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- EMDB-9191: Structure of double-stranded target DNA engaged Csy complex from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9191
タイトルStructure of double-stranded target DNA engaged Csy complex from Pseudomonas aeruginosa (PA-14)
マップデータComposite sharpened map of the complex generated from multiple focused maps of different sub-regions of the complex. A B-factor of -35 was used for sharpening the map.
試料
  • 複合体: Double-stranded target DNA engaged Csy Complex from Pseudomonas aeruginosa (PA-14)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy2
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy3
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
    • RNA: CRISPR RNA (60-MER)
    • DNA: CRISPR target DNA (44-MER)
    • DNA: Non-complementary R-loop DNA strand
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy1
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Csy1 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy1) / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST superfamily / CRISPR-associated protein (Cas_Csy4) / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy2) / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy3)
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated protein Csy1 / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) / Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Chowdhury S / Rollins MF / Carter J / Golden SM / Miettinen HM / Santiago-Frangos A / Faith D / Lawrence MC / Wiedenheft B / Lander GC
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Structure Reveals a Mechanism of CRISPR-RNA-Guided Nuclease Recruitment and Anti-CRISPR Viral Mimicry.
著者: MaryClare F Rollins / Saikat Chowdhury / Joshua Carter / Sarah M Golden / Heini M Miettinen / Andrew Santiago-Frangos / Dominick Faith / C Martin Lawrence / Gabriel C Lander / Blake Wiedenheft /
要旨: Bacteria and archaea have evolved sophisticated adaptive immune systems that rely on CRISPR RNA (crRNA)-guided detection and nuclease-mediated elimination of invading nucleic acids. Here, we present ...Bacteria and archaea have evolved sophisticated adaptive immune systems that rely on CRISPR RNA (crRNA)-guided detection and nuclease-mediated elimination of invading nucleic acids. Here, we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the type I-F crRNA-guided surveillance complex (Csy complex) from Pseudomonas aeruginosa bound to a double-stranded DNA target. Comparison of this structure to previously determined structures of this complex reveals a ∼180-degree rotation of the C-terminal helical bundle on the "large" Cas8f subunit. We show that the double-stranded DNA (dsDNA)-induced conformational change in Cas8f exposes a Cas2/3 "nuclease recruitment helix" that is structurally homologous to a virally encoded anti-CRISPR protein (AcrIF3). Structural homology between Cas8f and AcrIF3 suggests that AcrIF3 is a mimic of the Cas8f nuclease recruitment helix.
履歴
登録2018年10月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月24日-
マップ公開2018年10月24日-
更新2019年3月20日-
現状2019年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0595
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0595
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ne0
  • 表面レベル: 0.0595
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9191.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9191.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite sharpened map of the complex generated from multiple focused maps of different sub-regions of the complex. A B-factor of -35 was used for sharpening the map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 160 pix.
= 184. Å		1.15 Å/pix.
x 160 pix.
= 184. Å		1.15 Å/pix.
x 160 pix.
= 184. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0595 / ムービー #1: 0.0595
最小 - 最大-0.121736825 - 0.27672002
平均 (標準偏差)0.0024644134 (±0.016295806)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 184.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.151.151.15
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z184.000184.000184.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.1220.2770.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_9191_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Composite unsharpened map of the complex generated from...

ファイルemd_9191_additional_1.map
注釈Composite unsharpened map of the complex generated from multiple focused maps of different sub-regions of the complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened non-focused map of the full complex

ファイルemd_9191_additional_2.map
注釈Sharpened non-focused map of the full complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened non-focused map of the full complex

ファイルemd_9191_additional_3.map
注釈Unsharpened non-focused map of the full complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused map of "Region-1" of the Csy-DNA complex,...

ファイルemd_9191_additional_4.map
注釈Focused map of "Region-1" of the Csy-DNA complex, comprising the head (Cas6f-crRNA stem loop) - Cas8f C-terminal helix bundle - Cas7.1f and Cas7.2f subunits
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused map of "Region-2" of the Csy-DNA complex,...

ファイルemd_9191_additional_5.map
注釈Focused map of "Region-2" of the Csy-DNA complex, comprising all six Cas7f subunits - crRNA - complimentary target DNA strand
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused map of "Region-3" of the Csy-DNA complex,...

ファイルemd_9191_additional_6.map
注釈Focused map of "Region-3" of the Csy-DNA complex, comprising the tail (Cas8f N-terminal half - Cas5f - double-stranded target DNA) - Cas7.6 subunit
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unfiltered composite half map #1

ファイルemd_9191_half_map_1.map
注釈Unfiltered composite half map #1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unfiltered composite half map #2

ファイルemd_9191_half_map_2.map
注釈Unfiltered composite half map #2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Double-stranded target DNA engaged Csy Complex from Pseudomonas a...

