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- EMDB-8538: Structure of the p53/human RNA polymerase II assembly -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8538
タイトルStructure of the p53/human RNA polymerase II assembly
マップデータThe cryo-EM 3D reconstruction of p53-bound human RNA Polymerase II
試料
  • 複合体: Binary complex of p53 with human RNA polymerase II
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.8 Å
データ登録者Liu WL / Singh SK
引用ジャーナル: Genes Dev / 年: 2016
タイトル: Structural visualization of the p53/RNA polymerase II assembly.
著者: Sameer K Singh / Zhen Qiao / Lihua Song / Vijay Jani / William Rice / Edward Eng / Robert A Coleman / Wei-Li Liu /
要旨: The master tumor suppressor p53 activates transcription in response to various cellular stresses in part by facilitating recruitment of the transcription machinery to DNA. Recent studies have ...The master tumor suppressor p53 activates transcription in response to various cellular stresses in part by facilitating recruitment of the transcription machinery to DNA. Recent studies have documented a direct yet poorly characterized interaction between p53 and RNA polymerase II (Pol II). Therefore, we dissected the human p53/Pol II interaction via single-particle cryo-electron microscopy, structural docking, and biochemical analyses. This study reveals that p53 binds Pol II via the Rpb1 and Rpb2 subunits, bridging the DNA-binding cleft of Pol II proximal to the upstream DNA entry site. In addition, the key DNA-binding surface of p53, frequently disrupted in various cancers, remains exposed within the assembly. Furthermore, the p53/Pol II cocomplex displays a closed conformation as defined by the position of the Pol II clamp domain. Notably, the interaction of p53 and Pol II leads to increased Pol II elongation activity. These findings indicate that p53 may structurally regulate DNA-binding functions of Pol II via the clamp domain, thereby providing insights into p53-regulated Pol II transcription.
履歴
登録2016年12月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年2月1日-
マップ公開2018年1月24日-
更新2018年1月24日-
現状2018年1月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0075
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0075
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8538.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8538.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The cryo-EM 3D reconstruction of p53-bound human RNA Polymerase II
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0075 / ムービー #1: 0.0075
最小 - 最大-0.0074459417 - 0.018558849
平均 (標準偏差)0.00033213312 (±0.0015836135)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z330.000330.000330.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-179-179-179
NX/NY/NZ359359359
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0070.0190.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Binary complex of p53 with human RNA polymerase II

全体名称: Binary complex of p53 with human RNA polymerase II
要素
  • 複合体: Binary complex of p53 with human RNA polymerase II

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超分子 #1: Binary complex of p53 with human RNA polymerase II

超分子名称: Binary complex of p53 with human RNA polymerase II / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Assembly of native human RNA Polymerase II with human recombinant full-length p53
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HeLa cells
分子量理論値: 570 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.026 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHepesHepes
0.2 mMEDTAEDTA
2.0 mMMgCl2MgCl2
10.0 %Glycerol
100.0 mMKClPotassium chloride

詳細: plus 0.05% NP40, 1 mM DTT and 0.5 mM PMSF
グリッドモデル: Protochips CF-1.2/1.3-4C / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
詳細: A thin carbon film supported by a 400-mesh carbon-thickened C-flat holey grid with hole diameter 1.2 micron/spacing 1.3 micron (CF-1.2/1.3-4C, Protochips) was freshly glow discharged using a ...詳細: A thin carbon film supported by a 400-mesh carbon-thickened C-flat holey grid with hole diameter 1.2 micron/spacing 1.3 micron (CF-1.2/1.3-4C, Protochips) was freshly glow discharged using a high-vacuum evaporator (Denton).
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278.65 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細: The assembled p53/Pol II co-complex was applied directly on the grid for 10 seconds followed by 5.5 seconds of blotting. The sample grid was then washed with 3.5 % Trehalose in 0.1 M KCl/HEM ...詳細: The assembled p53/Pol II co-complex was applied directly on the grid for 10 seconds followed by 5.5 seconds of blotting. The sample grid was then washed with 3.5 % Trehalose in 0.1 M KCl/HEM buffer (20 mM HEPES, 0.2 mM EDTA, 2 mM MgCl2, pH 7.9) for 10 seconds, blotted for 5.5 seconds and finally plunged frozen in liquid ethane..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 66.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFIND3
初期モデルモデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT / Random conical tilt - Number images: 270 / Random conical tilt - Tilt angle: 50 degrees
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 8097
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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