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万見
- EMDB-9013: EsCas13d-crRNA binary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9013
タイトルEsCas13d-crRNA binary complex
マップデータEsCas13d-crRNA binary complex
試料
  • 複合体: Binary complex of EsCas13d with crRNA and Mg2+
    • RNA: crRNA (52-MER)
    • タンパク質・ペプチド: EsCas13d
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードCRISPR-Cas / RNase / Complex / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種unidentified bacterium (バクテリア) / bacterium (バクテリア) / [Eubacterium] siraeum DSM 15702 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Zhang C / Lyumkis D
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)DP5 OD021396 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)U54GM103368 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Structural Basis for the RNA-Guided Ribonuclease Activity of CRISPR-Cas13d.
著者: Cheng Zhang / Silvana Konermann / Nicholas J Brideau / Peter Lotfy / Xuebing Wu / Scott J Novick / Timothy Strutzenberg / Patrick R Griffin / Patrick D Hsu / Dmitry Lyumkis /
要旨: CRISPR-Cas endonucleases directed against foreign nucleic acids mediate prokaryotic adaptive immunity and have been tailored for broad genetic engineering applications. Type VI-D CRISPR systems ...CRISPR-Cas endonucleases directed against foreign nucleic acids mediate prokaryotic adaptive immunity and have been tailored for broad genetic engineering applications. Type VI-D CRISPR systems contain the smallest known family of single effector Cas enzymes, and their signature Cas13d ribonuclease employs guide RNAs to cleave matching target RNAs. To understand the molecular basis for Cas13d function and explain its compact molecular architecture, we resolved cryoelectron microscopy structures of Cas13d-guide RNA binary complex and Cas13d-guide-target RNA ternary complex to 3.4 and 3.3 Å resolution, respectively. Furthermore, a 6.5 Å reconstruction of apo Cas13d combined with hydrogen-deuterium exchange revealed conformational dynamics that have implications for RNA scanning. These structures, together with biochemical and cellular characterization, provide insights into its RNA-guided, RNA-targeting mechanism and delineate a blueprint for the rational design of improved transcriptome engineering technologies.
履歴
登録2018年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月22日-
マップ公開2018年10月3日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6e9e
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9013.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9013.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EsCas13d-crRNA binary complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.79 Å/pix.
x 256 pix.
= 202.24 Å		0.79 Å/pix.
x 256 pix.
= 202.24 Å		0.79 Å/pix.
x 256 pix.
= 202.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.79 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25 / ムービー #1: 0.25
最小 - 最大-0.378704 - 0.7423917
平均 (標準偏差)-0.0045994124 (±0.029645327)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 202.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.790.790.79
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z202.240202.240202.240
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.3790.742-0.005

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添付データ

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追加マップ: 3D FSC map

ファイルemd_9013_additional.map
注釈3D FSC map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: EsCas13d-crRNA binary complex, half map #1

ファイルemd_9013_half_map_1.map
注釈EsCas13d-crRNA binary complex, half map #1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: EsCas13d-crRNA binary complex, half map #2

ファイルemd_9013_half_map_2.map
注釈EsCas13d-crRNA binary complex, half map #2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Binary complex of EsCas13d with crRNA and Mg2+

全体名称: Binary complex of EsCas13d with crRNA and Mg2+
要素
  • 複合体: Binary complex of EsCas13d with crRNA and Mg2+
    • RNA: crRNA (52-MER)
    • タンパク質・ペプチド: EsCas13d
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Binary complex of EsCas13d with crRNA and Mg2+

超分子名称: Binary complex of EsCas13d with crRNA and Mg2+ / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: unidentified bacterium (バクテリア)
分子量理論値: 125 KDa

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分子 #1: crRNA (52-MER)

分子名称: crRNA (52-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: bacterium (バクテリア)
分子量理論値: 16.385846 KDa
配列文字列:
CACCCGUGCA AAAAUGCAGG GGUCUAAAAC GACCUGAAUA UUUCAGAUCA A

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分子 #2: EsCas13d

分子名称: EsCas13d / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: [Eubacterium] siraeum DSM 15702 (バクテリア)
分子量理論値: 110.828938 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGKKIHARDL REQRKTDRTE KFADQNKKRE AERAVPKKDA AVSVKSVSSV SSKKDNVTKS MAKAAGVKSV FAVGNTVYMT SFGRGNDAV LEQKIVDTSH EPLNIDDPAY QLNVVTMNGY SVTGHRGETV SAVTDNPLRR FNGRKKDEPE QSVPTDMLCL K PTLEKKFF ...文字列:
MGKKIHARDL REQRKTDRTE KFADQNKKRE AERAVPKKDA AVSVKSVSSV SSKKDNVTKS MAKAAGVKSV FAVGNTVYMT SFGRGNDAV LEQKIVDTSH EPLNIDDPAY QLNVVTMNGY SVTGHRGETV SAVTDNPLRR FNGRKKDEPE QSVPTDMLCL K PTLEKKFF GKEFDDNIHI QLIYNILDIE KILAVYSTNA IYALNNMSAD ENIENSDFFM KRTTDETFDD FEKKKESTNS RE KADFDAF EKFIGNYRLA YFADAFYVNK KNPKGKAKNV LREDKELYSV LTLIGKLRHW CVHSEEGRAE FWLYKLDELK DDF KNVLDV VYNRPVEEIN NRFIENNKVN IQILGSVYKN TDIAELVRSY YEFLITKKYK NMGFSIKKLR ESMLEGKGYA DKEY DSVRN KLYQMTDFIL YTGYINEDSD RADDLVNTLR SSLKEDDKTT VYCKEADYLW KKYRESIREV ADALDGDNIK KLSKS NIEI QEDKLRKCFI SYADSVSEFT KLIYLLTRFL SGKEINDLVT TLINKFDNIR SFLEIMDELG LDRTFTAEYS FFEGST KYL AELVELNSFV KSCSFDINAK RTMYRDALDI LGIESDKTEE DIEKMIDNIL QIDANGDKKL KKNNGLRNFI ASNVIDS NR FKYLVRYGNP KKIRETAKCK PAVRFVLNEI PDAQIERYYE ACCPKNTALC SANKRREKLA DMIAEIKFEN FSDAGNYQ K ANVTSRTSEA EIKRKNQAII RLYLTVMYIM LKNLVNVNAR YVIAFHCVER DTKLYAESGL EVGNIEKNKT NLTMAVMGV KLENGIIKTE FDKSFAENAA NRYLRNARWY KLILDNLKKS ERAVVNEFRN TVCHLNAIRN ININIKEIKE VENYFALYHY LIQKHLENR FADKKVERDT GDFISKLEEH KTYCKDFVKA YCTPFGYNLV RYKNLTIDGL FDKNYPGKDD SDEQK

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
25.0 mMTris-HCl
100.0 mMsodium chlorideNaCl
1.0 mMDTT
5.0 %glycerol
1.0 mMmagnesium chlorideMgCl2
0.1 %(w/v)Amphipol A8-35
グリッドモデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 7 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-120 / 実像数: 1435 / 平均電子線量: 56.8 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 57000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 43786
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cisTEM

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6e9e:
EsCas13d-crRNA binary complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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