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- EMDB-8131: Human core TFIIH bound to DNA within the PIC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8131
タイトルHuman core TFIIH bound to DNA within the PIC
マップデータHuman core TFIIH bound to DNA within the PIC
試料
  • 複合体: Human core TFIIH bound to DNA within the PIC
    • タンパク質・ペプチド: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit
    • タンパク質・ペプチド: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 3
    • DNA: scp-X
    • DNA: scp-Y
キーワードinitiation / RNA polymerase II / human / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / central nervous system myelin formation / positive regulation of mitotic recombination / hair cell differentiation / hair follicle maturation / nucleotide-excision repair factor 3 complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / CAK-ERCC2 complex ...MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / central nervous system myelin formation / positive regulation of mitotic recombination / hair cell differentiation / hair follicle maturation / nucleotide-excision repair factor 3 complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / CAK-ERCC2 complex / UV protection / embryonic cleavage / DNA 5'-3' helicase / G protein-coupled receptor internalization / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / RNA Polymerase I Transcription Termination / transcription preinitiation complex / regulation of mitotic cell cycle phase transition / DNA 3'-5' helicase / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / 3'-5' DNA helicase activity / spinal cord development / erythrocyte maturation / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / hematopoietic stem cell proliferation / bone mineralization / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / mRNA Capping / ATPase activator activity / DNA topological change / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / RNA Polymerase I Transcription Initiation / hematopoietic stem cell differentiation / embryonic organ development / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / transcription elongation by RNA polymerase I / response to UV / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / extracellular matrix organization / DNA helicase activity / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / post-embryonic development / determination of adult lifespan / nucleotide-excision repair / chromosome segregation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription elongation by RNA polymerase II / promoter-specific chromatin binding / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / cellular response to gamma radiation / Formation of Incision Complex in GG-NER / NoRC negatively regulates rRNA expression / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / spindle / multicellular organism growth / intracellular protein localization / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / double-stranded DNA binding / 5'-3' DNA helicase activity / protein-macromolecule adaptor activity / damaged DNA binding / in utero embryonic development / transcription by RNA polymerase II / response to hypoxia / nuclear speck / positive regulation of apoptotic process / DNA repair / apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain / TFIIH C1-like domain / RAD3/XPD family / Helicase XPB/Ssl2 ...TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain / TFIIH C1-like domain / RAD3/XPD family / Helicase XPB/Ssl2 / ERCC3/RAD25/XPB helicase, C-terminal domain / Helicase XPB/Ssl2, N-terminal domain / Helicase conserved C-terminal domain / ERCC3/RAD25/XPB C-terminal helicase / Helical and beta-bridge domain / Helical and beta-bridge domain / Transcription factor TFIIH subunit p52/Tfb2 / Transcription factor Tfb2, C-terminal domain / Transcription factor Tfb2 / Transcription factor Tfb2 (p52) C-terminal domain / TFIIH subunit TTDA/Tfb5 / TFB5-like superfamily / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / ATP-dependent helicase Rad3/Chl1-like / : / Helicase-like, DEXD box c2 type / DEAD2 / DEAD_2 / DEXDc2 / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / HELICc2 / ATP-dependent helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type / Helicase C-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-2 domain profile. / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / C1-like domain superfamily / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Zinc finger C2H2-type / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / General transcription and DNA repair factor IIH helicase/translocase subunit XPB / General transcription factor IIH subunit 2 / General transcription factor IIH subunit 3 / General transcription factor IIH subunit 5 / General transcription factor IIH subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å
データ登録者He Y / Yan C
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM63072 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110387 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1149521 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Near-atomic resolution visualization of human transcription promoter opening.
著者: Yuan He / Chunli Yan / Jie Fang / Carla Inouye / Robert Tjian / Ivaylo Ivanov / Eva Nogales /
要旨: In eukaryotic transcription initiation, a large multi-subunit pre-initiation complex (PIC) that assembles at the core promoter is required for the opening of the duplex DNA and identification of the ...In eukaryotic transcription initiation, a large multi-subunit pre-initiation complex (PIC) that assembles at the core promoter is required for the opening of the duplex DNA and identification of the start site for transcription by RNA polymerase II. Here we use cryo-electron microscropy (cryo-EM) to determine near-atomic resolution structures of the human PIC in a closed state (engaged with duplex DNA), an open state (engaged with a transcription bubble), and an initially transcribing complex (containing six base pairs of DNA-RNA hybrid). Our studies provide structures for previously uncharacterized components of the PIC, such as TFIIE and TFIIH, and segments of TFIIA, TFIIB and TFIIF. Comparison of the different structures reveals the sequential conformational changes that accompany the transition from each state to the next throughout the transcription initiation process. This analysis illustrates the key role of TFIIB in transcription bubble stabilization and provides strong structural support for a translocase activity of XPB.
履歴
登録2016年5月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年5月18日-
マップ公開2016年5月18日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5ivw
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8131.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8131.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human core TFIIH bound to DNA within the PIC
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.62 Å/pix.
x 192 pix.
= 503.04 Å		2.62 Å/pix.
x 192 pix.
= 503.04 Å		2.62 Å/pix.
x 192 pix.
= 503.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.62 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.085879035 - 0.18077035
平均 (標準偏差)0.00024816254 (±0.004588992)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 503.03998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.622.622.62
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z503.040503.040503.040
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ329329329
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.0860.1810.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human core TFIIH bound to DNA within the PIC

