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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8718 | |||||||||
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タイトル | Domain identification of Penicillium Chrysogenum UGGT by labeling the protein with monovalent streptavidin | |||||||||
![]() | The negative stain EM map of Penicillium Chrysogenum UDP-glucose: glycoprotein glucosyltransferase (UGGT) | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase activity / sporulation / anatomical structure development / protein glycosylation / cell differentiation / endoplasmic reticulum lumen 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 33.0 Å | |||||||||
![]() | Calles-Garcia D / Yang M / Vargas J / Melero R / Soya N / Menade M / Ito Y / Lukacs G / Kollman J / Kozlov G / Gehring K | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Single-particle electron microscopy structure of UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase suggests a selectivity mechanism for misfolded proteins. 著者: Daniel Calles-Garcia / Meng Yang / Naoto Soya / Roberto Melero / Marie Ménade / Yukishige Ito / Javier Vargas / Gergely L Lukacs / Justin M Kollman / Guennadi Kozlov / Kalle Gehring / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: The enzyme UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase (UGGT) mediates quality control of glycoproteins in the endoplasmic reticulum by attaching glucose to -linked glycan of misfolded proteins. As ...The enzyme UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase (UGGT) mediates quality control of glycoproteins in the endoplasmic reticulum by attaching glucose to -linked glycan of misfolded proteins. As a sensor, UGGT ensures that misfolded proteins are recognized by the lectin chaperones and do not leave the secretory pathway. The structure of UGGT and the mechanism of its selectivity for misfolded proteins have been unknown for 25 years. Here, we used negative-stain electron microscopy and small-angle X-ray scattering to determine the structure of UGGT from at 18-Å resolution. Three-dimensional reconstructions revealed a cage-like structure with a large central cavity. Particle classification revealed flexibility that precluded determination of a high-resolution structure. Introduction of biotinylation sites into a fungal UGGT expressed in allowed identification of the catalytic and first thioredoxin-like domains. We also used hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry to map the binding site of an accessory protein, Sep15, to the first thioredoxin-like domain. The UGGT structural features identified suggest that the central cavity contains the catalytic site and is lined with hydrophobic surfaces. This enhances the binding of misfolded substrates with exposed hydrophobic residues and excludes folded proteins with hydrophilic surfaces. In conclusion, we have determined the UGGT structure, which enabled us to develop a plausible functional model of the mechanism for UGGT's selectivity for misfolded glycoproteins. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 2.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() ![]() ![]() | 5.8 KB 5.8 KB 5.8 KB | 表示 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 32.2 KB 32.2 KB 22.3 KB 27.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 10 MB 2.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 79 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 78.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The negative stain EM map of Penicillium Chrysogenum UDP-glucose: glycoprotein glucosyltransferase (UGGT) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: The negative stain EM map of Penicillium Chrysogenum...
ファイル | emd_8718_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | The negative stain EM map of Penicillium Chrysogenum UDP-glucose: glycoprotein glucosyltransferase (UGGT) with a biotinylation site inserted after lysine 261 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: The negative stain EM map of Penicillium Chrysogenum...
ファイル | emd_8718_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | The negative stain EM map of Penicillium Chrysogenum UDP-glucose: glycoprotein glucosyltransferase (UGGT) with a biotinylation site inserted after aspartic acid 1377 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase (UGGT)
全体 | 名称: UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase (UGGT) |
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要素 |
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-超分子 #1: UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase (UGGT)
超分子 | 名称: UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase (UGGT) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() 組換細胞: SF9 |
分子量 | 実験値: 175 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.0075 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: Buffer was filtered through a 0.22um filter | |||||||||
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate 詳細: Freshly prepared uranyl formate at 0.75% was applied on the grids for 60s and then blotted | |||||||||
グリッド | モデル: EMS / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 10.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 62000 |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |