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万見
- EMDB-5379: Cryo-EM 3D reconstruction of naturally empty Triatoma Virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5379
タイトルCryo-EM 3D reconstruction of naturally empty Triatoma Virus
マップデータ3D reconstruction of naturally empty TrV particle
試料
  • 試料: Naturally empty Triatoma Virus
  • ウイルス: Triatoma virus (ウイルス)
キーワードTriatoma virus / Dicistrovirus / cryo-electron microscopy / 3D reconstruction
生物種Triatoma virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 19.0 Å
データ登録者Neumann E / Agirre J / Goret G / LeGoff M / Marti GA / Navaza J / Guerin DMA
引用ジャーナル: J Gen Virol / 年: 2013
タイトル: Cryo-electron microscopy reconstructions of triatoma virus particles: a clue to unravel genome delivery and capsid disassembly.
著者: J Agirre / G Goret / M LeGoff / R Sánchez-Eugenia / G A Marti / J Navaza / D M A Guérin / E Neumann /
要旨: Triatoma virus (TrV) is a member of the insect virus family Dicistroviridae and consists of a small, non-enveloped capsid that encloses its positive-sense ssRNA genome. Using cryo-transmission ...Triatoma virus (TrV) is a member of the insect virus family Dicistroviridae and consists of a small, non-enveloped capsid that encloses its positive-sense ssRNA genome. Using cryo-transmission electron microscopy and three-dimensional reconstruction techniques combined with fitting of the available crystallographic models, this study analysed the capsids corresponding to mature and several RNA-empty TrV particles. After genome release, the resulting reconstruction of the empty capsids displayed no prominent conformational changes with respect to the full virion capsid. The results showed that RNA delivery led to empty capsids with an apparent overall intact protein shell and suggested that, in a subsequent step, empty capsids disassemble into small symmetrical particles. Contrary to what is observed upon genome release in mammalian picornaviruses, the empty TrV capsid maintained a protein shell thickness and size identical to that in full virions.
履歴
登録2012年1月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年1月13日-
マップ公開2013年2月13日-
更新2013年8月14日-
現状2013年8月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.001
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.001
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5379_1.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5379.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 61.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D reconstruction of naturally empty TrV particle
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.77 Å/pix.
x 255 pix.
= 451.35 Å		1.77 Å/pix.
x 255 pix.
= 451.35 Å		1.77 Å/pix.
x 255 pix.
= 451.35 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.77 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.001 / ムービー #1: 0.001
最小 - 最大-0.00361 - 0.00415
平均 (標準偏差)0.00004377 (±0.00070964)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-127-107-127
サイズ255255255
Spacing255255255
セルA=B=C: 451.35 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.771.771.77
M x/y/z255255255
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z451.350451.350451.350
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-107-127-127
NC/NR/NS255255255
D min/max/mean-0.0040.0040.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Naturally empty Triatoma Virus

全体名称: Naturally empty Triatoma Virus
要素
  • 試料: Naturally empty Triatoma Virus
  • ウイルス: Triatoma virus (ウイルス)

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超分子 #1000: Naturally empty Triatoma Virus

超分子名称: Naturally empty Triatoma Virus / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Triatoma virus

超分子名称: Triatoma virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: TrV / NCBI-ID: 103442 / 生物種: Triatoma virus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: OTHER / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: TrV
宿主別称: INVERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: NMT (10 mM NaCl, 1 mM MgCl2, 50 mM Tris-HCl)
グリッド詳細: 400 mesh quantifoil grid
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot FEI

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200T
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 15
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 39500 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 38000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EM3DR2 / 使用した粒子像数: 695

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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