[日本語] English
万見
- EMDB-8066: HKU1 spike with attached foldon domain and wild-type furin-cleava... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8066
タイトルHKU1 spike with attached foldon domain and wild-type furin-cleavage site
マップデータNone
試料
  • 複合体: HKU1 spike with attached foldon domain and wild-type furin-cleavage site
    • タンパク質・ペプチド: HKU1 spike with attached foldon domain and wild-type furin-cleavage site
生物種Human coronavirus HKU1 (isolate N5) (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Kirchdoerfer RN / Cottrell CA / Wang N / Pallesen J / Yassine HM / Turner HL / Corbett KS / Graham BS / McLellan JS / Ward AB
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Pre-fusion structure of a human coronavirus spike protein.
著者: Robert N Kirchdoerfer / Christopher A Cottrell / Nianshuang Wang / Jesper Pallesen / Hadi M Yassine / Hannah L Turner / Kizzmekia S Corbett / Barney S Graham / Jason S McLellan / Andrew B Ward /
要旨: HKU1 is a human betacoronavirus that causes mild yet prevalent respiratory disease, and is related to the zoonotic SARS and MERS betacoronaviruses, which have high fatality rates and pandemic ...HKU1 is a human betacoronavirus that causes mild yet prevalent respiratory disease, and is related to the zoonotic SARS and MERS betacoronaviruses, which have high fatality rates and pandemic potential. Cell tropism and host range is determined in part by the coronavirus spike (S) protein, which binds cellular receptors and mediates membrane fusion. As the largest known class I fusion protein, its size and extensive glycosylation have hindered structural studies of the full ectodomain, thus preventing a molecular understanding of its function and limiting development of effective interventions. Here we present the 4.0 Å resolution structure of the trimeric HKU1 S protein determined using single-particle cryo-electron microscopy. In the pre-fusion conformation, the receptor-binding subunits, S1, rest above the fusion-mediating subunits, S2, preventing their conformational rearrangement. Surprisingly, the S1 C-terminal domains are interdigitated and form extensive quaternary interactions that occlude surfaces known in other coronaviruses to bind protein receptors. These features, along with the location of the two protease sites known to be important for coronavirus entry, provide a structural basis to support a model of membrane fusion mediated by progressive S protein destabilization through receptor binding and proteolytic cleavage. These studies should also serve as a foundation for the structure-based design of betacoronavirus vaccine immunogens.
履歴
登録2016年2月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年2月24日-
マップ公開2016年3月9日-
更新2018年7月18日-
現状2018年7月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5.62
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5.62
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8066.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8066.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.05 Å/pix.
x 192 pix.
= 393.6 Å		2.05 Å/pix.
x 192 pix.
= 393.6 Å		2.05 Å/pix.
x 192 pix.
= 393.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.62 / ムービー #1: 5.62
最小 - 最大-5.742698 - 12.012983
平均 (標準偏差)0.000000002181178 (±0.8641017)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-96-96-96
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 393.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.052.052.05
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z393.600393.600393.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-96-96-96
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-5.74312.0130.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : HKU1 spike with attached foldon domain and wild-type furin-cleava...

全体名称: HKU1 spike with attached foldon domain and wild-type furin-cleavage site
要素
  • 複合体: HKU1 spike with attached foldon domain and wild-type furin-cleavage site
    • タンパク質・ペプチド: HKU1 spike with attached foldon domain and wild-type furin-cleavage site

-
超分子 #1: HKU1 spike with attached foldon domain and wild-type furin-cleava...

超分子名称: HKU1 spike with attached foldon domain and wild-type furin-cleavage site
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human coronavirus HKU1 (isolate N5) (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: FreeStyle 293F / 組換プラスミド: pVRC8400
分子量理論値: 420 KDa

-
分子 #1: HKU1 spike with attached foldon domain and wild-type furin-cleava...

分子名称: HKU1 spike with attached foldon domain and wild-type furin-cleavage site
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human coronavirus HKU1 (isolate N5) (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VIGDFNCTNS FINDYNKTIP RISEDVVDVS LGLGTYYVLN RVYLNTTLLF TGYFPKSGAN FRDLALKGSI YLSTLWYKPP FLSDFNNGIF SKVKNTKLYV NNTLYSEFST IVIGSVFVNT SYTIVVQPHN GILEITACQY TMCEYPHTVC KSKGSIRNES WHIDSSEPLC ...文字列:
VIGDFNCTNS FINDYNKTIP RISEDVVDVS LGLGTYYVLN RVYLNTTLLF TGYFPKSGAN FRDLALKGSI YLSTLWYKPP FLSDFNNGIF SKVKNTKLYV NNTLYSEFST IVIGSVFVNT SYTIVVQPHN GILEITACQY TMCEYPHTVC KSKGSIRNES WHIDSSEPLC LFKKNFTYNV SADWLYFHFY QERGVFYAYY ADVGMPTTFL FSLYLGTILS HYYVMPLTCN AISSNTDNET LEYWVTPLSR RQYLLNFDEH GVITNAVDCS SSFLSEIQCK TQSFAPNTGV YDLSGFTVKP VATVYRRIPN LPDCDIDNWL NNVSVPSPLN WERRIFSNCN FNLSTLLRLV HVDSFSCNNL DKSKIFGSCF NSITVDKFAI PNRRRDDLQL GSSGFLQSSN YKIDISSSSC QLYYSLPLVN VTINNFNPSS WNRRYGFGSF NLSSYDVVYS DHCFSVNSDF CPCADPSVVN SCAKSKPPSA ICPAGTKYRH CDLDTTLYVK NWCRCSCLPD PISTYSPNTC PQKKVVVGIG EHCPGLGINE EKCGTQLNHS SCFCSPDAFL GWSFDSCISN NRCNIFSNFI FNGINSGTTC SNDLLYSNTE ISTGVCVNYD LYGITGQGIF KEVSAAYYNN WQNLLYDSNG NIIGFKDFLT NKTYTILPCY SGRVSAAFYQ NSSSPALLYR NLKCSYVLNN ISFISQPFYF DSYLGCVLNA VNLTSYSVSS CDLRMGSGFC IDYALPSSRR KRRGISSPYR FVTFEPFNVS FVNDSVETVG GLFEIQIPTN FTIAGHEEFI QTSSPKVTID CSAFVCSNYA ACHDLLSEYG TFCDNINSIL NEVNDLLDIT QLQVANALMQ GVTLSSNLNT NLHSDVDNID FKSLLGCLGS QCGSSSRSLL EDLLFNKVKL SDVGFVEAYN NCTGGSEIRD LLCVQSFNGI KVLPPILSET QISGYTTAAT VAAMFPPWSA AAGVPFSLNV QYRINGLGVT MDVLNKNQKL IANAFNKALL SIQNGFTATN SALAKIQSVV NANAQALNSL LQQLFNKFGA ISSSLQEILS RLDNLEAQVQ IDRLINGRLT ALNAYVSQQL SDITLIKAGA SRAIEKVNEC VKSQSPRINF CGNGNHILSL VQNAPYGLLF IHFSYKPTSF KTVLVSPGLC LSGDRGIAPK QGYFIKQNDS WMFTGSSYYY PEPISDKNVV FMNSCSVNFT KAPFIYLNNS IPNLSDFEAE LSLWFKNHTS IAPGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGLEVLFQ

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMNaClsodium chloride
2.0 mMC4H11NO3Tris
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate
詳細: 3uL sample was applied to grid for 30 seconds and then blotted. Grids were stained with 3uL 1% uranyl formate for 60 seconds followed by blotting.
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 123 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 28.0 e/Å2
詳細: Images were collected using Legionon and processed using Appion.
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 14179
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Initial model was generated with EMAN2 using a selection of 2D classifications.
最終 再構成使用したクラス数: 120 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN1 / ソフトウェア - 詳細: refine / 使用した粒子像数: 10039
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Number reference projections: 120
ソフトウェア - 名称: EMAN2
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 3次元分類クラス数: 120 / 平均メンバー数/クラス: 50 / ソフトウェア - 名称: IMAGIC / ソフトウェア - 詳細: MRA

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る