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万見
- EMDB-8545: SpaO mutant structure of Salmonella Type III secretion injectisome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8545
タイトルSpaO mutant structure of Salmonella Type III secretion injectisome
マップデータSpaO mutant structure of Salmonella Type III secretion injectisome
試料
  • 複合体: SpaO mutant of Salmonella injectisome
生物種Salmonella (サルモネラ菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Hu B / Liu J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM107629 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: In Situ Molecular Architecture of the Salmonella Type III Secretion Machine.
著者: Bo Hu / Maria Lara-Tejero / Qingke Kong / Jorge E Galán / Jun Liu /
要旨: Type III protein secretion systems have specifically evolved to deliver bacterially encoded proteins into target eukaryotic cells. The core elements of this multi-protein machine are the envelope- ...Type III protein secretion systems have specifically evolved to deliver bacterially encoded proteins into target eukaryotic cells. The core elements of this multi-protein machine are the envelope-associated needle complex, the inner membrane export apparatus, and a large cytoplasmic sorting platform. Here, we report a high-resolution in situ structure of the Salmonella Typhimurium type III secretion machine obtained by high-throughput cryo-electron tomography and sub-tomogram averaging. Through molecular modeling and comparative analysis of machines assembled with protein-tagged components or from different deletion mutants, we determined the molecular architecture of the secretion machine in situ and localized its structural components. We also show that docking of the sorting platform results in significant conformational changes in the needle complex to provide the symmetry adaptation required for the assembly of the entire secretion machine. These studies provide major insight into the structure and assembly of a broadly distributed protein secretion machine.
履歴
登録2017年1月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年2月8日-
マップ公開2017年3月29日-
更新2020年1月29日-
現状2020年1月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.98
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.98
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8545.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8545.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SpaO mutant structure of Salmonella Type III secretion injectisome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.2 Å/pix.
x 200 pix.
= 1040. Å		5.2 Å/pix.
x 200 pix.
= 1040. Å		5.2 Å/pix.
x 200 pix.
= 1040. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.98 / ムービー #1: 1.98
最小 - 最大-12.461525 - 13.407977
平均 (標準偏差)-0.1299458500 (±1)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 1040.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.25.25.2
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1040.0001040.0001040.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-12.46213.408-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SpaO mutant of Salmonella injectisome

全体名称: SpaO mutant of Salmonella injectisome
要素
  • 複合体: SpaO mutant of Salmonella injectisome

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超分子 #1: SpaO mutant of Salmonella injectisome

超分子名称: SpaO mutant of Salmonella injectisome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Salmonella (サルモネラ菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: DARK FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 766
抽出トモグラム数: 206 / 使用した粒子像数: 766 / ソフトウェア - 名称: IMOD
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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