[日本語] English
万見
- EMDB-9381: CryoEM reconstruction of the full HIV-1 Vif/CBFbeta/A3F complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9381
タイトルCryoEM reconstruction of the full HIV-1 Vif/CBFbeta/A3F complex
マップデータprimary map
試料
  • 複合体: Vif/CBFbeta/A3Fctd complex
    • 複合体: APOBEC3F C-terminal domain (hA3Fctd)
      • タンパク質・ペプチド: human APOBEC3F C-terminal domain (hA3Fctd)
    • 複合体: core-binding factor beta (CBFbeta)
      • タンパク質・ペプチド: human core-binding factor beta (CBFbeta)
    • 複合体: HIV-1 virion infectivity factor (Vif)
      • タンパク質・ペプチド: HIV-1 virion infectivity factor (Vif)
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.0 Å
データ登録者Hu Y / Xiong Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Center for Research ResourcesAI116313 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Structural basis of antagonism of human APOBEC3F by HIV-1 Vif.
著者: Yingxia Hu / Belete A Desimmie / Henry C Nguyen / Samantha J Ziegler / Tat Cheung Cheng / John Chen / Jia Wang / Hongwei Wang / Kai Zhang / Vinay K Pathak / Yong Xiong /
要旨: HIV-1 virion infectivity factor (Vif) promotes degradation of the antiviral APOBEC3 (A3) proteins through the host ubiquitin-proteasome pathway to enable viral immune evasion. Disrupting Vif-A3 ...HIV-1 virion infectivity factor (Vif) promotes degradation of the antiviral APOBEC3 (A3) proteins through the host ubiquitin-proteasome pathway to enable viral immune evasion. Disrupting Vif-A3 interactions to reinstate the A3-catalyzed suppression of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) replication is a potential approach for antiviral therapeutics. However, the molecular mechanisms by which Vif recognizes A3 proteins remain elusive. Here we report a cryo-EM structure of the Vif-targeted C-terminal domain of human A3F in complex with HIV-1 Vif and the cellular cofactor core-binding factor beta (CBFβ) at 3.9-Å resolution. The structure shows that Vif and CBFβ form a platform to recruit A3F, revealing a direct A3F-recruiting role of CBFβ beyond Vif stabilization, and captures multiple independent A3F-Vif interfaces. Together with our biochemical and cellular studies, our structural findings establish the molecular determinants that are critical for Vif-mediated neutralization of A3F and provide a comprehensive framework of how HIV-1 Vif hijacks the host protein degradation machinery to counteract viral restriction by A3F.
履歴
登録2018年12月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月11日-
マップ公開2019年12月11日-
更新2019年12月18日-
現状2019年12月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9381.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9381.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈primary map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 224 pix.
= 235.2 Å		1.05 Å/pix.
x 224 pix.
= 235.2 Å		1.05 Å/pix.
x 224 pix.
= 235.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.039340224 - 0.11030433
平均 (標準偏差)0.00080856006 (±0.00531041)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 235.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z235.200235.200235.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-0.0390.1100.001

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Vif/CBFbeta/A3Fctd complex

全体名称: Vif/CBFbeta/A3Fctd complex
要素
  • 複合体: Vif/CBFbeta/A3Fctd complex
    • 複合体: APOBEC3F C-terminal domain (hA3Fctd)
      • タンパク質・ペプチド: human APOBEC3F C-terminal domain (hA3Fctd)
    • 複合体: core-binding factor beta (CBFbeta)
      • タンパク質・ペプチド: human core-binding factor beta (CBFbeta)
    • 複合体: HIV-1 virion infectivity factor (Vif)
      • タンパク質・ペプチド: HIV-1 virion infectivity factor (Vif)

-
超分子 #1: Vif/CBFbeta/A3Fctd complex

超分子名称: Vif/CBFbeta/A3Fctd complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 250 KDa

-
超分子 #2: APOBEC3F C-terminal domain (hA3Fctd)

超分子名称: APOBEC3F C-terminal domain (hA3Fctd) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
超分子 #3: core-binding factor beta (CBFbeta)

超分子名称: core-binding factor beta (CBFbeta) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
超分子 #4: HIV-1 virion infectivity factor (Vif)

超分子名称: HIV-1 virion infectivity factor (Vif) / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3

-
分子 #1: human APOBEC3F C-terminal domain (hA3Fctd)

分子名称: human APOBEC3F C-terminal domain (hA3Fctd) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SQDPNSMGKE ILRNPMEAMD PHIFYFHFKN LRKAYGRNES WLCFTMEVVK HHSPVSWKRG VFRNQVDPET GRHAERCFLS WFCDDILSPN TNYEVTWYTS WSPCPECAGE VAEFLARHSN VNLTIKTARL YYFKDTDAAE GLRSLSQEGA SVEIMGYKDF ...文字列:
MGSSHHHHHH SQDPNSMGKE ILRNPMEAMD PHIFYFHFKN LRKAYGRNES WLCFTMEVVK HHSPVSWKRG VFRNQVDPET GRHAERCFLS WFCDDILSPN TNYEVTWYTS WSPCPECAGE VAEFLARHSN VNLTIKTARL YYFKDTDAAE GLRSLSQEGA SVEIMGYKDF KYCWENFVYN DDEPFKPWDG LDYNFLDLDS KLQEILE

-
分子 #2: human core-binding factor beta (CBFbeta)

分子名称: human core-binding factor beta (CBFbeta) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPRVVPDQRS KFENEEFFRK LSRECEIKYT GFRDRPHEER QARFQNACRD GRSEIAFVAT GTNLSLQFFP ASWQGEQRQT PSREYVDLER EAGKVYLKAP MILNGVCVIW KGWIDLQRLD GMGCLEFDEE RAQQEDALAQ QAFEEARRRT REFEDRDRSH REEMEARRQQ DPSPGSNLGG GDDLKLR

-
分子 #3: HIV-1 virion infectivity factor (Vif)

分子名称: HIV-1 virion infectivity factor (Vif) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MENRWQVMIV WQVDRMRINT WKRLVKHHMY ISRKAKDWFY RHHYESTNPK ISSEVHIPLG DAKLVITTYW GLHTGERDWH LGQGVSIEWR KKRYSTQVDP DLADQLIHLH YFDCFSESAI RNTILGRIVS PRCEYQAGHN KVGSLQYLAL AALIKPKQIK PPLPSVRKLT EDRWNK

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 59.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 165629
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る