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万見
- EMDB-8589: Subtomogram average of microtubules from Trypanosoma brucei -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8589
タイトルSubtomogram average of microtubules from Trypanosoma brucei
マップデータSubtomogram average of microtubules from Trypanosoma brucei
試料
  • 複合体: Microtubule
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 55.0 Å
データ登録者Chen M / Sun SY / Ludtke SJ / He CY / Schmid MF / Chiu W
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM080139,P01NS092525, P41GM103832 米国
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2017
タイトル: Convolutional neural networks for automated annotation of cellular cryo-electron tomograms.
著者: Muyuan Chen / Wei Dai / Stella Y Sun / Darius Jonasch / Cynthia Y He / Michael F Schmid / Wah Chiu / Steven J Ludtke /
要旨: Cellular electron cryotomography offers researchers the ability to observe macromolecules frozen in action in situ, but a primary challenge with this technique is identifying molecular components ...Cellular electron cryotomography offers researchers the ability to observe macromolecules frozen in action in situ, but a primary challenge with this technique is identifying molecular components within the crowded cellular environment. We introduce a method that uses neural networks to dramatically reduce the time and human effort required for subcellular annotation and feature extraction. Subsequent subtomogram classification and averaging yield in situ structures of molecular components of interest. The method is available in the EMAN2.2 software package.
履歴
登録2017年2月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年3月1日-
マップ公開2017年3月1日-
更新2020年1月29日-
現状2020年1月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8589.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8589.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of microtubules from Trypanosoma brucei
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2 Å/pix.
x 128 pix.
= 256. Å		2 Å/pix.
x 128 pix.
= 256. Å		2 Å/pix.
x 128 pix.
= 256. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ
XYZ
EMDB情報5.35.35.3
CCP4マップ ヘッダ情報222
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.12275627 - 0.17894378
平均 (標準偏差)0.00026404572 (±0.019319996)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin22955185970190968033
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 1017.60004 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z222
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z256.000256.000256.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.1600.3340.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Microtubule

全体名称: Microtubule
要素
  • 複合体: Microtubule

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超分子 #1: Microtubule

超分子名称: Microtubule / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-12 (4k x 3k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 55.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.2) / 使用したサブトモグラム数: 511
抽出トモグラム数: 1 / 使用した粒子像数: 511 / 参照モデル: Reference free averaging / 手法: Automated tomogram segmentation / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.2) / ソフトウェア - 詳細: Tomoseg tool
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.2) / 詳細: Single particle tomography tool in EMAN2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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