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- EMDB-8302: HIV Clade B Env SOSIP ectodomain trimer from the Amsterdam Cohort... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8302
タイトルHIV Clade B Env SOSIP ectodomain trimer from the Amsterdam Cohort Study patient AMC011 in complex with Fab from IgG PGV04
マップデータHIV Clade B Env SOSIP ectodomain trimer from the Amsterdam Cohort Study patient AMC011 in complex with Fab from IgG PGV04
試料
  • 複合体: HIV Clade B Env SOSIP ectodomain trimer from the Amsterdam Cohort Study patient AMC011 in complex with Fab from IgG PGV04
    • タンパク質・ペプチド: PGV04 Fab HC
    • タンパク質・ペプチド: PGV04 Fab LC
    • タンパク質・ペプチド: AMC011v.4.2_SOSIP
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å
データ登録者Pallesen J / de Val N / Ozorowski G / Cottrell CA / Ward AB
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2016
タイトル: An HIV-1 antibody from an elite neutralizer implicates the fusion peptide as a site of vulnerability.
著者: Marit J van Gils / Tom L G M van den Kerkhof / Gabriel Ozorowski / Christopher A Cottrell / Devin Sok / Matthias Pauthner / Jesper Pallesen / Natalia de Val / Anila Yasmeen / Steven W de ...著者: Marit J van Gils / Tom L G M van den Kerkhof / Gabriel Ozorowski / Christopher A Cottrell / Devin Sok / Matthias Pauthner / Jesper Pallesen / Natalia de Val / Anila Yasmeen / Steven W de Taeye / Anna Schorcht / Stephanie Gumbs / Inez Johanna / Karen Saye-Francisco / Chi-Hui Liang / Elise Landais / Xiaoyan Nie / Laura K Pritchard / Max Crispin / Garnett Kelsoe / Ian A Wilson / Hanneke Schuitemaker / Per Johan Klasse / John P Moore / Dennis R Burton / Andrew B Ward / Rogier W Sanders /
要旨: The induction by vaccination of broadly neutralizing antibodies (bNAbs) capable of neutralizing various HIV-1 viral strains is challenging, but understanding how a subset of HIV-infected individuals ...The induction by vaccination of broadly neutralizing antibodies (bNAbs) capable of neutralizing various HIV-1 viral strains is challenging, but understanding how a subset of HIV-infected individuals develops bNAbs may guide immunization strategies. Here, we describe the isolation and characterization of the bNAb ACS202 from an elite neutralizer that recognizes a new, trimer-specific and cleavage-dependent epitope at the gp120-gp41 interface of the envelope glycoprotein (Env), involving the glycan N88 and the gp41 fusion peptide. In addition, an Env trimer, AMC011 SOSIP.v4.2, based on early virus isolates from the same elite neutralizer, was constructed, and its structure by cryo-electron microscopy at 6.2 Å resolution reveals a closed, pre-fusion conformation similar to that of the BG505 SOSIP.664 trimer. The availability of a native-like Env trimer and a bNAb from the same elite neutralizer provides the opportunity to design vaccination strategies aimed at generating similar bNAbs against a key functional site on HIV-1.
履歴
登録2016年7月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年9月21日-
マップ公開2016年9月21日-
更新2018年2月14日-
現状2018年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8302.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8302.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈HIV Clade B Env SOSIP ectodomain trimer from the Amsterdam Cohort Study patient AMC011 in complex with Fab from IgG PGV04
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 256 pix.
= 335.36 Å		1.31 Å/pix.
x 256 pix.
= 335.36 Å		1.31 Å/pix.
x 256 pix.
= 335.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.03329188 - 0.081644915
平均 (標準偏差)0.000048965765 (±0.0033451226)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 335.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z335.360335.360335.360
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0330.0820.000

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添付データ

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追加マップ: Additional map: HIV Clade B Env SOSIP ectodomain...

ファイルemd_8302_additional.map
注釈Additional map: HIV Clade B Env SOSIP ectodomain trimer from the Amsterdam Cohort Study patient AMC011 in complex with Fab from IgG PGV04
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map #1: HIV Clade B Env SOSIP...

ファイルemd_8302_half_map_1.map
注釈Half map #1: HIV Clade B Env SOSIP ectodomain trimer from the Amsterdam Cohort Study patient AMC011 in complex with Fab from IgG PGV04
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map #2: HIV Clade B Env SOSIP...

ファイルemd_8302_half_map_2.map
注釈Half map #2: HIV Clade B Env SOSIP ectodomain trimer from the Amsterdam Cohort Study patient AMC011 in complex with Fab from IgG PGV04
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HIV Clade B Env SOSIP ectodomain trimer from the Amsterdam Cohort...

全体名称: HIV Clade B Env SOSIP ectodomain trimer from the Amsterdam Cohort Study patient AMC011 in complex with Fab from IgG PGV04
要素
  • 複合体: HIV Clade B Env SOSIP ectodomain trimer from the Amsterdam Cohort Study patient AMC011 in complex with Fab from IgG PGV04
    • タンパク質・ペプチド: PGV04 Fab HC
    • タンパク質・ペプチド: PGV04 Fab LC
    • タンパク質・ペプチド: AMC011v.4.2_SOSIP

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超分子 #1: HIV Clade B Env SOSIP ectodomain trimer from the Amsterdam Cohort...

超分子名称: HIV Clade B Env SOSIP ectodomain trimer from the Amsterdam Cohort Study patient AMC011 in complex with Fab from IgG PGV04
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 600 KDa

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分子 #1: PGV04 Fab HC

分子名称: PGV04 Fab HC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGSG VKKPGASVRV SCWTSEDIFE RTELIHWVRQ APGQGLEWIG WVKTVTGAVN FGSPDFRQRV SLTRDRDLFT AHMDIRGLTQ GDTATYFCAR QKFYTGGQGW YFDLWGRGTL IVVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE PVTVSWNSGA ...文字列:
QVQLVQSGSG VKKPGASVRV SCWTSEDIFE RTELIHWVRQ APGQGLEWIG WVKTVTGAVN FGSPDFRQRV SLTRDRDLFT AHMDIRGLTQ GDTATYFCAR QKFYTGGQGW YFDLWGRGTL IVVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE PVTVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSC

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分子 #2: PGV04 Fab LC

分子名称: PGV04 Fab LC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGETAS LSCTAASYGH MTWYQKKPGQ PPKLLIFATS KRASGIPDRF SGSQFGKQYT LTITRMEPED FARYYCQQLE FFGQGTRLEI RRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS GNSQESVTEQ DSKDSTYSLS ...文字列:
EIVLTQSPGT LSLSPGETAS LSCTAASYGH MTWYQKKPGQ PPKLLIFATS KRASGIPDRF SGSQFGKQYT LTITRMEPED FARYYCQQLE FFGQGTRLEI RRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS GNSQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC

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分子 #3: AMC011v.4.2_SOSIP

分子名称: AMC011v.4.2_SOSIP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAEQLW VTVYYGVPVW KEATTTLFCA SDARAYDTEV RNVWATHACV PTDPNPQEVV LENVTENFNM WKNNMVEQMH EDIISLWDQS LKPCVKLTPL CVTLNCTDLR NATNTNATNT TSSSRGTMEG GEIKNCSFNI ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAEQLW VTVYYGVPVW KEATTTLFCA SDARAYDTEV RNVWATHACV PTDPNPQEVV LENVTENFNM WKNNMVEQMH EDIISLWDQS LKPCVKLTPL CVTLNCTDLR NATNTNATNT TSSSRGTMEG GEIKNCSFNI TTSMRDKVQK EYALFYKLDV VPIKNDNTSY RLISCNTSVI TQACPKVSFE PIPIHYCAPA GFAILKCNDK KFNGTGPCTN VSTVQCTHGI RPVVSTQLLL NGSLAEEEVV IRSANFTDNA KIIIVQLNKS VEINCTRPNN NTRKSIHIGP GRWFYTTGEI IGDIRQAHCN ISGTKWNDTL KQIVVKLKEQ FGNKTIVFNH SSGGDPEIVM HSFNCGGEFF YCNSTQLFNS TWNDGSNYTG TIVLPCRIKQ IVNMWQEVGK AMYAPPIKGQ IRCSSNITGL ILIRDGGKNR SENTEIFRPG GGDMRDNWRS ELYKYKVVKI EPLGIAPTKC KRRVVQRRRR RRAVGIGAVF LGFLGAAGST MGAASMTLTV QARQLLSGIV QQQNNLLRAP EAQQHLLKLT VWGIKQLQAR VLAVERYLKD QQLLGIWGCS GKLICCTAVP WNTSWSNKSY NQIWNNMTWM EWEREIDNYT SLIYTLIEDS QNQQEKNEQE LLELD

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.71 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 式: C4H11NO3 / 構成要素 - 名称: Tris
詳細: DDM was added to a concentration of 0.3 mM immediately before freezing.
グリッドモデル: Electron Microscopy Sciences, C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 77.0 K / 最高: 77.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-35 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3480 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP / 詳細: EM map of unliganded HIV env trimer
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4b1) / 使用した粒子像数: 53000
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4b1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4b1)
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4b1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: MolProbity/RMSD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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