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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8985 | |||||||||
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タイトル | Asymmetric cryo-EM structure of mature Kunjin virus | |||||||||
マップデータ | Asymmetric reconstruction of mature Kunjin virus | |||||||||
試料 |
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生物種 | Kunjin virus (STRAIN MRM61C) (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 35.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Therkelsen MD / Klose T / Vago F / Jiang W / Rossmann MG / Kuhn RJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018 タイトル: Flaviviruses have imperfect icosahedral symmetry. 著者: Matthew D Therkelsen / Thomas Klose / Frank Vago / Wen Jiang / Michael G Rossmann / Richard J Kuhn / 要旨: Flaviviruses assemble initially in an immature, noninfectious state and undergo extensive conformational rearrangements to generate mature virus. Previous cryo-electron microscopy (cryo-EM) ...Flaviviruses assemble initially in an immature, noninfectious state and undergo extensive conformational rearrangements to generate mature virus. Previous cryo-electron microscopy (cryo-EM) structural studies of flaviviruses assumed icosahedral symmetry and showed the concentric organization of the external glycoprotein shell, the lipid membrane, and the internal nucleocapsid core. We show here that when icosahedral symmetry constraints were excluded in calculating the cryo-EM reconstruction of an immature flavivirus, the nucleocapsid core was positioned asymmetrically with respect to the glycoprotein shell. The core was positioned closer to the lipid membrane at the proximal pole, and at the distal pole, the outer glycoprotein spikes and inner membrane leaflet were either perturbed or missing. In contrast, in the asymmetric reconstruction of a mature flavivirus, the core was positioned concentric with the glycoprotein shell. The deviations from icosahedral symmetry demonstrated that the core and glycoproteins have varied interactions, which likely promotes viral assembly and budding. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8985.map.gz | 97.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8985-v30.xml emd-8985.xml | 10.7 KB 10.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8985_fsc.xml | 13.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8985.png | 91.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8985 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8985 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8985_validation.pdf.gz | 78.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8985_full_validation.pdf.gz | 77.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8985_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8985 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8985 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8985.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Asymmetric reconstruction of mature Kunjin virus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Kunjin virus (STRAIN MRM61C)
全体 | 名称: Kunjin virus (STRAIN MRM61C) (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Kunjin virus (STRAIN MRM61C)
超分子 | 名称: Kunjin virus (STRAIN MRM61C) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Mature Kunjin virus purified from Vero cells / NCBI-ID: 11078 / 生物種: Kunjin virus (STRAIN MRM61C) / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: capsid shell / 直径: 500.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-超分子 #2: Glycoprotein shell
超分子 | 名称: Glycoprotein shell / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Kunjin virus (STRAIN MRM61C) (ウイルス) |
-超分子 #3: Nucleocapsid core
超分子 | 名称: Nucleocapsid core / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Kunjin virus (STRAIN MRM61C) (ウイルス) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 400 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: Blot for 8 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 369 / 平均電子線量: 24.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 18000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |