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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9080 | |||||||||||||||
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タイトル | Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein (No. 12) | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 100.1 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Lei D / Yu Y / Kuang Y / Krauss R / Ren G | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Biochim Biophys Acta Mol Cell Biol Lipids / 年: 2019 タイトル: Single-molecule 3D imaging of human plasma intermediate-density lipoproteins reveals a polyhedral structure. 著者: Dongsheng Lei / Yadong Yu / Yu-Lin Kuang / Jianfang Liu / Ronald M Krauss / Gang Ren / 要旨: Intermediate-density lipoproteins (IDLs), the remnants of very-low-density lipoproteins via lipolysis, are rich in cholesteryl ester and are associated with cardiovascular disease. Despite ...Intermediate-density lipoproteins (IDLs), the remnants of very-low-density lipoproteins via lipolysis, are rich in cholesteryl ester and are associated with cardiovascular disease. Despite pharmacological interest in IDLs, their three-dimensional (3D) structure is still undetermined due to their variation in size, composition, and dynamic structure. To explore the 3D structure of IDLs, we reconstructed 3D density maps from individual IDL particles using cryo-electron microscopy (cryo-EM) and individual-particle electron tomography (IPET, without averaging from different molecules). 3D reconstructions of IDLs revealed an unexpected polyhedral structure that deviates from the generally assumed spherical shape model (Frias et al., 2007; Olson, 1998; Shen et al., 1977). The polyhedral-shaped IDL contains a high-density shell formed by flat surfaces that are similar to those of very-low-density lipoproteins but have sharper dihedral angles between nearby surfaces. These flat surfaces would be less hydrophobic than the curved surface of mature spherical high-density lipoprotein (HDL), leading to a lower binding affinity of IDL to hydrophobic proteins (such as cholesteryl ester transfer protein) than HDL. This is the first visualization of the IDL 3D structure, which could provide fundamental clues for delineating the role of IDL in lipid metabolism and cardiovascular disease. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9080.map.gz | 24.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9080-v30.xml emd-9080.xml | 10.4 KB 10.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9080_fsc.xml | 6.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9080.png | 23.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9080 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9080 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9080_validation.pdf.gz | 78.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9080_full_validation.pdf.gz | 77.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9080_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9080 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9080 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9069C 9070C 9071C 9072C 9073C 9074C 9075C 9076C 9077C 9078C 9079C 9081C 9082C 9083C 9084C 9085C 9086C 9087C 9088C 9089C 9090C 9091C 9092C 9093C 9094C 9095C 9096C 9097C 9098C 9099C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9080.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human plasma intermediate-density lipoprotein
全体 | 名称: Human plasma intermediate-density lipoprotein |
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要素 |
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-超分子 #1: Human plasma intermediate-density lipoprotein
超分子 | 名称: Human plasma intermediate-density lipoprotein / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood |
分子量 | 実験値: 3 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 / 詳細: Dulbecco's phosphate buffered saline (DPBS) |
グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: LEICA EM GP |
詳細 | Human IDLs were isolated from the plasma of a healthy individual by non-equilibrium density gradient ultracentrifugation |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | ZEISS LIBRA120PLUS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 1.37 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 倍率(公称値): 50000 |