全体名称: Human core TFIIH bound to DNA within the PIC
要素
  • 複合体: Human core TFIIH bound to DNA within the PIC
    • タンパク質・ペプチド: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit
    • タンパク質・ペプチド: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 3
    • DNA: scp-X
    • DNA: scp-Y

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超分子 #1: Human core TFIIH bound to DNA within the PIC

超分子名称: Human core TFIIH bound to DNA within the PIC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 490 KDa

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分子 #1: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit

分子名称: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 89.404734 KDa
配列文字列: MGKRDRADRD KKKSRKRHYE DEEDDEEDAP GNDPQEAVPS AAGKQVDESG TKVDEYGAKD YRLQMPLKDD HTSRPLWVAP DGHIFLEAF SPVYKYAQDF LVAIAEPVCR PTHVHEYKLT AYSLYAAVSV GLQTSDITEY LRKLSKTGVP DGIMQFIKLC T VSYGKVKL ...文字列:
MGKRDRADRD KKKSRKRHYE DEEDDEEDAP GNDPQEAVPS AAGKQVDESG TKVDEYGAKD YRLQMPLKDD HTSRPLWVAP DGHIFLEAF SPVYKYAQDF LVAIAEPVCR PTHVHEYKLT AYSLYAAVSV GLQTSDITEY LRKLSKTGVP DGIMQFIKLC T VSYGKVKL VLKHNRYFVE SCHPDVIQHL LQDPVIRECR LRNSEGEATE LITETFTSKS AISKTAESSG GPSTSRVTDP QG KSDIPMD LFDFYEQMDK DEEEEEETQT VSFEVKQEMI EELQKRCIHL EYPLLAEYDF RNDSVNPDIN IDLKPTAVLR PYQ EKSLRK MFGNGRARSG VIVLPCGAGK SLVGVTAACT VRKRCLVLGN SAVSVEQWKA QFKMWSTIDD SQICRFTSDA KDKP IGCSV AISTYSMLGH TTKRSWEAER VMEWLKTQEW GLMILDEVHT IPAKMFRRVL TIVQAHCKLG LTATLVREDD KIVDL NFLI GPKLYEANWM ELQNNGYIAK VQCAEVWCPM SPEFYREYVA IKTKKRILLY TMNPNKFRAC QFLIKFHERR NDKIIV FAD NVFALKEYAI RLNKPYIYGP TSQGERMQIL QNFKHNPKIN TIFISKVGDT SFDLPEANVL IQISSHGGSR RQEAQRL GR VLRAKKGMVA EEYNAFFYSL VSQDTQEMAY STKRQRFLVD QGYSFKVITK LAGMEEEDLA FSTKEEQQQL LQKVLAAT D LDAEEEVVAG EFGSRSSQAS RRFGTMSSMS GADDTVYMEY HSSRSKAPSK HVHPLFKRFR K

