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万見
- EMDB-9064: Cryo-EM structure of the PYD filament of AIM2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9064
タイトルCryo-EM structure of the PYD filament of AIM2
マップデータPYD filament of AIM2
試料
  • 細胞器官・細胞要素: PYD of AIM2
    • タンパク質・ペプチド: Interferon-inducible protein AIM2
    • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein
機能・相同性
機能・相同性情報


pyroptosome complex assembly / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / cysteine-type endopeptidase activator activity / regulation of behavior / AIM2 inflammasome complex / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity ...pyroptosome complex assembly / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / cysteine-type endopeptidase activator activity / regulation of behavior / AIM2 inflammasome complex / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / pyroptotic inflammatory response / T cell homeostasis / cellular response to interferon-beta / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / signaling adaptor activity / positive regulation of defense response to virus by host / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / activation of innate immune response / bioluminescence / positive regulation of interleukin-1 beta production / generation of precursor metabolites and energy / brain development / neuron cellular homeostasis / positive regulation of inflammatory response / cellular response to xenobiotic stimulus / site of double-strand break / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / double-stranded DNA binding / defense response to virus / inflammatory response / immune response / innate immune response / DNA damage response / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
HIN-200/IF120x / HIN-200 family / HIN-200/IF120x domain / HIN-200 A and B domains profile. / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related ...HIN-200/IF120x / HIN-200 family / HIN-200/IF120x domain / HIN-200 A and B domains profile. / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Death-like domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon-inducible protein AIM2 / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.0 Å
データ登録者Lu A / Li Y / Wu H
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2015
タイトル: Plasticity in PYD assembly revealed by cryo-EM structure of the PYD filament of AIM2.
著者: Alvin Lu / Yang Li / Qian Yin / Jianbin Ruan / Xiong Yu / Edward Egelman / Hao Wu /
要旨: Absent in melanoma 2 (AIM2) is an essential cytosolic double-stranded DNA receptor that assembles with the adaptor, apoptosis-associated speck-like protein containing a caspase recruitment domain ...Absent in melanoma 2 (AIM2) is an essential cytosolic double-stranded DNA receptor that assembles with the adaptor, apoptosis-associated speck-like protein containing a caspase recruitment domain (ASC), and caspase-1 to form the AIM2 inflammasome, which leads to proteolytic maturation of cytokines and pyroptotic cell death. AIM2 contains an N-terminal Pyrin domain (PYD) that interacts with ASC through PYD/PYD interactions and nucleates ASC filament formation. To elucidate the molecular basis of AIM2-induced ASC polymerization, we generated AIM2 filaments fused to green fluorescent protein (GFP) and determined its cryo-electron microscopic (cryo-EM) structure. The map showed distinct definition of helices, allowing fitting of the crystal structure. Surprisingly, the GFP-AIM2 filament is a 1-start helix with helical parameters distinct from those of the 3-start ASC filament. However, despite the apparent symmetry difference, helical net and detailed interface analyses reveal minimal changes in subunit packing. GFP-AIM2 nucleated ASC filament formation in comparable efficiency as untagged AIM2, suggesting assembly plasticity in both AIM2 and ASC. The DNA-binding domain of AIM2 is able to form AIM2/DNA filaments, within which the AIM2 is brought into proximity to template ASC filament assembly. Because ASC is able to interact with many PYD-containing receptors for the formation of inflammasomes, the observed structural plasticity may be critically important for this versatility in the PYD/PYD interactions.
履歴
登録2018年8月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年9月5日-
マップ公開2018年9月5日-
更新2018年9月5日-
現状2018年9月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1000
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1000
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6mb2
  • 表面レベル: 1000
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9064.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9064.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 112.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PYD filament of AIM2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.58 Å/pix.
x 200 pix.
= 115. Å		0.58 Å/pix.
x 384 pix.
= 220.8 Å		0.58 Å/pix.
x 384 pix.
= 220.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.575 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1000. / ムービー #1: 1000
最小 - 最大51.663567 - 1369.084499999999935
平均 (標準偏差)521.985400000000027 (±287.610380000000021)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-192-192-99
サイズ384384200
Spacing384384200
セルA: 220.79999 Å / B: 220.79999 Å / C: 115.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.5750.5750.575
M x/y/z384384200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z220.800220.800115.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-192-192-99
NC/NR/NS384384200
D min/max/mean51.6641369.084521.985

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PYD of AIM2

全体名称: PYD of AIM2
要素
  • 細胞器官・細胞要素: PYD of AIM2
    • タンパク質・ペプチド: Interferon-inducible protein AIM2
    • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein

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超分子 #1: PYD of AIM2

超分子名称: PYD of AIM2 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Interferon-inducible protein AIM2

分子名称: Interferon-inducible protein AIM2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.839629 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
AMESKYKEIL LLTGLDNITD EELDRFKGFL SDEFNIATGK LHTANRIQVA TLMIQNAGAV SAVMKTIRIF QKLNYMLLAK RLQEEKEKV DKQYK

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分子 #2: Green fluorescent protein

分子名称: Green fluorescent protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ)
分子量理論値: 25.924553 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SKGEELFTGV VPILVELDGD VNGHKFSVSG EGEGDATYGK LTLKFICTTG KLPVPWPTLV TTF(CRO)VQCFSR YPDH (MSE)KRHD FFKSA(MSE)PEGY VQERTIFFKD DGNYKTRAEV KFEGDTLVNR IELKGIDFKE DGNILGHKLE YNYNSHN VY I(MSE) ...文字列:
SKGEELFTGV VPILVELDGD VNGHKFSVSG EGEGDATYGK LTLKFICTTG KLPVPWPTLV TTF(CRO)VQCFSR YPDH (MSE)KRHD FFKSA(MSE)PEGY VQERTIFFKD DGNYKTRAEV KFEGDTLVNR IELKGIDFKE DGNILGHKLE YNYNSHN VY I(MSE)ADKQKNGI KVNFKIRHNI EDGSVQLADH YQQNTPIGDG PVLLPDNHYL STQSALSKDP NEKRDH(MSE)VLL EFVTAAGI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 6.0 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 138.9 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 54973
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Solid cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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