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万見
- EMDB-9205: Red Clover Necrotic Mosaic Virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9205
タイトルRed Clover Necrotic Mosaic Virus
マップデータRed clover necrotic mosaic virus
試料
  • ウイルス: Red clover necrotic mosaic virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードRCNMV / virus
機能・相同性Plant viruses icosahedral capsid proteins 'S' region signature. / Icosahedral viral capsid protein, S domain / Viral coat protein (S domain) / T=3 icosahedral viral capsid / Viral coat protein subunit / structural molecule activity / RNA binding / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Red clover necrotic mosaic virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Sherman MB / Smith TJ
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2020
タイトル: Near-Atomic-Resolution Cryo-Electron Microscopy Structures of Cucumber Leaf Spot Virus and Red Clover Necrotic Mosaic Virus: Evolutionary Divergence at the Icosahedral Three-Fold Axes.
著者: Michael B Sherman / Richard Guenther / Ron Reade / D'Ann Rochon / Tim Sit / Thomas J Smith /
要旨: Members of the family have highly similar structures, and yet there are important differences among them in host, transmission, and capsid stabilities. Viruses in the family have single-stranded ...Members of the family have highly similar structures, and yet there are important differences among them in host, transmission, and capsid stabilities. Viruses in the family have single-stranded RNA (ssRNA) genomes with T=3 icosahedral protein shells with a maximum diameter of ∼340 Å. Each capsid protein is comprised of three domains: R (RNA binding), S (shell), and P (protruding). Between the R domain and S domain is the "arm" region that studies have shown to play a critical role in assembly. To better understand how the details of structural differences and similarities influence the viral life cycles, the structures of cucumber leaf spot virus (CLSV; genus ) and red clover necrotic mosaic virus (RCNMV; genus ) were determined to resolutions of 3.2 Å and 2.9 Å, respectively, with cryo-electron microscopy and image reconstruction methods. While the shell domains had homologous structures, the stabilizing interactions at the icosahedral 3-fold axes and the R domains differed greatly. The heterogeneity in the R domains among the members of the family is likely correlated with differences in the sizes and characteristics of the corresponding genomes. We propose that the changes in the R domain/RNA interactions evolved different arm domain interactions at the β-annuli. For example, RCNMV has the largest genome and it appears to have created the necessary space in the capsid by evolving the shortest R domain. The resulting loss in RNA/R domain interactions may have been compensated for by increased intersubunit β-strand interactions at the icosahedral 3-fold axes. Therefore, the R and arm domains may have coevolved to package different genomes within the conserved and rigid shell. Members of the family have nearly identical shells, and yet they package genomes that range from 4.6 kb (monopartite) to 5.3 kb (bipartite) in size. To understand how this genome flexibility occurs within a rigidly conserved shell, we determined the high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of cucumber leaf spot virus and red clover necrotic mosaic virus. In response to genomic size differences, it appears that the ssRNA binding (R) domain of the capsid diverged evolutionarily in order to recognize the different genomes. The next region, the "arm," seems to have also coevolved with the R domain to allow particle assembly via interactions at the icosahedral 3-fold axes. In addition, there are differences at the icosahedral 3-fold axes with regard to metal binding that are likely important for transmission and the viral life cycle.
履歴
登録2018年10月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月16日-
マップ公開2019年10月16日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 250
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 250
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6mrm
  • 表面レベル: 250
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6mrm
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9205.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9205.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Red clover necrotic mosaic virus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 512 pix.
= 540.467 Å		1.06 Å/pix.
x 512 pix.
= 540.467 Å		1.06 Å/pix.
x 512 pix.
= 540.467 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0556 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 250.0 / ムービー #1: 250
最小 - 最大-689.855699999999956 - 1112.650100000000066
平均 (標準偏差)0.010013332 (±70.970780000000005)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-256-256-256
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 540.4672 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0555996093751.0555996093751.055599609375
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z540.467540.467540.467
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ929262
NX/NY/NZ290290360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-256-256-256
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-689.8561112.6500.010

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Red clover necrotic mosaic virus

全体名称: Red clover necrotic mosaic virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Red clover necrotic mosaic virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Red clover necrotic mosaic virus

超分子名称: Red clover necrotic mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 12267 / 生物種: Red clover necrotic mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Red clover necrotic mosaic virus (ウイルス)
分子量理論値: 36.617473 KDa
配列文字列: MSSKAPKKSK QRSQPRNRTP NTSVKTVAIP FAKTQIIKTV NPPPKPARGI LHTQLVMSVV GSVQMRTNNG KSNQRFRLNP SNPALFPTL AYEAANYDMY RLKKLTLRYV PLVTVQNSGR VAMIWDPDSQ DSAPQSRQEI SAYSRSVSTA VYEKCSLTIP A DNQWRFVA ...文字列:
MSSKAPKKSK QRSQPRNRTP NTSVKTVAIP FAKTQIIKTV NPPPKPARGI LHTQLVMSVV GSVQMRTNNG KSNQRFRLNP SNPALFPTL AYEAANYDMY RLKKLTLRYV PLVTVQNSGR VAMIWDPDSQ DSAPQSRQEI SAYSRSVSTA VYEKCSLTIP A DNQWRFVA DNTTVDRKLV DFGQLLFVTH SGSDGIETGD IFLDCEVEFK GPQPTASIVQ KTVIDLGGTL TSFEGPSYLM PP DAFITSS SFGLFVDVAG TYLLTLVVTC STTGSVTVGG NSTLVGDGRA AYGSSNYIAS IVFTSSGVLS TTPSVQFSGS SGV SRVQMN ICRCKQGNTF ILG

UniProtKB: Capsid protein

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k)
平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1236
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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