UniProtKB: General transcription and DNA repair factor IIH helicase/translocase subunit XPB

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分子 #2: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit

分子名称: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 87.021078 KDa
配列文字列: MKLNVDGLLV YFPYDYIYPE QFSYMRELKR TLDAKGHGVL EMPSGTGKTV SLLALIMAYQ RAYPLEVTKL IYCSRTVPEI EKVIEELRK LLNFYEKQEG EKLPFLGLAL SSRKNLCIHP EVTPLRFGKD VDGKCHSLTA SYVRAQYQHD TSLPHCRFYE E FDAHGREV ...文字列:
MKLNVDGLLV YFPYDYIYPE QFSYMRELKR TLDAKGHGVL EMPSGTGKTV SLLALIMAYQ RAYPLEVTKL IYCSRTVPEI EKVIEELRK LLNFYEKQEG EKLPFLGLAL SSRKNLCIHP EVTPLRFGKD VDGKCHSLTA SYVRAQYQHD TSLPHCRFYE E FDAHGREV PLPAGIYNLD DLKALGRRQG WCPYFLARYS ILHANVVVYS YHYLLDPKIA DLVSKELARK AVVVFDEAHN ID NVCIDSM SVNLTRRTLD RCQGNLETLQ KTVLRIKETD EQRLRDEYRR LVEGLREASA ARETDAHLAN PVLPDEVLQE AVP GSIRTA EHFLGFLRRL LEYVKWRLRV QHVVQESPPA FLSGLAQRVC IQRKPLRFCA ERLRSLLHTL EITDLADFSP LTLL ANFAT LVSTYAKGFT IIIEPFDDRT PTIANPILHF SCMDASLAIK PVFERFQSVI ITSGTLSPLD IYPKILDFHP VTMAT FTMT LARVCLCPMI IGRGNDQVAI SSKFETREDI AVIRNYGNLL LEMSAVVPDG IVAFFTSYQY MESTVASWYE QGILEN IQR NKLLFIETQD GAETSVALEK YQEACENGRG AILLSVARGK VSEGIDFVHH YGRAVIMFGV PYVYTQSRIL KARLEYL RD QFQIRENDFL TFDAMRHAAQ CVGRAIRGKT DYGLMVFADK RFARGDKRGK LPRWIQEHLT DANLNLTVDE GVQVAKYF L RQMAQPFHRE DQLGLSLLSL EQLESEETLK RIEQIAQQL

UniProtKB: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD

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分子 #3: General transcription factor IIH subunit 2

分子名称: General transcription factor IIH subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.481996 KDa
配列文字列: MDEEPERTKR WEGGYERTWE ILKEDESGSL KATIEDILFK AKRKRVFEHH GQVRLGMMRH LYVVVDGSRT MEDQDLKPNR LTCTLKLLE YFVEEYFDQN PISQIGIIVT KSKRAEKLTE LSGNPRKHIT SLKKAVDMTC HGEPSLYNSL SIAMQTLKHM P GHTSREVL ...文字列:
MDEEPERTKR WEGGYERTWE ILKEDESGSL KATIEDILFK AKRKRVFEHH GQVRLGMMRH LYVVVDGSRT MEDQDLKPNR LTCTLKLLE YFVEEYFDQN PISQIGIIVT KSKRAEKLTE LSGNPRKHIT SLKKAVDMTC HGEPSLYNSL SIAMQTLKHM P GHTSREVL IIFSSLTTCD PSNIYDLIKT LKAAKIRVSV IGLSAEVRVC TVLARETGGT YHVILDESHY KELLTHHVSP PP ASSSSEC SLIRMGFPQH TIASLSDQDA KPSFSMAHLD GNTEPGLTLG GYFCPQCRAK YCELPVECKI CGLTLVSAPH LAR SYHHLF PLDAFQEIPL EEYNGERFCY GCQGELKDQH VYVCAVCQNV FCVDCDVFVH DSLHCCPGCI HKIPAPSGV

