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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9319 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure at 4.0 A resolution of vaccine-elicited antibody A12V163-a.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, and antibodies VRC03 and PGT122 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Macaca mulatta (アカゲザル) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Acharya P / Kwong PD | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2019 タイトル: Antibody Lineages with Vaccine-Induced Antigen-Binding Hotspots Develop Broad HIV Neutralization. 著者: Rui Kong / Hongying Duan / Zizhang Sheng / Kai Xu / Priyamvada Acharya / Xuejun Chen / Cheng Cheng / Adam S Dingens / Jason Gorman / Mallika Sastry / Chen-Hsiang Shen / Baoshan Zhang / ...著者: Rui Kong / Hongying Duan / Zizhang Sheng / Kai Xu / Priyamvada Acharya / Xuejun Chen / Cheng Cheng / Adam S Dingens / Jason Gorman / Mallika Sastry / Chen-Hsiang Shen / Baoshan Zhang / Tongqing Zhou / Gwo-Yu Chuang / Cara W Chao / Ying Gu / Alexander J Jafari / Mark K Louder / Sijy O'Dell / Ariana P Rowshan / Elise G Viox / Yiran Wang / Chang W Choi / Martin M Corcoran / Angela R Corrigan / Venkata P Dandey / Edward T Eng / Hui Geng / Kathryn E Foulds / Yicheng Guo / Young D Kwon / Bob Lin / Kevin Liu / Rosemarie D Mason / Martha C Nason / Tiffany Y Ohr / Li Ou / Reda Rawi / Edward K Sarfo / Arne Schön / John P Todd / Shuishu Wang / Hui Wei / Winston Wu / / James C Mullikin / Robert T Bailer / Nicole A Doria-Rose / Gunilla B Karlsson Hedestam / Diana G Scorpio / Julie Overbaugh / Jesse D Bloom / Bridget Carragher / Clinton S Potter / Lawrence Shapiro / Peter D Kwong / John R Mascola / 要旨: The vaccine-mediated elicitation of antibodies (Abs) capable of neutralizing diverse HIV-1 strains has been a long-standing goal. To understand how broadly neutralizing antibodies (bNAbs) can be ...The vaccine-mediated elicitation of antibodies (Abs) capable of neutralizing diverse HIV-1 strains has been a long-standing goal. To understand how broadly neutralizing antibodies (bNAbs) can be elicited, we identified, characterized, and tracked five neutralizing Ab lineages targeting the HIV-1-fusion peptide (FP) in vaccinated macaques over time. Genetic and structural analyses revealed two of these lineages to belong to a reproducible class capable of neutralizing up to 59% of 208 diverse viral strains. B cell analysis indicated each of the five lineages to have been initiated and expanded by FP-carrier priming, with envelope (Env)-trimer boosts inducing cross-reactive neutralization. These Abs had binding-energy hotspots focused on FP, whereas several FP-directed Abs induced by immunization with Env trimer-only were less FP-focused and less broadly neutralizing. Priming with a conserved subregion, such as FP, can thus induce Abs with binding-energy hotspots coincident with the target subregion and capable of broad neutralization. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9319.map.gz | 13.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9319-v30.xml emd-9319.xml | 26.7 KB 26.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9319.png | 137.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9319 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9319 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9319_validation.pdf.gz | 333 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9319_full_validation.pdf.gz | 332.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9319_validation.xml.gz | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9319_validation.cif.gz | 8.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9319 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9319 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6n1vMC 8977C 9189C 9320C 9359C 6mpgC 6mphC 6mqcC 6mqeC 6mqmC 6mqrC 6mqsC 6n16C 6n1wC 6nf2C 6osyC 6ot1C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9319.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.12 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Quaternary complex of HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP with antibodies 17...
+超分子 #1: Quaternary complex of HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP with antibodies 17...
+超分子 #2: A12V163-a.01
+超分子 #3: Envelope glycoprotein gp120
+超分子 #4: Envelope glycoprotein gp4
+超分子 #5: PGT122
+超分子 #6: VRC03
+分子 #1: A12V163-a.01 Heavy chain
+分子 #2: A12V163-a.01 Light chain
+分子 #3: Envelope glycoprotein gp120
+分子 #4: Envelope glycoprotein gp41
+分子 #5: PGT122 Heavy chain
+分子 #6: PGT122 Light chain
+分子 #7: VRC03 Heavy chain
+分子 #8: VRC03 Light chain
+分子 #13: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: SPOTITON |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 69.98 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.8 µm / 倍率(補正後): 22500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-6n1v: |