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- EMDB-9029: Hemagglutinin trimeric ectodomain (B/Massachusetts/02/2012) in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9029
タイトルHemagglutinin trimeric ectodomain (B/Massachusetts/02/2012) in complex with Fab from IgG CR9114 and single-domain antibody SD84
マップデータHemagglutinin trimeric ectodomain (B/Massachusetts/02/2012) in complex with Fab from IgG CR9114 and single-domain antibody SD84
試料
  • 複合体: Hemagglutinin trimeric ectodomain (B/Massachusetts/02/2012) in complex with Fab from IgG CR9114 and single-domain antibody SD84.
    • 複合体: Hemagglutinin trimeric ectodomain
    • 複合体: Fab from IgG CR9114
    • 複合体: Single-domain antibody SD84
生物種Influenza B virus (B/Massachusetts/02/2012) (B型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å
データ登録者Pallesen J / Nieusma T / Hoffman RMB / Ward AB
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Universal protection against influenza infection by a multidomain antibody to influenza hemagglutinin.
著者: Nick S Laursen / Robert H E Friesen / Xueyong Zhu / Mandy Jongeneelen / Sven Blokland / Jan Vermond / Alida van Eijgen / Chan Tang / Harry van Diepen / Galina Obmolova / Marijn van der Neut ...著者: Nick S Laursen / Robert H E Friesen / Xueyong Zhu / Mandy Jongeneelen / Sven Blokland / Jan Vermond / Alida van Eijgen / Chan Tang / Harry van Diepen / Galina Obmolova / Marijn van der Neut Kolfschoten / David Zuijdgeest / Roel Straetemans / Ryan M B Hoffman / Travis Nieusma / Jesper Pallesen / Hannah L Turner / Steffen M Bernard / Andrew B Ward / Jinquan Luo / Leo L M Poon / Anna P Tretiakova / James M Wilson / Maria P Limberis / Ronald Vogels / Boerries Brandenburg / Joost A Kolkman / Ian A Wilson /
要旨: Broadly neutralizing antibodies against highly variable pathogens have stimulated the design of vaccines and therapeutics. We report the use of diverse camelid single-domain antibodies to influenza ...Broadly neutralizing antibodies against highly variable pathogens have stimulated the design of vaccines and therapeutics. We report the use of diverse camelid single-domain antibodies to influenza virus hemagglutinin to generate multidomain antibodies with impressive breadth and potency. Multidomain antibody MD3606 protects mice against influenza A and B infection when administered intravenously or expressed locally from a recombinant adeno-associated virus vector. Crystal and single-particle electron microscopy structures of these antibodies with hemagglutinins from influenza A and B viruses reveal binding to highly conserved epitopes. Collectively, our findings demonstrate that multidomain antibodies targeting multiple epitopes exhibit enhanced virus cross-reactivity and potency. In combination with adeno-associated virus-mediated gene delivery, they may provide an effective strategy to prevent infection with influenza virus and other highly variable pathogens.
履歴
登録2018年8月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年9月5日-
マップ公開2018年11月14日-
更新2018年11月14日-
現状2018年11月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9029.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9029.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 45.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Hemagglutinin trimeric ectodomain (B/Massachusetts/02/2012) in complex with Fab from IgG CR9114 and single-domain antibody SD84
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 228 pix.
= 298.68 Å		1.31 Å/pix.
x 228 pix.
= 298.68 Å		1.31 Å/pix.
x 228 pix.
= 298.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.018618532 - 0.07016123
平均 (標準偏差)0.00028470787 (±0.0036746194)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ228228228
Spacing228228228
セルA=B=C: 298.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z228228228
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z298.680298.680298.680
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS228228228
D min/max/mean-0.0190.0700.000

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添付データ

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ハーフマップ: Hemagglutinin trimeric ectodomain (B/Massachusetts/02/2012) in complex with Fab...

ファイルemd_9029_half_map_1.map
注釈Hemagglutinin trimeric ectodomain (B/Massachusetts/02/2012) in complex with Fab from IgG CR9114 and single-domain antibody SD84, half map #1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Hemagglutinin trimeric ectodomain (B/Massachusetts/02/2012) in complex with Fab...

ファイルemd_9029_half_map_2.map
注釈Hemagglutinin trimeric ectodomain (B/Massachusetts/02/2012) in complex with Fab from IgG CR9114 and single-domain antibody SD84, half map #2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hemagglutinin trimeric ectodomain (B/Massachusetts/02/2012) in co...

全体名称: Hemagglutinin trimeric ectodomain (B/Massachusetts/02/2012) in complex with Fab from IgG CR9114 and single-domain antibody SD84.
要素
  • 複合体: Hemagglutinin trimeric ectodomain (B/Massachusetts/02/2012) in complex with Fab from IgG CR9114 and single-domain antibody SD84.
    • 複合体: Hemagglutinin trimeric ectodomain
    • 複合体: Fab from IgG CR9114
    • 複合体: Single-domain antibody SD84

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超分子 #1: Hemagglutinin trimeric ectodomain (B/Massachusetts/02/2012) in co...

超分子名称: Hemagglutinin trimeric ectodomain (B/Massachusetts/02/2012) in complex with Fab from IgG CR9114 and single-domain antibody SD84.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
分子量理論値: 400 KDa

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超分子 #2: Hemagglutinin trimeric ectodomain

超分子名称: Hemagglutinin trimeric ectodomain / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B/Massachusetts/02/2012) (B型インフルエンザウイルス)
株: (B/Massachusetts/02/2012)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Fab from IgG CR9114

超分子名称: Fab from IgG CR9114 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50 KDa

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超分子 #4: Single-domain antibody SD84

超分子名称: Single-domain antibody SD84 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 47.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 210000
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 26000
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: EMAN2
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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