UniProtKB: General transcription factor IIH subunit 2

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分子 #4: General transcription factor IIH subunit 5

分子名称: General transcription factor IIH subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.060362 KDa
配列文字列:
MVNVLKGVLI ECDPAMKQFL LYLDESNALG KKFIIQDIDD THVFVIAELV NVLQERVGEL MDQNAFSLTQ K

UniProtKB: General transcription factor IIH subunit 5

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分子 #5: General transcription factor IIH subunit 4

分子名称: General transcription factor IIH subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.245156 KDa
配列文字列: MESTPSRGLN RVHLQCRNLQ EFLGGLSPGV LDRLYGHPAT CLAVFRELPS LAKNWVMRML FLEQPLPQAA VALWVKKEFS KAQEESTGL LSGLRIWHTQ LLPGGLQGLI LNPIFRQNLR IALLGGGKAW SDDTSQLGPD KHARDVPSLD KYAEERWEVV L HFMVGSPS ...文字列:
MESTPSRGLN RVHLQCRNLQ EFLGGLSPGV LDRLYGHPAT CLAVFRELPS LAKNWVMRML FLEQPLPQAA VALWVKKEFS KAQEESTGL LSGLRIWHTQ LLPGGLQGLI LNPIFRQNLR IALLGGGKAW SDDTSQLGPD KHARDVPSLD KYAEERWEVV L HFMVGSPS AAVSQDLAQL LSQAGLMKST EPGEPPCITS AGFQFLLLDT PAQLWYFMLQ YLQTAQSRGM DLVEILSFLF QL SFSTLGK DYSVEGMSDS LLNFLQHLRE FGLVFQRKRK SRRYYPTRLA INLSSGVSGA GGTVHQPGFI VVETNYRLYA YTE SELQIA LIALFSEMLY RFPNMVVAQV TRESVQQAIA SGITAQQIIH FLRTRAHPVM LKQTPVLPPT ITDQIRLWEL ERDR LRFTE GVLYNQFLSQ VDFELLLAHA RELGVLVFEN SAKRLMVVTP AGHSDVKRFW KRQKHSS

UniProtKB: General transcription factor IIH subunit 4

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分子 #6: General transcription factor IIH subunit 3

分子名称: General transcription factor IIH subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.416008 KDa
配列文字列: MVSDEDELNL LVIVVDANPI WWGKQALKES QFTLSKCIDA VMVLGNSHLF MNRSNKLAVI ASHIQESRFL YPGKNGRLGD FFGDPGNPP EFNPSGSKDG KYELLTSANE VIVEEIKDLM TKSDIKGQHT ETLLAGSLAK ALCYIHRMNK EVKDNQEMKS R ILVIKAAE ...文字列:
MVSDEDELNL LVIVVDANPI WWGKQALKES QFTLSKCIDA VMVLGNSHLF MNRSNKLAVI ASHIQESRFL YPGKNGRLGD FFGDPGNPP EFNPSGSKDG KYELLTSANE VIVEEIKDLM TKSDIKGQHT ETLLAGSLAK ALCYIHRMNK EVKDNQEMKS R ILVIKAAE DSALQYMNFM NVIFAAQKQN ILIDACVLDS DSGLLQQACD ITGGLYLKVP QMPSLLQYLL WVFLPDQDQR SQ LILPPPV HVDYRAACFC HRNLIEIGYV CSVCLSIFCN FSPICTTCET AFKISLPPVL KAKKKKLKVS A

UniProtKB: General transcription factor IIH subunit 3

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分子 #7: scp-X

分子名称: scp-X / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 5.879866 KDa
配列文字列:
(DA)(DT)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DA)(DG) (DA)(DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)

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分子 #8: scp-Y

分子名称: scp-Y / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.071922 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT) (DC)(DT)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV)..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 27500
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

2308

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4beta) / 使用した粒子像数: 219771
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-5ivw:
Human core TFIIH bound to DNA within the PIC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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