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万見
- EMDB-1883: Three-dimensional structure of the RNA polymerase II-Iwr1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1883
タイトルThree-dimensional structure of the RNA polymerase II-Iwr1 complex
マップデータThis is a map of the RNA Polymerase II-Iwr1 complex.
試料
  • 試料: RNA polymerase II-Iwr1
  • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase
  • タンパク質・ペプチド: Import adaptor
キーワードtranscription / Pol II / nuclear import
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.9 Å
データ登録者Czeko E / Seizl M / Augsberger C / Mielke T / Cramer P
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2011
タイトル: Iwr1 directs RNA polymerase II nuclear import.
著者: Elmar Czeko / Martin Seizl / Christian Augsberger / Thorsten Mielke / Patrick Cramer /
要旨: RNA polymerase (Pol) II transcribes protein-coding genes in the nucleus of eukaryotic cells and consists of 12 polypeptide subunits. It is unknown how Pol II is imported into the nucleus. Here we ...RNA polymerase (Pol) II transcribes protein-coding genes in the nucleus of eukaryotic cells and consists of 12 polypeptide subunits. It is unknown how Pol II is imported into the nucleus. Here we show that Pol II nuclear import requires the protein Iwr1 and provide evidence for cyclic Iwr1 function. Iwr1 binds Pol II in the active center cleft between the two largest subunits, maybe facilitating or sensing complete Pol II assembly in the cytoplasm. Iwr1 then uses an N-terminal bipartite nuclear localization signal that is recognized by karyopherin α to direct Pol II nuclear import. In the nucleus, Iwr1 is displaced from Pol II by transcription initiation factors and nucleic acids, enabling its export and recycling. Iwr1 function is Pol II specific, transcription independent, and apparently conserved from yeast to human.
履歴
登録2011年2月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年3月18日-
マップ公開2011年4月21日-
更新2011年4月21日-
現状2011年4月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-1883.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1883.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a map of the RNA Polymerase II-Iwr1 complex.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.71 Å/pix.
x 70 pix.
= 259.7 Å		3.71 Å/pix.
x 70 pix.
= 259.7 Å		3.71 Å/pix.
x 70 pix.
= 259.7 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.71 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0005 / ムービー #1: 0.0005
最小 - 最大-0.0012936 - 0.00285934
平均 (標準偏差)0.0000121694 (±0.000265325)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ707070
Spacing707070
セルA=B=C: 259.7 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.713.713.71
M x/y/z707070
origin x/y/z-0.000-0.000-0.000
length x/y/z259.700259.700259.700
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS707070
D min/max/mean-0.0010.0030.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RNA polymerase II-Iwr1

全体名称: RNA polymerase II-Iwr1
要素
  • 試料: RNA polymerase II-Iwr1
  • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase
  • タンパク質・ペプチド: Import adaptor

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超分子 #1000: RNA polymerase II-Iwr1

超分子名称: RNA polymerase II-Iwr1 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Monomeric / Number unique components: 2
分子量理論値: 550 KDa

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase

分子名称: DNA-directed RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Pol II / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast / Organelle: Nucleus
分子量理論値: 510 KDa

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分子 #2: Import adaptor

分子名称: Import adaptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Iwr1 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast
分子量理論値: 40 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET21b

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.25
詳細: 5 mM HEPES, 40 mM Ammonium sulfate, 10 microM Zinc chloride, 10 mM DTT
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 80 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot / 手法: Blot for 10 s before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度平均: 80 K
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / 実像数: 35 / 平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 67000
試料ステージ試料ホルダー: Multispecimen holder / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were selected using Signature and thereafter checked manually
CTF補正詳細: Defocus groups
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 25206
最終 角度割当詳細: SPIDER

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1wcm

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Least-square

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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