全体名称: Double-stranded target DNA engaged Csy Complex from Pseudomonas aeruginosa (PA-14)
要素
  • 複合体: Double-stranded target DNA engaged Csy Complex from Pseudomonas aeruginosa (PA-14)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy2
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy3
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
    • RNA: CRISPR RNA (60-MER)
    • DNA: CRISPR target DNA (44-MER)
    • DNA: Non-complementary R-loop DNA strand
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy1

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超分子 #1: Double-stranded target DNA engaged Csy Complex from Pseudomonas a...

超分子名称: Double-stranded target DNA engaged Csy Complex from Pseudomonas aeruginosa (PA-14)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
分子量理論値: 360 KDa

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分子 #1: CRISPR-associated protein Csy2

分子名称: CRISPR-associated protein Csy2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14
分子量理論値: 36.244074 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSVTDPEALL LLPRLSIQNA NAISSPLTWG FPSPGAFTGF VHALQRRVGI SLDIELDGVG IVCHRFEAQI SQPAGKRTKV FNLTRNPLN RDGSTAAIVE EGRAHLEVSL LLGVHGDGLD DHPAQEIARQ VQEQAGAMRL AGGSILPWCN ERFPAPNAEL L MLGGSDEQ ...文字列:
MSVTDPEALL LLPRLSIQNA NAISSPLTWG FPSPGAFTGF VHALQRRVGI SLDIELDGVG IVCHRFEAQI SQPAGKRTKV FNLTRNPLN RDGSTAAIVE EGRAHLEVSL LLGVHGDGLD DHPAQEIARQ VQEQAGAMRL AGGSILPWCN ERFPAPNAEL L MLGGSDEQ RRKNQRRLTR RLLPGFALVS REALLQQHLE TLRTTLPEAT TLDALLDLCR INFEPPATSS EEEASPPDAA WQ VRDKPGW LVPIPAGYNA LSPLYLPGEV RNARDRETPL RFVENLFGLG EWLSPHRVAA LSDLLWYHHA EPDKGLYRWS TPR FVEHAI A

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分子 #2: CRISPR-associated protein Csy3

分子名称: CRISPR-associated protein Csy3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14
分子量理論値: 37.579273 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSKPILSTAS VLAFERKLDP SDALMSAGAW AQRDASQEWP AVTVREKSVR GTISNRLKTK DRDPAKLDAS IQSPNLQTVD VANLPSDAD TLKVRFTLRV LGGAGTPSAC NDAAYRDKLL QTVATYVNDQ GFAELARRYA HNLANARFLW RNRVGAEAVE V RINHIRQG ...文字列:
MSKPILSTAS VLAFERKLDP SDALMSAGAW AQRDASQEWP AVTVREKSVR GTISNRLKTK DRDPAKLDAS IQSPNLQTVD VANLPSDAD TLKVRFTLRV LGGAGTPSAC NDAAYRDKLL QTVATYVNDQ GFAELARRYA HNLANARFLW RNRVGAEAVE V RINHIRQG EVARAWRFDA LAIGLRDFKA DAELDALAEL IASGLSGSGH VLLEVVAFAR IGDGQEVFPS QELILDKGDK KG QKSKTLY SVRDAAAIHS QKIGNALRTI DTWYPDEDGL GPIAVEPYGS VTSQGKAYRQ PKQKLDFYTL LDNWVLRDEA PAV EQQHYV IANLIRGGVF GEAEEK

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分子 #3: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4

分子名称: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14
分子量理論値: 21.675781 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: FTMDHYLDIR LRPDPEFPPA QLMSVLFGKL HQALVAQGGD RIGVSFPDLD ESRSRLGERL RIHASADDLR ALLARPWLEG LRDHLQFGE PAVVPHPTPY RQVSRVQAKS NPERLRRRLM RRHDLSEEEA RKRIPDTVAR ALDLPFVTLR SQSTGQHFRL F IRHGPLQV ...文字列:
FTMDHYLDIR LRPDPEFPPA QLMSVLFGKL HQALVAQGGD RIGVSFPDLD ESRSRLGERL RIHASADDLR ALLARPWLEG LRDHLQFGE PAVVPHPTPY RQVSRVQAKS NPERLRRRLM RRHDLSEEEA RKRIPDTVAR ALDLPFVTLR SQSTGQHFRL F IRHGPLQV TAEEGGFTCY GLSKGGFVPW F

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分子 #7: CRISPR-associated protein Csy1

