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- EMDB-8780: An envelope of a filamentous hyperthermophilic virus carries lipi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8780
タイトルAn envelope of a filamentous hyperthermophilic virus carries lipids in a horseshoe conformation
マップデータenvelope of a filamentous hyperthermophilic virus
試料
  • ウイルス: Acidianus filamentous virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: ORF140
    • タンパク質・ペプチド: ORF132
    • DNA: DNA (253-MER)
キーワードAFV1 / hyperthermophile / filamentous virus / A-form DNA / VIRUS
機能・相同性Filamentous archaeal viruses coat protein, C-terminal / helical viral capsid / DNA binding / Major capsid protein 1 / Major capsid protein 2
機能・相同性情報
生物種Acidianus filamentous virus 1 (ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Kasson P / DiMaio F
資金援助 米国, フランス, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM035269 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM098304 米国
French National Research AgencyANR-13-BSV3-0017-01 フランス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Model for a novel membrane envelope in a filamentous hyperthermophilic virus.
著者: Peter Kasson / Frank DiMaio / Xiong Yu / Soizick Lucas-Staat / Mart Krupovic / Stefan Schouten / David Prangishvili / Edward H Egelman /
要旨: Biological membranes create compartments, and are usually formed by lipid bilayers. However, in hyperthermophilic archaea that live optimally at temperatures above 80°C the membranes are monolayers ...Biological membranes create compartments, and are usually formed by lipid bilayers. However, in hyperthermophilic archaea that live optimally at temperatures above 80°C the membranes are monolayers which resemble fused bilayers. Many double-stranded DNA viruses which parasitize such hosts, including the filamentous virus AFV1 of , are enveloped with a lipid-containing membrane. Using cryo-EM, we show that the membrane in AFV1 is a ~2 nm-thick monolayer, approximately half the expected membrane thickness, formed by host membrane-derived lipids which adopt a U-shaped 'horseshoe' conformation. We hypothesize that this unusual viral envelope structure results from the extreme curvature of the viral capsid, as 'horseshoe' lipid conformations favor such curvature and host membrane lipids that permit horseshoe conformations are selectively recruited into the viral envelope. The unusual envelope found in AFV1 also has many implications for biotechnology, since this membrane can survive the most aggressive conditions involving extremes of temperature and pH.
履歴
登録2017年6月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年7月19日-
マップ公開2017年7月19日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5w7g
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5w7g
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8780.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8780.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈envelope of a filamentous hyperthermophilic virus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 200 pix.
= 210. Å		1.05 Å/pix.
x 192 pix.
= 201.6 Å		1.05 Å/pix.
x 192 pix.
= 201.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-0.44741467 - 0.9573618
平均 (標準偏差)0.058518816 (±0.14860396)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192200
Spacing192192200
セルA: 201.59999 Å / B: 201.59999 Å / C: 209.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z192192200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z201.600201.600210.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192200
D min/max/mean-0.4470.9570.059

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Acidianus filamentous virus 1

全体名称: Acidianus filamentous virus 1 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Acidianus filamentous virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: ORF140
    • タンパク質・ペプチド: ORF132
    • DNA: DNA (253-MER)

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超分子 #1: Acidianus filamentous virus 1

超分子名称: Acidianus filamentous virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 235266 / 生物種: Acidianus filamentous virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: ORF140

分子名称: ORF140 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 21 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acidianus filamentous virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 15.832856 KDa
配列文字列:
MAKLNRKLRQ DSTDRYKTKL YLWRNLGGLI PEDMAISVTE SITADWKQYN DMMSKVRNET LDILKTNKVA TEDYIGYIAF AEELAHQVW KNKNSSPDPN TANEASKTDL ESKYSDVYGL DVTVLDAIYN AVIPIIMGGG S

UniProtKB: Major capsid protein 1

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分子 #2: ORF132

分子名称: ORF132 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 21 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acidianus filamentous virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 15.017159 KDa
配列文字列:
MVNKKYRQDS KDRYQYKQYI YRSIGGIVPP EMAETVTANQ TAQWEAGFTP YHKLRLAIKE ICKTDGIPNI KWGMYIAFGE KLLKSYLKM KAGSASSDMI AEYINNAISA FSSRTGISQE TAQKIADFIT SNY

UniProtKB: Major capsid protein 2

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分子 #3: DNA (253-MER)

分子名称: DNA (253-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Acidianus filamentous virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 77.747367 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA) ...文字列:
(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.6 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 38.7 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 119495
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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