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万見
- EMDB-8690: IMPDH Filament in the GTP-bound collapsed conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8690
タイトルIMPDH Filament in the GTP-bound collapsed conformation
マップデータIMPDH filament collapsed conformation
試料
  • 複合体: IMPDH filament, collapsed conformation
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Kollman JM / Burrell AL / Johnson MC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM118396 米国
引用ジャーナル: Mol Biol Cell / 年: 2017
タイトル: Reconstituted IMPDH polymers accommodate both catalytically active and inactive conformations.
著者: Sajitha A Anthony / Anika L Burrell / Matthew C Johnson / Krisna C Duong-Ly / Yin-Ming Kuo / Jacqueline C Simonet / Peter Michener / Andrew Andrews / Justin M Kollman / Jeffrey R Peterson /
要旨: Several metabolic enzymes undergo reversible polymerization into macromolecular assemblies. The function of these assemblies is often unclear but in some cases they regulate enzyme activity and ...Several metabolic enzymes undergo reversible polymerization into macromolecular assemblies. The function of these assemblies is often unclear but in some cases they regulate enzyme activity and metabolic homeostasis. The guanine nucleotide biosynthetic enzyme inosine monophosphate dehydrogenase (IMPDH) forms octamers that polymerize into helical chains. In mammalian cells, IMPDH filaments can associate into micron-length assemblies. Polymerization and enzyme activity are regulated in part by binding of purine nucleotides to an allosteric regulatory domain. ATP promotes octamer polymerization, whereas GTP promotes a compact, inactive conformation whose ability to polymerize is unknown. Also unclear is whether polymerization directly alters IMPDH catalytic activity. To address this, we identified point mutants of human IMPDH2 that either prevent or promote polymerization. Unexpectedly, we found that polymerized and non-assembled forms of recombinant IMPDH have comparable catalytic activity, substrate affinity, and GTP sensitivity and validated this finding in cells. Electron microscopy revealed that substrates and allosteric nucleotides shift the equilibrium between active and inactive conformations in both the octamer and the filament. Unlike other metabolic filaments, which selectively stabilize active or inactive conformations, recombinant IMPDH filaments accommodate multiple states. These conformational states are finely tuned by substrate availability and purine balance, while polymerization may allow cooperative transitions between states.
履歴
登録2017年4月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年5月3日-
マップ公開2017年8月23日-
更新2020年1月29日-
現状2020年1月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.325
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.325
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8690.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8690.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈IMPDH filament collapsed conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.14 Å/pix.
x 128 pix.
= 529.92 Å		4.14 Å/pix.
x 128 pix.
= 529.92 Å		4.14 Å/pix.
x 128 pix.
= 529.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.14 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.325 / ムービー #1: 0.325
最小 - 最大-0.23251207 - 0.8471362
平均 (標準偏差)0.00075578416 (±0.10125507)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 529.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.144.144.14
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z529.920529.920529.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.2330.8470.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : IMPDH filament, collapsed conformation

全体名称: IMPDH filament, collapsed conformation
要素
  • 複合体: IMPDH filament, collapsed conformation

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超分子 #1: IMPDH filament, collapsed conformation

超分子名称: IMPDH filament, collapsed conformation / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: IMPDH assembled in the presence of ATP and GTP
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)
分子量理論値: 385 kDa/nm

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 93.9 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 35.5 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: D4 (2回x4回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2242
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND3
Segment selection選択した数: 2242 / ソフトウェア - 名称: EMAN Boxer
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: featureless cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: SPIDER (ver. 9)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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