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万見
- EMDB-8558: Negative stain reconstruction of Cas1-Cas2/3 complex of type I-F ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8558
タイトルNegative stain reconstruction of Cas1-Cas2/3 complex of type I-F CRISPR system from Pseudomonas aeruginosa (PA14)
マップデータNegative stain reconstruction of Pseudomonas aeruginosa (PA14) Cas1-Cas2/3 complex
試料
  • 複合体: Complex containing dimer of Cas2/3 protein and tetramer of Cas1 protein.
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / DNA endonuclease activity / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Helicase Cas3, CRISPR-associated, Yersinia-type / : / : / CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3, I-F/YPEST, Cas2 domain / CRISPR-associated Cas3 subtype I-F/YPEST-like, C-terminal domain / CRISPR-associated protein Cas1, YPEST subtype / Cas3, HD domain / CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3, C-terminal / CRISPR-associated Cas3-type HD domain / CRISPR-associated Cas3-type HD domain superfamily ...Helicase Cas3, CRISPR-associated, Yersinia-type / : / : / CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3, I-F/YPEST, Cas2 domain / CRISPR-associated Cas3 subtype I-F/YPEST-like, C-terminal domain / CRISPR-associated protein Cas1, YPEST subtype / Cas3, HD domain / CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3, C-terminal / CRISPR-associated Cas3-type HD domain / CRISPR-associated Cas3-type HD domain superfamily / HD Cas3-type domain profile. / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / : / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated endonuclease Cas1 / CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3 subtype I-F/YPEST
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15.6 Å
データ登録者Chowdhury S / Lander GC / Rollins MF / Carter J / Golden MS / Wilkinson RA / Bondy-Denomy J / Wiedenheft B
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017
タイトル: Cas1 and the Csy complex are opposing regulators of Cas2/3 nuclease activity.
著者: MaryClare F Rollins / Saikat Chowdhury / Joshua Carter / Sarah M Golden / Royce A Wilkinson / Joseph Bondy-Denomy / Gabriel C Lander / Blake Wiedenheft /
要旨: The type I-F CRISPR adaptive immune system in (PA14) consists of two CRISPR loci and six CRISPR-associated () genes. Type I-F systems rely on a CRISPR RNA (crRNA)-guided surveillance complex (Csy ...The type I-F CRISPR adaptive immune system in (PA14) consists of two CRISPR loci and six CRISPR-associated () genes. Type I-F systems rely on a CRISPR RNA (crRNA)-guided surveillance complex (Csy complex) to bind foreign DNA and recruit a -acting nuclease (i.e., Cas2/3) for target degradation. In most type I systems, Cas2 and Cas3 are separate proteins involved in adaptation and interference, respectively. However, in I-F systems, these proteins are fused into a single polypeptide. Here we use biochemical and structural methods to show that two molecules of Cas2/3 assemble with four molecules of Cas1 (Cas2/3:Cas1) into a four-lobed propeller-shaped structure, where the two Cas2 domains form a central hub (twofold axis of symmetry) flanked by two Cas1 lobes and two Cas3 lobes. We show that the Cas1 subunits repress Cas2/3 nuclease activity and that foreign DNA recognition by the Csy complex activates Cas2/3, resulting in bidirectional degradation of DNA targets. Collectively, this work provides a structure of the Cas1-2/3 complex and explains how Cas1 and the target-bound Csy complex play opposing roles in the regulation of Cas2/3 nuclease activity.
履歴
登録2017年1月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年2月8日-
マップ公開2017年4月26日-
更新2018年7月18日-
現状2018年7月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0466
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0466
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8558.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8558.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain reconstruction of Pseudomonas aeruginosa (PA14) Cas1-Cas2/3 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.1 Å/pix.
x 96 pix.
= 393.6 Å		4.1 Å/pix.
x 96 pix.
= 393.6 Å		4.1 Å/pix.
x 96 pix.
= 393.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0466 / ムービー #1: 0.0466
最小 - 最大-0.09443157 - 0.18779674
平均 (標準偏差)0.0006248977 (±0.010670355)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 393.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z393.600393.600393.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-152-37
NX/NY/NZ998271
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-0.0940.1880.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex containing dimer of Cas2/3 protein and tetramer of Cas1 p...

全体名称: Complex containing dimer of Cas2/3 protein and tetramer of Cas1 protein.
要素
  • 複合体: Complex containing dimer of Cas2/3 protein and tetramer of Cas1 protein.

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超分子 #1: Complex containing dimer of Cas2/3 protein and tetramer of Cas1 p...

超分子名称: Complex containing dimer of Cas2/3 protein and tetramer of Cas1 protein.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)
分子量理論値: 386 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES, 150 mM KCl
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
詳細: Sample absorbed on carbon surface was stained with 2% (w/v) Uranyl Formate solution, and finally air-dried after blotting off excess stain.
グリッドモデル: 400 mesh Cu-Rh maxtaform grids (Electron Microscopy Sciences) that were coated with a thin layer of amorphous carbon.
材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.02 kPa / 詳細: 15mA current
詳細Mono dispersed protein solution

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
温度最低: 293.0 K / 最高: 295.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1159 / 平均露光時間: 0.479 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 0.99 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.99 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Automated image acquisition software Leginon was used for data collection.
粒子像選択選択した数: 221700
詳細: Difference of Gaussian (DoG)-based automated particle picker, implemented in Appion processing package was used for particle selection.
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND4
詳細: Ctffind4 was used for determining the CTF of each micrograph. Phases of each micrographs were flipped before particle extraction.
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: An initial 3D reference was generated with selected 2D class averages using sxviper program of the SPARX EM data processing package (sparx-em.org)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 26403
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類クラス数: 8 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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