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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9355 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of singly-bound SNF2h-nucleosome complex at 6.9A with SNF2h bound at SHL+2 | |||||||||||||||
マップデータ | Final map, mildly sharpened, resampled to fit with other maps | |||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Armache J-P / Gamarra N / Johnson SL / Wu S / Leonard JD / Narlikar GJ / Cheng Y | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM structures of remodeler-nucleosome intermediates suggest allosteric control through the nucleosome. 著者: Jean Paul Armache / Nathan Gamarra / Stephanie L Johnson / John D Leonard / Shenping Wu / Geeta J Narlikar / Yifan Cheng / 要旨: The SNF2h remodeler slides nucleosomes most efficiently as a dimer, yet how the two protomers avoid a tug-of-war is unclear. Furthermore, SNF2h couples histone octamer deformation to nucleosome ...The SNF2h remodeler slides nucleosomes most efficiently as a dimer, yet how the two protomers avoid a tug-of-war is unclear. Furthermore, SNF2h couples histone octamer deformation to nucleosome sliding, but the underlying structural basis remains unknown. Here we present cryo-EM structures of SNF2h-nucleosome complexes with ADP-BeF that capture two potential reaction intermediates. In one structure, histone residues near the dyad and in the H2A-H2B acidic patch, distal to the active SNF2h protomer, appear disordered. The disordered acidic patch is expected to inhibit the second SNF2h protomer, while disorder near the dyad is expected to promote DNA translocation. The other structure doesn't show octamer deformation, but surprisingly shows a 2 bp translocation. FRET studies indicate that ADP-BeF predisposes SNF2h-nucleosome complexes for an elemental translocation step. We propose a model for allosteric control through the nucleosome, where one SNF2h protomer promotes asymmetric octamer deformation to inhibit the second protomer, while stimulating directional DNA translocation. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9355.map.gz | 59 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9355-v30.xml emd-9355.xml | 17.8 KB 17.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9355.png | 204.3 KB | ||
その他 | emd_9355_additional.map.gz emd_9355_half_map_1.map.gz emd_9355_half_map_2.map.gz | 31.7 MB 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9355 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9355 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9355_validation.pdf.gz | 79.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9355_full_validation.pdf.gz | 78.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9355_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9355 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9355 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9355.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Final map, mildly sharpened, resampled to fit with other maps | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2156 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Final map, unsharpened
ファイル | emd_9355_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Final map, unsharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map1
ファイル | emd_9355_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map2
ファイル | emd_9355_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of singly-bound SNF2h-nucleosome complex at 6.9...
全体 | 名称: Cryo-EM structure of singly-bound SNF2h-nucleosome complex at 6.9A with SNF2h bound at SHL+2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of singly-bound SNF2h-nucleosome complex at 6.9...
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of singly-bound SNF2h-nucleosome complex at 6.9A with SNF2h bound at SHL+2 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) |
分子量 | 理論値: 340 kDa/nm |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I 詳細: 2.5 ul of nucleosome-443 SNF2h complexes were applied to a glow discharged Quantifoil holey carbon grid (1.2 um hole size, 400 mesh), blotted in a Vitrobot Mark I (FEI Company) using 6 ...詳細: 2.5 ul of nucleosome-443 SNF2h complexes were applied to a glow discharged Quantifoil holey carbon grid (1.2 um hole size, 400 mesh), blotted in a Vitrobot Mark I (FEI Company) using 6 seconds blotting at 100% humidity, and then plunge-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen.. |
詳細 | This sample was monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 41.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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