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- EMDB-8288: Putative tetramer of human CPAP (residues 897-1338) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8288
タイトルPutative tetramer of human CPAP (residues 897-1338)
マップデータContour level of 0.031 using Chimera
試料
  • 複合体: Putative homotetramer of human CPAP (residues 897-1338)
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Alvarez-Cabrera AL / Delgado S / Gil D / Mortuza G / Montoya G / Sorzano CO / Tang TK / Carazo JM
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2017
タイトル: Electron Microscopy Structural Insights into CPAP Oligomeric Behavior: A Plausible Assembly Process of a Supramolecular Scaffold of the Centrosome.
著者: Ana L Alvarez-Cabrera / Sandra Delgado / David Gil-Carton / Gulnahar B Mortuza / Guillermo Montoya / Carlos O S Sorzano / Tang K Tang / Jose M Carazo /
要旨: Centrosomal P4.1-associated protein (CPAP) is a cell cycle regulated protein fundamental for centrosome assembly and centriole elongation. In humans, the region between residues 897-1338 of CPAP ...Centrosomal P4.1-associated protein (CPAP) is a cell cycle regulated protein fundamental for centrosome assembly and centriole elongation. In humans, the region between residues 897-1338 of CPAP mediates interactions with other proteins and includes a homodimerization domain. CPAP mutations cause primary autosomal recessive microcephaly and Seckel syndrome. Despite of the biological/clinical relevance of CPAP, its mechanistic behavior remains unclear and its C-terminus (the G-box/TCP domain) is the only part whose structure has been solved. This situation is perhaps due in part to the challenges that represent obtaining the protein in a soluble, homogeneous state for structural studies. Our work constitutes a systematic structural analysis on multiple oligomers of , using single-particle electron microscopy (EM) of negatively stained (NS) samples. Based on image classification into clearly different regular 3D maps (putatively corresponding to dimers and tetramers) and direct observation of individual images representing other complexes of CPAP (i.e., putative flexible monomers and higher-order multimers), we report a dynamic oligomeric behavior of this protein, where different homo-oligomers coexist in variable proportions. We propose that dimerization of the putative homodimer forms a putative tetramer which could be the structural unit for the scaffold that either tethers the pericentriolar material to centrioles or promotes procentriole elongation. A coarse fitting of atomic models into the NS 3D maps at resolutions around 20 Å is performed only to complement our experimental data, allowing us to hypothesize on the oligomeric composition of the different complexes. In this way, the current EM work represents an initial step toward the structural characterization of different oligomers of CPAP, suggesting further insights to understand how this protein works, contributing to the elucidation of control mechanisms for centriole biogenesis.
履歴
登録2016年7月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年9月14日-
マップ公開2016年9月14日-
更新2018年4月18日-
現状2018年4月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.031
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.031
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8288.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8288.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 844.7 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Contour level of 0.031 using Chimera
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.42 Å/pix.
x 60 pix.
= 265.2 Å		4.42 Å/pix.
x 60 pix.
= 265.2 Å		4.42 Å/pix.
x 60 pix.
= 265.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.42 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.031 / ムービー #1: 0.031
最小 - 最大-0.034058508 - 0.10883167
平均 (標準偏差)0.0011130079 (±0.007355001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-30-30-30
サイズ606060
Spacing606060
セルA=B=C: 265.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.424.424.42
M x/y/z606060
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z265.200265.200265.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-128-128-128
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-30-30-30
NC/NR/NS606060
D min/max/mean-0.0340.1090.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Putative homotetramer of human CPAP (residues 897-1338)

全体名称: Putative homotetramer of human CPAP (residues 897-1338)
要素
  • 複合体: Putative homotetramer of human CPAP (residues 897-1338)

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超分子 #1: Putative homotetramer of human CPAP (residues 897-1338)

超分子名称: Putative homotetramer of human CPAP (residues 897-1338)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Human CPAP (residues 897-1338) expresed in E. coli and purified by Immobilized Metal Affinity Chromatography (IMAC) and Size Exclusion Chromatography (SEC)
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
組換プラスミド: pST66Trc2-His (is a pET3a modified plasmid)
分子量実験値: 208 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
300.0 mMNaClSodiun chloride
0.25 mMC9H15O6PTCEP
10.0 %C3H8O3Glycerol

詳細: TCEP added to the buffer was prepared fresh
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate (0.75%)
グリッドモデル: Quantifoil. Formvar/Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: FORMVAR / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
詳細This human CPAP construct includes residues 897-1338

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 9.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3048
CTF補正ソフトウェア - 名称: Xmipp (ver. 3.1)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: RANSAC algorithm (Bioinformatics. 2014 Oct 15;30(20):2891-8)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Xmipp (ver. 3.1)
ソフトウェア - 詳細: Reconstruct Significant algorithm
使用した粒子像数: 3048
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: Xmipp (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.2)
ソフトウェア - 詳細: Relion (accessed from Xmipp3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.2)
ソフトウェア - 詳細: Relion (accessed from Xmipp3.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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