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- EMDB-8769: Negative stain of influenza B virus recombinant neuraminidase bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8769
タイトルNegative stain of influenza B virus recombinant neuraminidase bound to 4F11 Fab
マップデータInfluenza B virus bound to 4F11 Fab
試料
  • 複合体: Influenza B neuraminidase bound to 4F11 Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / exo-alpha-sialidase / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza B virus (B/Malaysia/2506/2004) (B型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Podolsky K / Subramaniam S
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: Broadly protective murine monoclonal antibodies against influenza B virus target highly conserved neuraminidase epitopes.
著者: Teddy John Wohlbold / Kira A Podolsky / Veronika Chromikova / Ericka Kirkpatrick / Veronica Falconieri / Philip Meade / Fatima Amanat / Jessica Tan / Benjamin R tenOever / Gene S Tan / Sriram ...著者: Teddy John Wohlbold / Kira A Podolsky / Veronika Chromikova / Ericka Kirkpatrick / Veronica Falconieri / Philip Meade / Fatima Amanat / Jessica Tan / Benjamin R tenOever / Gene S Tan / Sriram Subramaniam / Peter Palese / Florian Krammer /
要旨: A substantial proportion of influenza-related childhood deaths are due to infection with influenza B viruses, which co-circulate in the human population as two antigenically distinct lineages defined ...A substantial proportion of influenza-related childhood deaths are due to infection with influenza B viruses, which co-circulate in the human population as two antigenically distinct lineages defined by the immunodominant receptor binding protein, haemagglutinin. While broadly cross-reactive, protective monoclonal antibodies against the haemagglutinin of influenza B viruses have been described, none targeting the neuraminidase, the second most abundant viral glycoprotein, have been reported. Here, we analyse a panel of five murine anti-neuraminidase monoclonal antibodies that demonstrate broad binding, neuraminidase inhibition, in vitro antibody-dependent cell-mediated cytotoxicity and in vivo protection against influenza B viruses belonging to both haemagglutinin lineages and spanning over 70 years of antigenic drift. Electron microscopic analysis of two neuraminidase-antibody complexes shows that the conserved neuraminidase epitopes are located on the head of the molecule and that they are distinct from the enzymatic active site. In the mouse model, one therapeutic dose of antibody 1F2 was more protective than the current standard of treatment, oseltamivir, given twice daily for six days.
履歴
登録2017年6月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年7月19日-
マップ公開2017年7月19日-
更新2017年11月1日-
現状2017年11月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.185
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.185
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8769.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8769.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Influenza B virus bound to 4F11 Fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.8 Å/pix.
x 300 pix.
= 540. Å		1.8 Å/pix.
x 300 pix.
= 540. Å		1.8 Å/pix.
x 300 pix.
= 540. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.185 / ムービー #1: 0.185
最小 - 最大-0.094127856 - 0.4171483
平均 (標準偏差)0.0015293339 (±0.020445801)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 540.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.81.81.8
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z540.000540.000540.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0940.4170.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Influenza B neuraminidase bound to 4F11 Fab

全体名称: Influenza B neuraminidase bound to 4F11 Fab
要素
  • 複合体: Influenza B neuraminidase bound to 4F11 Fab

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超分子 #1: Influenza B neuraminidase bound to 4F11 Fab

超分子名称: Influenza B neuraminidase bound to 4F11 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B/Malaysia/2506/2004) (B型インフルエンザウイルス)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.3
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
詳細: The standard Fourier Shell Correlation-based measures for resolution are generally not very reliable for negative stain reconstructions because they tend to overestimate resolution and can ...詳細: The standard Fourier Shell Correlation-based measures for resolution are generally not very reliable for negative stain reconstructions because they tend to overestimate resolution and can result in spurious values that depend on data size rather than quality, a feature that is also true for cryo-EM reconstructions (some of these issues are discussed in Subramaniam et al, Curr Opin Str. Biol 41: 194-202 (2016)). In negative stain reconstructions, we therefore use a comparison of the experimentally obtained maps with maps computed from the fitted coordinates over a range of resolutions and use this to estimate resolution conservatively. The computed maps at 20 A and 25 A are easily comparable to an experimentally obtained map, which is why we used 25 A as an estimate for resolution.
使用した粒子像数: 13665
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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