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- EMDB-9116: CryoEM reconstruction of native lens connexin-46/50 at 3.4 angstr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9116
タイトルCryoEM reconstruction of native lens connexin-46/50 at 3.4 angstrom resolution
マップデータCx46/50 D6 symmetrized map, 3.4 angstrom resolution, sharpened
試料
  • 複合体: Connexin-46 gap junction
    • タンパク質・ペプチド: Gap junction alpha-3 protein, connexin-46
キーワードion channel / gap junction / cell communication / connexin / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


gap junction hemi-channel activity / gap junction-mediated intercellular transport / connexin complex / gap junction channel activity / visual perception / cell-cell signaling / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gap junction alpha-3 protein (Cx46) / Gap junction alpha-8 protein (Cx50) / Gap junction alpha-8 protein (Cx50) / Connexin, C-terminal / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily / Connexin ...Gap junction alpha-3 protein (Cx46) / Gap junction alpha-8 protein (Cx50) / Gap junction alpha-8 protein (Cx50) / Connexin, C-terminal / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily / Connexin / Connexins signature 1. / Connexins signature 2. / Connexin homologues / Gap junction channel protein cysteine-rich domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Gap junction alpha-8 protein / Gap junction alpha-3 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Myers JB / Reichow SL
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM124779 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structure of native lens connexin 46/50 intercellular channels by cryo-EM.
著者: Janette B Myers / Bassam G Haddad / Susan E O'Neill / Dror S Chorev / Craig C Yoshioka / Carol V Robinson / Daniel M Zuckerman / Steve L Reichow /
要旨: Gap junctions establish direct pathways for cell-to-cell communication through the assembly of twelve connexin subunits that form intercellular channels connecting neighbouring cells. Co-assembly of ...Gap junctions establish direct pathways for cell-to-cell communication through the assembly of twelve connexin subunits that form intercellular channels connecting neighbouring cells. Co-assembly of different connexin isoforms produces channels with unique properties and enables communication across cell types. Here we used single-particle cryo-electron microscopy to investigate the structural basis of connexin co-assembly in native lens gap junction channels composed of connexin 46 and connexin 50 (Cx46/50). We provide the first comparative analysis to connexin 26 (Cx26), which-together with computational studies-elucidates key energetic features governing gap junction permselectivity. Cx46/50 adopts an open-state conformation that is distinct from the Cx26 crystal structure, yet it appears to be stabilized by a conserved set of hydrophobic anchoring residues. 'Hot spots' of genetic mutations linked to hereditary cataract formation map to the core structural-functional elements identified in Cx46/50, suggesting explanations for many of the disease-causing effects.
履歴
登録2018年9月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月10日-
マップ公開2018年12月12日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6mhq
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6mhy
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9116.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9116.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cx46/50 D6 symmetrized map, 3.4 angstrom resolution, sharpened
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.67 Å/pix.
x 320 pix.
= 212.8 Å		0.67 Å/pix.
x 320 pix.
= 212.8 Å		0.67 Å/pix.
x 320 pix.
= 212.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.665 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.11425026 - 0.18102528
平均 (標準偏差)0.0005660806 (±0.0062425938)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 212.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.6650.6650.665
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z212.800212.800212.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-153-266-98
NX/NY/NZ528514389
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1140.1810.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_9116_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_9116_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Cx46/50 D6 symmetrized map, 3.5 angstrom resolution, sharpened

ファイルemd_9116_additional_1.map
注釈Cx46/50 D6 symmetrized map, 3.5 angstrom resolution, sharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Cx46/50 D6 symmetrized map, 3.5 angstrom resolution, unprocessed

ファイルemd_9116_additional_2.map
注釈Cx46/50 D6 symmetrized map, 3.5 angstrom resolution, unprocessed
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Cx46/50 D6 symmetrized map, 3.4 angstrom resolution, unprocessed

ファイルemd_9116_additional_3.map
注釈Cx46/50 D6 symmetrized map, 3.4 angstrom resolution, unprocessed
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Connexin-46 gap junction

全体名称: Connexin-46 gap junction
要素
  • 複合体: Connexin-46 gap junction
    • タンパク質・ペプチド: Gap junction alpha-3 protein, connexin-46

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超分子 #1: Connexin-46 gap junction

超分子名称: Connexin-46 gap junction / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Eye / 組織: Lens
細胞中の位置: C-terminal truncated version isolated from lens core
分子量理論値: 450 KDa

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分子 #1: Gap junction alpha-3 protein, connexin-46

分子名称: Gap junction alpha-3 protein, connexin-46 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Eye / 組織: Lens
分子量理論値: 37.968516 KDa
配列文字列: MGDWSFLGRL LENAQEHSTV IGKVWLTVLF IFRILVLGAA AEEVWGDEQS DFTCNTQQPG CENVCYDRAF PISHVRFWVL QIIFVSTPT LIYLGHVLHL VRMEEKRKER EEEPPKAAGP AEEHQDPAPV RDDRGKVRIA GALLRTYVFN IIFKTLFEVG F IAGQYFLY ...文字列:
MGDWSFLGRL LENAQEHSTV IGKVWLTVLF IFRILVLGAA AEEVWGDEQS DFTCNTQQPG CENVCYDRAF PISHVRFWVL QIIFVSTPT LIYLGHVLHL VRMEEKRKER EEEPPKAAGP AEEHQDPAPV RDDRGKVRIA GALLRTYVFN IIFKTLFEVG F IAGQYFLY GFQLKPLYRC DRWPCPNTVD CFISRPTEKT IFILFMLAVA CVSLLLNVLE IYHLGWKKLK QGMTSPFRPD TP GSRAGSA KPMGGSPLLL PPNSAPPAVT IGFPPYYAPS ASSLGQASAP GYPEPPLPAA LPGTPGTPGT PGTLGGGGGN QGL RAPAQN CANREAEPQT SARKASPPAS TP

UniProtKB: Gap junction alpha-3 protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.35 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHepes
150.0 mMNaCl
2.0 mMEDTA
2.0 mMEGTA
グリッドモデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 10 sec wait before blotting, 4.0 second blot before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.25 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 398066
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: CX46/50 negative stain model generated in EMAN2
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D6 (2回x6回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 使用した粒子像数: 30128
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2zw3


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-6mhq:
Structure of connexin-46 intercellular gap junction channel at 3.4 angstrom resolution by cryoEM

PDB-6mhy:
Structure of connexin-50 intercellular gap junction channel at 3.4 angstrom resolution by cryoEM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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