分子名称: CRISPR-associated protein Csy1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14
分子量理論値: 49.194168 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTSPLPTPTW QELRQFIESF IQERLQGKLD KLQPDEDDKR QTLLATHRRE AWLADAARRV GQLQLVTHTL KPIHPDARGS NLHSLPQAP GQPGLAGSHE LGDRLVSDVV GNAAALDVFK FLSLQYQGKN LLNWLTEDSA EALQALSDNA EQAREWRQAF I GITTVKGA ...文字列:
MTSPLPTPTW QELRQFIESF IQERLQGKLD KLQPDEDDKR QTLLATHRRE AWLADAARRV GQLQLVTHTL KPIHPDARGS NLHSLPQAP GQPGLAGSHE LGDRLVSDVV GNAAALDVFK FLSLQYQGKN LLNWLTEDSA EALQALSDNA EQAREWRQAF I GITTVKGA PASHSLAKQL YFPLPGSGYH LLAPLFPTSL VHHVHALLRE ARFGDAAKAA REARSRQESW PHGFSEYPNL AI QKFGGTK PQNISQLNNE RRGENWLLPS LPPNWQRQNV NAPMRHSSVF EHDFGRTPEV SRLTRTLQRF LAKTVHNNLA IRQ RRAQLV AQICDEALQY AARLRELEPG WSATPGCQLH DAEQLWLDPL RAQTDETFLQ RRLRGDWPAE VGNRFANWLN RAVS SDSQI LGSPEAAQWS QELSKELTMF KEILEDERD

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分子 #4: CRISPR RNA (60-MER)

分子名称: CRISPR RNA (60-MER) / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
分子量理論値: 19.265404 KDa
配列文字列:
CUAAGAAAUU CACGGCGGGC UUGAUGUCCG CGUCUACCUG GUUCACUGCC GUGUAGGCAG

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分子 #5: CRISPR target DNA (44-MER)

分子名称: CRISPR target DNA (44-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
分子量理論値: 13.584703 KDa
配列文字列:
(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA) (DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT) (DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG) (DC) (DT)(DT)(DC)(DT)

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分子 #6: Non-complementary R-loop DNA strand

分子名称: Non-complementary R-loop DNA strand / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
分子量理論値: 10.476714 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA) (DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC) (DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT)(DC)(DC)(DG)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
100.0 mMKClpotassium chloride
1.0 mMC9H15O6PTCEP
2.0 % (v/v)C3H8O3glycerol
0.05 % (v/v)C47H88O22lauryl maltose neopentyl glycol
グリッドモデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Freezing was carried out in a cold room at 4 degrees C and relative humidity of 98%. 5 uL sample was applied to plasma cleaned grid and manually blotted with Whatman 1 filter paper for 5-7 ...詳細: Freezing was carried out in a cold room at 4 degrees C and relative humidity of 98%. 5 uL sample was applied to plasma cleaned grid and manually blotted with Whatman 1 filter paper for 5-7 sec before plunge freezing..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
温度最低: 77.0 K / 最高: 79.0 K
詳細Objective astigmatism was corrected at 36000x magnification using Thon rings visualized with a K2 camera.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 2.5 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-56 / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 3208 / 平均露光時間: 14.0 sec. / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
詳細: Data were acquired using Leginon and collected on K2 summit operating in super-resolution mode.
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Super-resolution movie frames were Fourier-binned 2 x 2 times to a pixel size of 1.15 Angstrom/pixel prior to dose-weighted frame alignment using MotionCorr2.
粒子像選択選択した数: 1543677
詳細: Particles were initially extracted binned by 2 with a box size of 144 pixels (2.3 Angstrom/pixel). The final processing was carried out with an unbinned particle stack with a box size of 288 ...詳細: Particles were initially extracted binned by 2 with a box size of 144 pixels (2.3 Angstrom/pixel). The final processing was carried out with an unbinned particle stack with a box size of 288 pixels (1.15 Angstrom/pixel).
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8624


詳細: This map was low pass-filtered to 60 Angstrom and used as initial model for 3D reconstruction and data processing.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: The final map was reconstructed using several focused maps from different subregions of the complex. These were initially aligned to each other and then stitched using the vop maximum ...詳細: The final map was reconstructed using several focused maps from different subregions of the complex. These were initially aligned to each other and then stitched using the vop maximum function in UCSF Chimera. The resolution of the final composite map is 3.2 Angstrom.
使用した粒子像数: 291227
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5uz9

詳細The atomic models for Cas5f, Cas8f, Cas6f, and Cas7f from the Csy Acr complex (PDB ID 5UZ9) were used as initial template models for model building. These were individually rigid body-fitted into the reconstructed maps using the fit map function in UCSF Chimera, and residue registers and backbone geometries were fixed in Coot. Models for the crRNA and DNA strands were also manually built into the map using Coot.
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6ne0:
Structure of double-stranded target DNA engaged Csy complex from Pseudomonas aeruginosa (PA-14)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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