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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8925 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of mouse TRPV3-Y564A | |||||||||
![]() | primary map | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å | |||||||||
![]() | Singh AK / McGoldrick LL / Sobolevsky AI | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and gating mechanism of the transient receptor potential channel TRPV3. 著者: Appu K Singh / Luke L McGoldrick / Alexander I Sobolevsky / ![]() 要旨: Transient receptor potential vanilloid subfamily member 3 (TRPV3) channel plays a crucial role in skin physiology and pathophysiology. Mutations in TRPV3 are associated with various skin diseases, ...Transient receptor potential vanilloid subfamily member 3 (TRPV3) channel plays a crucial role in skin physiology and pathophysiology. Mutations in TRPV3 are associated with various skin diseases, including Olmsted syndrome, atopic dermatitis, and rosacea. Here we present the cryo-electron microscopy structures of full-length mouse TRPV3 in the closed apo and agonist-bound open states. The agonist binds three allosteric sites distal to the pore. Channel opening is accompanied by conformational changes in both the outer pore and the intracellular gate. The gate is formed by the pore-lining S6 helices that undergo local α-to-π helical transitions, elongate, rotate, and splay apart in the open state. In the closed state, the shorter S6 segments are entirely α-helical, expose their nonpolar surfaces to the pore, and hydrophobically seal the ion permeation pathway. These findings further illuminate TRP channel activation and can aid in the design of drugs for the treatment of inflammatory skin conditions, itch, and pain. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 8.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.2 KB 10.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 98.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 78.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 77.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | primary map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : TRPV3
全体 | 名称: TRPV3 |
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要素 |
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-超分子 #1: TRPV3
超分子 | 名称: TRPV3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: TRPV3-Y564A
分子 | 名称: TRPV3-Y564A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: mgahskemap lmgkrttapg gnpvvltekr padltptkks ahffleiegf epnptvtkts ppifskpmds nirqclsgnc ddmdspqspq ddvtetpsnp nspsanlake eqrqkkkrlk krifaavseg cveelrellq dlqdlcrrrr gldvpdflmh kltasdtgkt ...文字列: mgahskemap lmgkrttapg gnpvvltekr padltptkks ahffleiegf epnptvtkts ppifskpmds nirqclsgnc ddmdspqspq ddvtetpsnp nspsanlake eqrqkkkrlk krifaavseg cveelrellq dlqdlcrrrr gldvpdflmh kltasdtgkt clmkallnin pntkeivril lafaeendil drfinaeyte eayegqtaln iaierrqgdi tavliaagad vnahakgvff npkyqhegfy fgetplalaa ctnqpeivql lmeneqtdit sqdsrgnnil halvtvaedf ktqndfvkrm ydmillrsgn weletmrnnd gltplqlaak mgkaeilkyi lsreikekpl rslsrkftdw aygpvsssly dltnvdtttd nsvleiivyn tnidnrheml tleplhtllh tkwkkfakym fflsfcfyff ynitltlvsy yrprededlp hplalthkms wlqllgrmfv liwatcisvk egiaifllrp sdlqsilsda wfhfvffvqa vlvilsvfly lfaykeylac lvlamalgwa nmlaytrgfq smgmysvmiq kvilhdvlkf lfvyilfllg fgvalaslie kcskdkkdcs sygsfsdavl elfkltiglg dlniqqnsty pilflfllit yviltfvlll nmlialmget venvskeser iwrlqrarti lefekmlpew lrsrfrmgel ckvadedfrl clrinevkwt ewkthvsfln edpgpirrta dlnkiqdssr snskttlyaf deldefpets v |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 4.0 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 67.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 44661 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |