidelity / cell outer membrane / rRNA processing / protein transport / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / protein-macromolecule adaptor activity / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / response to antibiotic / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc finger protein 622/Rei1/Reh1 / ZN622/Rei1/Reh1, zinc finger C2H2-type / C2H2 type zinc-finger (2 copies) / Nmd3, N-terminal / Ribosomal export protein Nmd3 / : / : / NMD3 family / NMD3 OB-fold domain / NMD3 SH3 domain ...Zinc finger protein 622/Rei1/Reh1 / ZN622/Rei1/Reh1, zinc finger C2H2-type / C2H2 type zinc-finger (2 copies) / Nmd3, N-terminal / Ribosomal export protein Nmd3 / : / : / NMD3 family / NMD3 OB-fold domain / NMD3 SH3 domain / Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / LptD, C-terminal / LPS-assembly protein LptD / : / LPS transport system D / Organic solvent tolerance-like, N-terminal / LptA/(LptD N-terminal domain) LPS transport protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / : / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19e signature. / : / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L6e signature. / : / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / : / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / 60S ribosomal protein L19 / : / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L6E / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein L19e, C-terminal domain / Ribosomal_L19e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e, N-terminal domain / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A ...Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Large ribosomal subunit protein uL5A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL42A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Putative major capsid protein p72 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Large ribosomal subunit protein eL14A / Large ribosomal subunit protein eL32 / 60S ribosomal export protein NMD3 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Large ribosomal subunit protein eL6A / Large ribosomal subunit protein eL21A / Cytoplasmic 60S subunit biogenesis factor REH1 / Eukaryotic translation initiation factor 6 / LPS-assembly protein LptD
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Ma C / Su S
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017
タイトル: Structural snapshot of cytoplasmic pre-60S ribosomal particles bound by Nmd3, Lsg1, Tif6 and Reh1.
著者: Chengying Ma / Shan Wu / Ningning Li / Yan Chen / Kaige Yan / Zhifei Li / Lvqin Zheng / Jianlin Lei / John L Woolford / Ning Gao /
要旨: A key step in ribosome biogenesis is the nuclear export of pre-ribosomal particles. Nmd3, a highly conserved protein in eukaryotes, is a specific adaptor required for the export of pre-60S particles. ...A key step in ribosome biogenesis is the nuclear export of pre-ribosomal particles. Nmd3, a highly conserved protein in eukaryotes, is a specific adaptor required for the export of pre-60S particles. Here we used cryo-electron microscopy (cryo-EM) to characterize Saccharomyces cerevisiae pre-60S particles purified with epitope-tagged Nmd3. Our structural analysis indicates that these particles belong to a specific late stage of cytoplasmic pre-60S maturation in which ribosomal proteins uL16, uL10, uL11, eL40 and eL41 are deficient, but ribosome assembly factors Nmd3, Lsg1, Tif6 and Reh1 are present. Nmd3 and Lsg1 are located near the peptidyl-transferase center (PTC). In particular, Nmd3 recognizes the PTC in its near-mature conformation. In contrast, Reh1 is anchored to the exit of the polypeptide tunnel, with its C terminus inserted into the tunnel. These findings pinpoint a structural checkpoint role for Nmd3 in PTC assembly, and provide information about functional and mechanistic roles of these assembly factors in the maturation of the 60S ribosomal subunit.
履歴
登録2016年10月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年1月25日-
マップ公開2017年1月25日-
更新2017年4月5日-
現状2017年4月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5h4p
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9569.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9569.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 388.8 Å		1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 388.8 Å		1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 388.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.143 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.32457724 - 0.48251054
平均 (標準偏差)0.0001590513 (±0.02062705)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 388.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z388.800388.800388.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ399399399
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.3250.4830.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pre-60S-Nmd3 complex

全体名称: Pre-60S-Nmd3 complex
要素
  • 複合体: Pre-60S-Nmd3 complex

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超分子 #1: Pre-60S-Nmd3 complex

超分子名称: Pre-60S-Nmd3 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 13693
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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