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- EMDB-8911: Cryo-EM structure of a mitochondrial calcium uniporter -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8911
タイトルCryo-EM structure of a mitochondrial calcium uniporter
マップデータSingle-particle cryo-EM reconstruction of the N. crassa mitochondrial calcium uniporter
試料
  • 複合体: Mitochondrial Calcium Uniporter
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial calcium uniporter
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードmitochondrial calcium uniporter / calcium-selective ion channel / calcium uptake / uniporter / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


uniporter activity / uniplex complex / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium import into the mitochondrion / calcium channel activity / protein homotetramerization / mitochondrial inner membrane / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Calcium uniporter protein, C-terminal / MCU family / Mitochondrial calcium uniporter
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium uniporter protein, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Yoo J / Wu M
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of a mitochondrial calcium uniporter.
著者: Jiho Yoo / Mengyu Wu / Ying Yin / Mark A Herzik / Gabriel C Lander / Seok-Yong Lee /
要旨: Calcium transport plays an important role in regulating mitochondrial physiology and pathophysiology. The mitochondrial calcium uniporter (MCU) is a calcium-selective ion channel that is the primary ...Calcium transport plays an important role in regulating mitochondrial physiology and pathophysiology. The mitochondrial calcium uniporter (MCU) is a calcium-selective ion channel that is the primary mediator for calcium uptake into the mitochondrial matrix. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of the full-length MCU from to an overall resolution of ~3.7 angstroms. Our structure reveals a tetrameric architecture, with the soluble and transmembrane domains adopting different symmetric arrangements within the channel. The conserved W-D-Φ-Φ-E-P-V-T-Y sequence motif of MCU pore forms a selectivity filter comprising two acidic rings separated by one helical turn along the central axis of the channel pore. The structure combined with mutagenesis gives insight into the basis of calcium recognition.
履歴
登録2018年6月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年7月4日-
マップ公開2018年7月11日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6dt0
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8911.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8911.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Single-particle cryo-EM reconstruction of the N. crassa mitochondrial calcium uniporter
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 256 pix.
= 294.4 Å		1.15 Å/pix.
x 256 pix.
= 294.4 Å		1.15 Å/pix.
x 256 pix.
= 294.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.15024757 - 0.2846857
平均 (標準偏差)0.00010056752 (±0.0074945297)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin0-2560
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 294.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.151.151.15
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z294.400294.400294.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-25600
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1500.2850.000

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添付データ

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ハーフマップ: N. crassa mitochondrial calcium uniporter, half map 1

ファイルemd_8911_half_map_1.map
注釈N. crassa mitochondrial calcium uniporter, half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: N. crassa mitochondrial calcium uniporter, half map 2

ファイルemd_8911_half_map_2.map
注釈N. crassa mitochondrial calcium uniporter, half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mitochondrial Calcium Uniporter

全体名称: Mitochondrial Calcium Uniporter
要素
  • 複合体: Mitochondrial Calcium Uniporter
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial calcium uniporter
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Mitochondrial Calcium Uniporter

超分子名称: Mitochondrial Calcium Uniporter / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Neurospora crassa (菌類)

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分子 #1: Mitochondrial calcium uniporter

分子名称: Mitochondrial calcium uniporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa (菌類)
分子量理論値: 52.948117 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MASTSVSPKT RETEAEAKAK KLDQKRLDEH EEEVRAREQQ VRRPWHREGA DKPPVEGNAD PIAKGKLLTT PTRLLKLILP LPLRVEKDQ KNNGRNNEYG RSISLNSDIQ PLALLIHPQQ PLSYVERLIQ AELPPVVENG QEKIPNVYFR AEDSEQGDQK P TSRAEARS ...文字列:
MASTSVSPKT RETEAEAKAK KLDQKRLDEH EEEVRAREQQ VRRPWHREGA DKPPVEGNAD PIAKGKLLTT PTRLLKLILP LPLRVEKDQ KNNGRNNEYG RSISLNSDIQ PLALLIHPQQ PLSYVERLIQ AELPPVVENG QEKIPNVYFR AEDSEQGDQK P TSRAEARS KDDGGEPSEY NTNLSHVASA SGLGHRGPKR SSQDKRWVRW SSSTEMGDFI RDAARGREFA IEIEGYNIEM RV SVPSFGD RTYYMRQRLR KMSSEIDGLA KIKHECDLLA HRSAHRLAKG GFGLLAGWWG VVYYVTFHTE FGWDLVEPVT YLA GLTTIM GGYLWFLYIN KDLSYKAAMN VTVSRRQHAL YEMKGFDIER WEQLVQDANA LRREIRVIAV EYDVDWDETR DVGE DVKDV LDEERSRRDD EHRSIEKEKD EKFTEDEKRK RKKDKESKET SGDSTNSHHH HHH

UniProtKB: Calcium uniporter protein, mitochondrial

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 7 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: 4 second blot time.
詳細Final reconstruction comprises ~80% of MCU in nanodisc (crosslinked using BS3) and ~20% MCU in amphipol.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3686168
詳細: 1,791,114 particles of MCU in amphipol, 1,895,054 particles of crosslinked MCU in nanodisc
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Ab initio map generated from cryoSPARC, low-passed filtered to 30 Angstrom
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 36537
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化温度因子: 100
得られたモデル

PDB-6dt0:
Cryo-EM structure of a mitochondrial calcium uniporter

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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