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- EMDB-9341: Structure of the type VI secretion system TssK-TssF-TssG baseplat... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9341
タイトルStructure of the type VI secretion system TssK-TssF-TssG baseplate subcomplex revealed by cryo-electron microscopy - full map sharpened
マップデータType VI secretion system TssK-TssF-TssG baseplate subcomplex, sharpened map
試料
  • 複合体: TssK-TssF-TssG T6SS baseplate subcomplex
    • タンパク質・ペプチド: Putative type VI secretion protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative type VI secretion protein
    • タンパク質・ペプチド: Unassigned protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative type VI secretion protein
キーワードType VI secretion system / enteroaggregative E. coli / protein secretion / baseplate / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性Type VI secretion system TssF / Type VI secretion system, TssF / Type VI secretion, TssG-like / Type VI secretion, TssG / Bacterial Type VI secretion, VC_A0110, EvfL, ImpJ, VasE / Type VI secretion system TssK / Type VI secretion protein / Type VI secretion protein / Type VI secretion protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli O44:H18 (strain 042 / EAEC) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Park YJ / Lacourse KD / Cambillau C / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / DiMaio F / Mougous JD / Veesler D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structure of the type VI secretion system TssK-TssF-TssG baseplate subcomplex revealed by cryo-electron microscopy.
著者: Young-Jun Park / Kaitlyn D Lacourse / Christian Cambillau / Frank DiMaio / Joseph D Mougous / David Veesler /
要旨: Type VI secretion systems (T6SSs) translocate effectors into target cells and are made of a contractile sheath and a tube docked onto a multi-protein transmembrane complex via a baseplate. Although ...Type VI secretion systems (T6SSs) translocate effectors into target cells and are made of a contractile sheath and a tube docked onto a multi-protein transmembrane complex via a baseplate. Although some information is available about the mechanisms of tail contraction leading to effector delivery, the detailed architecture and function of the baseplate remain unknown. Here, we report the 3.7 Å resolution cryo-electron microscopy reconstruction of an enteroaggregative Escherichia coli baseplate subcomplex assembled from TssK, TssF and TssG. The structure reveals two TssK trimers interact with a locally pseudo-3-fold symmetrical complex comprising two copies of TssF and one copy of TssG. TssF and TssG are structurally related to each other and to components of the phage T4 baseplate and of the type IV secretion system, strengthening the evolutionary relationships among these macromolecular machines. These results, together with bacterial two-hybrid assays, provide a structural framework to understand the T6SS baseplate architecture.
履歴
登録2018年11月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年12月12日-
マップ公開2018年12月26日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6n38
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9341.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9341.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Type VI secretion system TssK-TssF-TssG baseplate subcomplex, sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.37 Å/pix.
x 288 pix.
= 394.56 Å		1.37 Å/pix.
x 288 pix.
= 394.56 Å		1.37 Å/pix.
x 288 pix.
= 394.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.37 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.094658144 - 0.18709746
平均 (標準偏差)0.00016524785 (±0.0030255886)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 394.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.371.371.37
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z394.560394.560394.560
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-0.0950.1870.000

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添付データ

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追加マップ: Type VI secretion system TssK-TssF-TssG baseplate subcomplex, unsharpened...

ファイルemd_9341_additional.map
注釈Type VI secretion system TssK-TssF-TssG baseplate subcomplex, unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TssK-TssF-TssG T6SS baseplate subcomplex

全体名称: TssK-TssF-TssG T6SS baseplate subcomplex
要素
  • 複合体: TssK-TssF-TssG T6SS baseplate subcomplex
    • タンパク質・ペプチド: Putative type VI secretion protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative type VI secretion protein
    • タンパク質・ペプチド: Unassigned protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative type VI secretion protein

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超分子 #1: TssK-TssF-TssG T6SS baseplate subcomplex

超分子名称: TssK-TssF-TssG T6SS baseplate subcomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli O44:H18 (strain 042 / EAEC) (大腸菌)

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分子 #1: Putative type VI secretion protein

分子名称: Putative type VI secretion protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli O44:H18 (strain 042 / EAEC) (大腸菌)
株: 042 / EAEC
分子量理論値: 66.557125 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDDLTLRYFD AEMRYLREAG KAFAQAHPDR AAMLDLDKAG TPDPCVERLF EGFAFSMGRL RQKIDDDLPE LTESLVSMLW PHYLRTIPS LSVVALTPRL SVMKMAETVP AGLEVTSRPV GPGNTVCRYR TTRAIPLNPL AVEKVVMTTE PDGRSVLKIG F ACSELADW ...文字列:
MDDLTLRYFD AEMRYLREAG KAFAQAHPDR AAMLDLDKAG TPDPCVERLF EGFAFSMGRL RQKIDDDLPE LTESLVSMLW PHYLRTIPS LSVVALTPRL SVMKMAETVP AGLEVTSRPV GPGNTVCRYR TTRAIPLNPL AVEKVVMTTE PDGRSVLKIG F ACSELADW SQVDLHRLSL YLAAEAPVSS TLHLMMTKRL AALYLRLPGN DERIRIDGWF SPGGFAEEDR LWPKGDSAFS GY QLLLEYF TFREKFMFVH LNGLENVSLP AGISGFDLEV VLSQPWPADL PVTDDALCLH CVPVINLFTL EADPLIINGL ESE YLLRPK RLQDGYTEIY SVDAVTGSGR TGSAEYVPFT SFRHRGGMLR HDAPERYYHT RVKRGVTGMY DTWLILGGQR WEAD RMPER ETLSLRITGT NGQLPRRALQ STLLDRCEQV LQAPVSVRNL CKPTLPVYPP TEDRFHWRVM SHLGTGFLNM LSSAE VLRG TLALYNWRDD ELNHRRLDAI LAVQHHRIQR FEKGFLLRGL DVEVTLDGNG FAGEGDIHLF GEMLNRFLAL YADMNQ FNQ LTLIVQPEGK CIRWKENHNP RLPG

UniProtKB: Type VI secretion protein

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分子 #2: Putative type VI secretion protein

分子名称: Putative type VI secretion protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli O44:H18 (strain 042 / EAEC) (大腸菌)
株: 042 / EAEC
分子量理論値: 33.787875 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGFPASEIKD AVIPEESHLP PIVHVTFMGL YGVTSPLPAH YISDIAQQRE GHEAAADFLD IFSHRLITQY YRIWRKYSYP ATFEAGGQD KTSQYLLGLA RLGIPGCAQN IATPVSRFLA LLPLMLLPGR TAEGLTSLVT LLAPGTQARV WHHDRRRIPL K TPLTMRVH ...文字列:
MGFPASEIKD AVIPEESHLP PIVHVTFMGL YGVTSPLPAH YISDIAQQRE GHEAAADFLD IFSHRLITQY YRIWRKYSYP ATFEAGGQD KTSQYLLGLA RLGIPGCAQN IATPVSRFLA LLPLMLLPGR TAEGLTSLVT LLAPGTQARV WHHDRRRIPL K TPLTMRVH HPVSLKSRPV MGDHATDVNG QVLLQLSTQT GSEVQGWLPG GHLYSDLLAL LHVYLGSRLD VRLQLCVERS LL PDARLSC RPAAGSPQLG RTAVMRTQAK IATSAARVMT ISLGRYQRVQ EHYQRKETQE NGDYRW

UniProtKB: Type VI secretion protein

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分子 #3: Unassigned protein

分子名称: Unassigned protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli O44:H18 (strain 042 / EAEC) (大腸菌)
株: strain 042 / EAEC
分子量理論値: 1.805216 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

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分子 #4: Putative type VI secretion protein

分子名称: Putative type VI secretion protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli O44:H18 (strain 042 / EAEC) (大腸菌)
株: 042 / EAEC
分子量理論値: 36.57768 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKIYRPLWED GAFLMPQQFQ QQAAWDVHLA DSVARMGLAH PWGVVAAEFD DSLLPLSRLN ATRLIVRFPD GTLIDTERAD NLPPVCDLS TVSDRSLVDI VLALPLLNAN GGNLDNGSES ERPRRWKSER VNVQELAGHE QSEVAVLRHN LTLRMAHQEN A AWLTCPVT ...文字列:
MKIYRPLWED GAFLMPQQFQ QQAAWDVHLA DSVARMGLAH PWGVVAAEFD DSLLPLSRLN ATRLIVRFPD GTLIDTERAD NLPPVCDLS TVSDRSLVDI VLALPLLNAN GGNLDNGSES ERPRRWKSER VNVQELAGHE QSEVAVLRHN LTLRMAHQEN A AWLTCPVT RLVRDAQGQW CRDPRFIPPL LTLSASPSLM TELAELLHHL QARRQRLMSM RRENNARLAD FAVADVSLFW LL NALNSAE PVLKELLDMP YRHPELLYRE LARLAGSLLT FSLEHNVDAV PAYHHETPEN VFPPLLSLLN RLLEASLPSH HHH HH

UniProtKB: Type VI secretion protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.12 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: An initial model was obtained using cryosparc abinitio.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 36496
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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