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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8463 | |||||||||
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タイトル | Deformed Wing Virus Assembly Intermediate Procapsid | |||||||||
マップデータ | Deformed Wing Virus Procapsid | |||||||||
試料 |
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生物種 | Deformed Wing Virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / 解像度: 6.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Organtini LJ / Hafenstein S / Conway JF / Makhov AM / Dryden KA / Pizzorno MC | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2017 タイトル: Honey Bee Deformed Wing Virus Structures Reveal that Conformational Changes Accompany Genome Release. 著者: Lindsey J Organtini / Kristin L Shingler / Robert E Ashley / Elizabeth A Capaldi / Kulsoom Durrani / Kelly A Dryden / Alexander M Makhov / James F Conway / Marie C Pizzorno / Susan Hafenstein / 要旨: The picornavirus-like deformed wing virus (DWV) has been directly linked to colony collapse; however, little is known about the mechanisms of host attachment or entry for DWV or its molecular and ...The picornavirus-like deformed wing virus (DWV) has been directly linked to colony collapse; however, little is known about the mechanisms of host attachment or entry for DWV or its molecular and structural details. Here we report the three-dimensional (3-D) structures of DWV capsids isolated from infected honey bees, including the immature procapsid, the genome-filled virion, the putative entry intermediate (A-particle), and the empty capsid that remains after genome release. The capsids are decorated by large spikes around the 5-fold vertices. The 5-fold spikes had an open flower-like conformation for the procapsid and genome-filled capsids, whereas the putative A-particle and empty capsids that had released the genome had a closed tube-like spike conformation. Between the two conformations, the spikes undergo a significant hinge-like movement that we predicted using a Robetta model of the structure comprising the spike. We conclude that the spike structures likely serve a function during host entry, changing conformation to release the genome, and that the genome may escape from a 5-fold vertex to initiate infection. Finally, the structures illustrate that, similarly to picornaviruses, DWV forms alternate particle conformations implicated in assembly, host attachment, and RNA release. IMPORTANCE: Honey bees are critical for global agriculture, but dramatic losses of entire hives have been reported in numerous countries since 2006. Deformed wing virus (DWV) and infestation with the ...IMPORTANCE: Honey bees are critical for global agriculture, but dramatic losses of entire hives have been reported in numerous countries since 2006. Deformed wing virus (DWV) and infestation with the ectoparasitic mite Varroa destructor have been linked to colony collapse disorder. DWV was purified from infected adult worker bees to pursue biochemical and structural studies that allowed the first glimpse into the conformational changes that may be required during transmission and genome release for DWV. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8463.map.gz | 59.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8463-v30.xml emd-8463.xml | 7.9 KB 7.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8463.png | 210.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8463 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8463 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8463_validation.pdf.gz | 78.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8463_full_validation.pdf.gz | 77.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8463_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8463 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8463 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8463.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 151.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Deformed Wing Virus Procapsid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.37 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Deformed Wing Virus
全体 | 名称: Deformed Wing Virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Deformed Wing Virus
超分子 | 名称: Deformed Wing Virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 198112 / 生物種: Deformed Wing Virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Apis mellifera (セイヨウミツバチ) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: VP1-4 / 直径: 30.0 Å |
-実験情報
-構造解析
解析 | 単粒子再構成法 |
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試料の集合状態 | tissue |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 5 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 79958 |
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初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |