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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8152 | |||||||||
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タイトル | F1Fo ATP synthase dimer from Yarrowia lipolytica | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 |
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生物種 | Yarrowia lipolytica (酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Hahn A / Parey K / Bublitz M / Mills DJ / Zickermann V / Vonck J / Kuehlbrandt W / Meier T | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2016 タイトル: Structure of a Complete ATP Synthase Dimer Reveals the Molecular Basis of Inner Mitochondrial Membrane Morphology. 著者: Alexander Hahn / Kristian Parey / Maike Bublitz / Deryck J Mills / Volker Zickermann / Janet Vonck / Werner Kühlbrandt / Thomas Meier / 要旨: We determined the structure of a complete, dimeric F1Fo-ATP synthase from yeast Yarrowia lipolytica mitochondria by a combination of cryo-EM and X-ray crystallography. The final structure resolves 58 ...We determined the structure of a complete, dimeric F1Fo-ATP synthase from yeast Yarrowia lipolytica mitochondria by a combination of cryo-EM and X-ray crystallography. The final structure resolves 58 of the 60 dimer subunits. Horizontal helices of subunit a in Fo wrap around the c-ring rotor, and a total of six vertical helices assigned to subunits a, b, f, i, and 8 span the membrane. Subunit 8 (A6L in human) is an evolutionary derivative of the bacterial b subunit. On the lumenal membrane surface, subunit f establishes direct contact between the two monomers. Comparison with a cryo-EM map of the F1Fo monomer identifies subunits e and g at the lateral dimer interface. They do not form dimer contacts but enable dimer formation by inducing a strong membrane curvature of ∼100°. Our structure explains the structural basis of cristae formation in mitochondria, a landmark signature of eukaryotic cell morphology. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8152.map.gz | 92.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8152-v30.xml emd-8152.xml | 12 KB 12 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8152_fsc.xml | 10.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8152.png | 35.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8152 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8152 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8152_validation.pdf.gz | 79.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8152_full_validation.pdf.gz | 78.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8152_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8152 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8152 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8152.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.63 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Fo ATP synthase dimer
全体 | 名称: Fo ATP synthase dimer |
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要素 |
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-超分子 #1: Fo ATP synthase dimer
超分子 | 名称: Fo ATP synthase dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: The Fo section of the F1Fo dimer was masked for refinement |
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由来(天然) | 生物種: Yarrowia lipolytica (酵母) |
分子量 | 理論値: 1.2 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 30 mM MOPS-NaOH pH 7.5, 2 mM MgCl2, 0.5 mM EDTA, 50 mM NaCl, 0.05% (w/v) digitonin |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blotting for 7 to 9 s. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FSC |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-21 / 実像数: 2500 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 18.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 30675 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 20000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / ホルダー冷却材: NITROGEN |