+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8862 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Full phiX174 complexed with lipopolysaccharides before DNA ejection | |||||||||
マップデータ | Full phiX174 complexed with lipopolysaccharides before DNA ejection, low pass-filtered to 8 Angstrom | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Enterobacteria phage phiX174 isolate Sanger (ファージ) / Salmonella enterica (サルモネラ菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Rossmann MG / Sun Y / Klose T / Roznowski A / Fane BA / Pollack L / Tokuda J / Mauney A | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2014 タイトル: Icosahedral bacteriophage ΦX174 forms a tail for DNA transport during infection. 著者: Lei Sun / Lindsey N Young / Xinzheng Zhang / Sergei P Boudko / Andrei Fokine / Erica Zbornik / Aaron P Roznowski / Ian J Molineux / Michael G Rossmann / Bentley A Fane / 要旨: Prokaryotic viruses have evolved various mechanisms to transport their genomes across bacterial cell walls. Many bacteriophages use a tail to perform this function, whereas tail-less phages rely on ...Prokaryotic viruses have evolved various mechanisms to transport their genomes across bacterial cell walls. Many bacteriophages use a tail to perform this function, whereas tail-less phages rely on host organelles. However, the tail-less, icosahedral, single-stranded DNA ΦX174-like coliphages do not fall into these well-defined infection processes. For these phages, DNA delivery requires a DNA pilot protein. Here we show that the ΦX174 pilot protein H oligomerizes to form a tube whose function is most probably to deliver the DNA genome across the host's periplasmic space to the cytoplasm. The 2.4 Å resolution crystal structure of the in vitro assembled H protein's central domain consists of a 170 Å-long α-helical barrel. The tube is constructed of ten α-helices with their amino termini arrayed in a right-handed super-helical coiled-coil and their carboxy termini arrayed in a left-handed super-helical coiled-coil. Genetic and biochemical studies demonstrate that the tube is essential for infectivity but does not affect in vivo virus assembly. Cryo-electron tomograms show that tubes span the periplasmic space and are present while the genome is being delivered into the host cell's cytoplasm. Both ends of the H protein contain transmembrane domains, which anchor the assembled tubes into the inner and outer cell membranes. The central channel of the H-protein tube is lined with amide and guanidinium side chains. This may be a general property of viral DNA conduits and is likely to be critical for efficient genome translocation into the host. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8862.map.gz | 11.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-8862-v30.xml emd-8862.xml | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8862_fsc.xml | 6.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8862.png | 203.8 KB | ||
その他 | emd_8862_half_map_1.map.gz emd_8862_half_map_2.map.gz | 11.9 MB 11.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8862 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8862 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8862_validation.pdf.gz | 79.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_8862_full_validation.pdf.gz | 78.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8862_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8862 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8862 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8862.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Full phiX174 complexed with lipopolysaccharides before DNA ejection, low pass-filtered to 8 Angstrom | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-ハーフマップ: Half map #1
ファイル | emd_8862_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map #1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map #2
ファイル | emd_8862_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map #2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Full phiX174 complexed with lipopolysaccharides before DNA ejection
全体 | 名称: Full phiX174 complexed with lipopolysaccharides before DNA ejection |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Full phiX174 complexed with lipopolysaccharides before DNA ejection
超分子 | 名称: Full phiX174 complexed with lipopolysaccharides before DNA ejection タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Enterobacteria phage phiX174 isolate Sanger (ファージ) |
分子量 | 理論値: 10 KDa |
-超分子 #2: Lipopolysaccharides (rough strains) from Salmonella enterica sero...
超分子 | 名称: Lipopolysaccharides (rough strains) from Salmonella enterica serotype typhimurium TV119 (Ra mutant) タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌) / 株: typhimurium TV119 / 細胞中の位置: outer membrane |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
詳細 | Mixed with LPS and incubated at 33 degrees C for 1 minute |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |