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万見
- EMDB-8239: EM map of the intact yeast Elongator complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8239
タイトルEM map of the intact yeast Elongator complex
マップデータEndogenously purified yeast Elongator complex
試料
  • 複合体: Intact yeast Elongator complex
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.2 Å
データ登録者Setiaputra D / Cheng DTH / Hansen JM / Yip CK
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Natural Sciences and Engineering Research Council (Canada)418157-2012 カナダ
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2017
タイトル: Molecular architecture of the yeast Elongator complex reveals an unexpected asymmetric subunit arrangement.
著者: Dheva T Setiaputra / Derrick Th Cheng / Shan Lu / Jesse M Hansen / Udit Dalwadi / Cindy Hy Lam / Jeffrey L To / Meng-Qiu Dong / Calvin K Yip /
要旨: Elongator is a ~850 kDa protein complex involved in multiple processes from transcription to tRNA modification. Conserved from yeast to humans, Elongator is assembled from two copies of six unique ...Elongator is a ~850 kDa protein complex involved in multiple processes from transcription to tRNA modification. Conserved from yeast to humans, Elongator is assembled from two copies of six unique subunits (Elp1 to Elp6). Despite the wealth of structural data on the individual subunits, the overall architecture and subunit organization of the full Elongator and the molecular mechanisms of how it exerts its multiple activities remain unclear. Using single-particle electron microscopy (EM), we revealed that yeast Elongator adopts a bilobal architecture and an unexpected asymmetric subunit arrangement resulting from the hexameric Elp456 subassembly anchored to one of the two Elp123 lobes that form the structural scaffold. By integrating the EM data with available subunit crystal structures and restraints generated from cross-linking coupled to mass spectrometry, we constructed a multiscale molecular model that showed the two Elp3, the main catalytic subunit, are located in two distinct environments. This work provides the first structural insights into Elongator and a framework to understand the molecular basis of its multifunctionality.
履歴
登録2016年6月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年7月20日-
マップ公開2016年12月7日-
更新2023年9月20日-
現状2023年9月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.128
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.128
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8239.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8239.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Endogenously purified yeast Elongator complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7 Å/pix.
x 72 pix.
= 504. Å		7 Å/pix.
x 72 pix.
= 504. Å		7 Å/pix.
x 72 pix.
= 504. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.128 / ムービー #1: 0.128
最小 - 最大-0.3160276 - 0.60536766
平均 (標準偏差)0.0021289485 (±0.039052565)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ727272
Spacing727272
セルA=B=C: 504.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z777
M x/y/z727272
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z504.000504.000504.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ380380380
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS727272
D min/max/mean-0.3160.6050.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Intact yeast Elongator complex

全体名称: Intact yeast Elongator complex
要素
  • 複合体: Intact yeast Elongator complex

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超分子 #1: Intact yeast Elongator complex

超分子名称: Intact yeast Elongator complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Endogenously purified yeast Elongator complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ1991
分子量理論値: 850 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
40.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMC10H16N2O8EDTA

詳細: The final purification buffer was part of a glycerol gradient containing crosslinker as per the GraFix technique (Stark 2010): 40 mM HEPES, pH 7.4, 150 mM NaCl, 0.1% Tween-20, 1 mM EDTA, ~20% ...詳細: The final purification buffer was part of a glycerol gradient containing crosslinker as per the GraFix technique (Stark 2010): 40 mM HEPES, pH 7.4, 150 mM NaCl, 0.1% Tween-20, 1 mM EDTA, ~20% glycerol, ~0.02% glutaraldehyde. Fractions containing the sample were concentrated and the buffer was exchanged for the final buffer: 40 mM HEPES, pH 7.4, 150 mM NaCl, 1 mM EDTA.
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate
詳細: Sample was applied to a glow-discharged copper grid overlaid with carbon (carbon evaporator and amyl acetate) and stained with uranyl formate.
グリッドモデル: Ted Pella Gilder Grids / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 100 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 49000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 17074
詳細: 200 particles were manually picked to generate 5 class averages. These were used as templates for autopicking using the RELION software.
初期モデルモデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT / Random conical tilt - Number images: 81 / Random conical tilt - Tilt angle: 65 degrees
最終 再構成使用したクラス数: 4 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
ソフトウェア - 詳細: Output from RELION auto-refine was masked using the post-processing function to generate the final reconstruction.
詳細: The final model from RELION's auto-refine was further processed using the post-processing function in RELION to calculate the final masked map, with no map sharpening applied.
使用した粒子像数: 8190
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Angular sampling: 7.5 degrees
ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
ソフトウェア - 詳細: Initial angular assignment was done using the 3D Classification function to generate a suitable model and particle set for refinement.
詳細: 3D Classification step in RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
ソフトウェア - 詳細: Final refinement was done using the 3D auto-refine function.
詳細: 3D auto-refine step in RELION, which automatically increments the angular sampling
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 1993 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
ソフトウェア - 詳細: THe 3D classification function in RELION was used to characterize heterogeneity in 3D.
詳細: 2D classification was used to get rid of bad particles, and showed a high degree of preferred orientation. 3D classification was used to clean up the dataset. Most of the classes were similar ...詳細: 2D classification was used to get rid of bad particles, and showed a high degree of preferred orientation. 3D classification was used to clean up the dataset. Most of the classes were similar and were therefore merged.
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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