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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8927 | |||||||||
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タイトル | Wild-type p53-DNA assembly | |||||||||
マップデータ | Wild-type p53-DNA assembly | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Human (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Kelly DF / Dearnaley WJ / Liang Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: DNA Repair (Amst) / 年: 2019 タイトル: Correcting errors in the BRCA1 warning system. 著者: Yanping Liang / William J Dearnaley / Nick A Alden / Maria J Solares / Brian L Gilmore / Kevin J Pridham / A Cameron Varano / Zhi Sheng / Elizabeth Alli / Deborah F Kelly / 要旨: Given its important role in human health and disease, remarkably little is known about the full-length three-dimensional (3D) molecular architecture of the breast cancer type 1 susceptibility protein ...Given its important role in human health and disease, remarkably little is known about the full-length three-dimensional (3D) molecular architecture of the breast cancer type 1 susceptibility protein (BRCA1), or its mechanisms to engage the tumor suppressor, TP53 (p53). Here, we show how a prevalent cancer-related mutation in the C-terminal region of the full-length protein, BRCA1, affects its structural properties, yet can be biochemically corrected to restore its functional capacity. As a downstream consequence of restoring the ubiquitin ligase activity of mutated BRCA1, the DNA repair response of p53 was enhanced in cellular extracts naturally deficient in BRCA1 protein expression. Complementary structural insights of p53 tetramers bound to DNA in different stage of the repair process support these biochemical findings in the context of human cancer cells. Equally important, we show how this knowledge can be used to lower the viability of breast cancer cells by modulating the stability of the BRCA1 protein and its associated players. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8927.map.gz | 139.4 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8927-v30.xml emd-8927.xml | 12.3 KB 12.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8927.png | 92.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8927 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8927 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8927_validation.pdf.gz | 78.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8927_full_validation.pdf.gz | 77.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8927_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8927 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8927 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8927.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Wild-type p53-DNA assembly | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Wild-type p53-DNA assembly
全体 | 名称: Wild-type p53-DNA assembly |
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要素 |
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-超分子 #1: Wild-type p53-DNA assembly
超分子 | 名称: Wild-type p53-DNA assembly / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Brain / 組織: Brain |
分子量 | 理論値: 220 KDa |
-分子 #1: Wild-type p53-DNA assembly
分子 | 名称: Wild-type p53-DNA assembly / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO |
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由来(天然) | 生物種: Human (ヒト) / 器官: Brain / 組織: Brain |
配列 | 文字列: MEEPQSDPSV EPPLSQETFS DLWKLLPENN VLSPLPSQAM DDLMLSPDDI EQWFTEDPGP DEAPRMPEAA PPVAPAPAAP TPAAPAPAPS WPLSSSVPSQ KTYQGSYGFR LGFLHSGTAK SVTCTYSPAL NKMFCQLAKT CPVQLWVDST PPPGTRVRAM AIYKQSQHMT ...文字列: MEEPQSDPSV EPPLSQETFS DLWKLLPENN VLSPLPSQAM DDLMLSPDDI EQWFTEDPGP DEAPRMPEAA PPVAPAPAAP TPAAPAPAPS WPLSSSVPSQ KTYQGSYGFR LGFLHSGTAK SVTCTYSPAL NKMFCQLAKT CPVQLWVDST PPPGTRVRAM AIYKQSQHMT EVVRRCPHHE RCSDSDGLAP PQHLIRVEGN LRVEYLDDRN TFRHSVVVPY EPPEVGSDCT TIHYNYMCNS SCMGGMNRRP ILTIITLEDS SGNLLGRNSF EVRVCACPGR DRRTEEENLR KKGEPHHELP PGSTKRALPN NTSSSPQPKK KPLDGEYFTL QIRGRERFEM FRELNEALEL KDAQAGKEPG GSRAHSSHLK SKKGQSTSRH KKLMFKTEGP DSD |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.02 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.2 / 構成要素 - 名称: HEPES buffer 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.2, 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 10 mM MgCl2 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate / 詳細: 1% uranyl formate |
グリッド | 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 詳細: unspecified |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 30.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 20 / 平均電子線量: 5.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.5 µm / 倍率(公称値): 68000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |