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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7986 | |||||||||
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タイトル | Class 4 IP3-bound human type 3 1,4,5-inositol trisphosphate receptor | |||||||||
![]() | Class 4 IP3-bound human type 3 1,4,5-inositol trisphosphate receptor | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() sensory perception of bitter taste / DAG and IP3 signaling / inositol 1,3,4,5 tetrakisphosphate binding / sensory perception of umami taste / inositol 1,4,5-trisphosphate-gated calcium channel activity / sensory perception of sweet taste / platelet dense tubular network membrane / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / Effects of PIP2 hydrolysis / PLC beta mediated events ...sensory perception of bitter taste / DAG and IP3 signaling / inositol 1,3,4,5 tetrakisphosphate binding / sensory perception of umami taste / inositol 1,4,5-trisphosphate-gated calcium channel activity / sensory perception of sweet taste / platelet dense tubular network membrane / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / Effects of PIP2 hydrolysis / PLC beta mediated events / inositol hexakisphosphate binding / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / nuclear outer membrane / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / intracellularly gated calcium channel activity / brush border / Role of phospholipids in phagocytosis / calcium ion homeostasis / release of sequestered calcium ion into cytosol / Ion homeostasis / FCERI mediated Ca+2 mobilization / phosphatidylinositol binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / secretory granule membrane / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / VEGFR2 mediated cell proliferation / sarcoplasmic reticulum / Regulation of insulin secretion / long-term synaptic potentiation / memory / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / response to calcium ion / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / sensory perception of taste / apical part of cell / myelin sheath / Ca2+ pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / protein homotetramerization / receptor complex / G protein-coupled receptor signaling pathway / neuronal cell body / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / nucleolus / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.01 Å | |||||||||
![]() | Hite RK / Paknejad N | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the regulation of inositol trisphosphate receptors by Ca and IP. 著者: Navid Paknejad / Richard K Hite / ![]() 要旨: Inositol trisphosphate receptors (IPRs) are ubiquitous Ca-permeable channels that mediate release of Ca from the endoplasmic reticulum, thereby regulating numerous processes including cell division, ...Inositol trisphosphate receptors (IPRs) are ubiquitous Ca-permeable channels that mediate release of Ca from the endoplasmic reticulum, thereby regulating numerous processes including cell division, cell death, differentiation and fertilization. IPRs are jointly activated by inositol trisphosphate (IP) and their permeant ion, Ca. At high concentrations, however, Ca inhibits activity, ensuring precise spatiotemporal control over intracellular Ca. Despite extensive characterization of IPR, the mechanisms through which these molecules control channel gating have remained elusive. Here, we present structures of full-length human type 3 IPRs in ligand-bound and ligand-free states. Multiple IP-bound structures demonstrate that the large cytoplasmic domain provides a platform for propagation of long-range conformational changes to the ion-conduction gate. Structures in the presence of Ca reveal two Ca-binding sites that induce the disruption of numerous interactions between subunits, thereby inhibiting IPR. These structures thus provide a mechanistic basis for beginning to understand the regulation of IPR. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 200.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.5 KB 18.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 137 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6dqzMC ![]() 7978C ![]() 7979C ![]() 7980C ![]() 7981C ![]() 7982C ![]() 7983C ![]() 7984C ![]() 7985C ![]() 7987C ![]() 7988C ![]() 7989C ![]() 7990C ![]() 7991C ![]() 7992C ![]() 7993C ![]() 7994C ![]() 7995C ![]() 7996C ![]() 6dqjC ![]() 6dqnC ![]() 6dqsC ![]() 6dqvC ![]() 6dr0C ![]() 6dr2C ![]() 6draC ![]() 6drcC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Class 4 IP3-bound human type 3 1,4,5-inositol trisphosphate receptor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.088 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : human type 3 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor
全体 | 名称: human type 3 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor |
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要素 |
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-超分子 #1: human type 3 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor
超分子 | 名称: human type 3 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 3
分子 | 名称: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 304.488688 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MSEMSSFLHI GDIVSLYAEG SVNGFISTLG LVDDRCVVEP AAGDLDNPPK KFRDCLFKVC PMNRYSAQKQ YWKAKQTKQD KEKIADVVL LQKLQHAAQM EQKQNDTENK KVHGDVVKYG SVIQLLHMKS NKYLTVNKRL PALLEKNAMR VTLDATGNEG S WLFIQPFW ...文字列: MSEMSSFLHI GDIVSLYAEG SVNGFISTLG LVDDRCVVEP AAGDLDNPPK KFRDCLFKVC PMNRYSAQKQ YWKAKQTKQD KEKIADVVL LQKLQHAAQM EQKQNDTENK KVHGDVVKYG SVIQLLHMKS NKYLTVNKRL PALLEKNAMR VTLDATGNEG S WLFIQPFW KLRSNGDNVV VGDKVILNPV NAGQPLHASN YELSDNAGCK EVNSVNCNTS WKINLFMQFR DHLEEVLKGG DV VRLFHAE QEKFLTCDEY KGKLQVFLRT TLRQSATSAT SSNALWEVEV VHHDPCRGGA GHWNGLYRFK HLATGNYLAA EEN PSYKGD ASDPKAAGMG AQGRTGRRNA GEKIKYCLVA VPHGNDIASL FELDPTTLQK TDSFVPRNSY VRLRHLCTNT WIQS TNVPI DIEEERPIRL MLGTCPTKED KEAFAIVSVP VSEIRDLDFA NDASSMLASA VEKLNEGFIS QNDRRFVIQL LEDLV FFVS DVPNNGQNVL DIMVTKPNRE RQKLMREQNI LKQVFGILKA PFREKGGEGP LVRLEELSDQ KNAPYQHMFR LCYRVL RHS QEDYRKNQEH IAKQFGMMQS QIGYDILAED TITALLHNNR KLLEKHITKT EVETFVSLVR KNREPRFLDY LSDLCVS NH IAIPVTQELI CKCVLDPKNS DILIRTELRP VKEMAQSHEY LSIEYSEEEV WLTWTDKNNE HHEKSVRQLA QEARAGNA H DENVLSYYRY QLKLFARMCL DRQYLAIDEI SQQLGVDLIF LCMADEMLPF DLRASFCHLM LHVHVDRDPQ ELVTPVKFA RLWTEIPTAI TIKDYDSNLN ASRDDKKNKF ANTMEFVEDY LNNVVSEAVP FANEEKNKLT FEVVSLAHNL IYFGFYSFSE LLRLTRTLL GIIDCVQGPP AMLQAYEDPG GKNVRRSIQG VGHMMSTMVL SRKQSVFSAP SLSAGASAAE PLDRSKFEEN E DIVVMETK LKILEILQFI LNVRLDYRIS YLLSVFKKEF VEVFPMQDSG ADGTAPAFDS TTANMNLDRI GEQAEAMFGV GK TSSMLEV DDEGGRMFLR VLIHLTMHDY APLVSGALQL LFKHFSQRQE AMHTFKQVQL LISAQDVENY KVIKSELDRL RTM VEKSEL WVDKKGSGKG EEVEAGAAKD KKERPTDEEG FLHPPGEKSS ENYQIVKGIL ERLNKMCGVG EQMRKKQQRL LKNM DAHKV MLDLLQIPYD KGDAKMMEIL RYTHQFLQKF CAGNPGNQAL LHKHLHLFLT PGLLEAETMQ HIFLNNYQLC SEISE PVLQ HFVHLLATHG RHVQYLDFLH TVIKAEGKYV KKCQDMIMTE LTNAGDDVVV FYNDKASLAH LLDMMKAARD GVEDHS PLM YHISLVDLLA ACAEGKNVYT EIKCTSLLPL EDVVSVVTHE DCITEVKMAY VNFVNHCYVD TEVEMKEIYT SNHIWTL FE NFTLDMARVC SKREKRVADP TLEKYVLSVV LDTINAFFSS PFSENSTSLQ THQTIVVQLL QSTTRLLECP WLQQQHKG S VEACIRTLAM VAKGRAILLP MDLDAHISSM LSSGASCAAA AQRNASSYKA TTRAFPRVTP TANQWDYKNI IEKLQDIIT ALEERLKPLV QAELSVLVDV LHWPELLFLE GSEAYQRCES GGFLSKLIQH TKDLMESEEK LCIKVLRTLQ QMLLKKTKYG DRGNQLRKM LLQNYLQNRK STSRGDLPDP IGTGLDPDWS AIAATQCRLD KEGATKLVCD LITSTKNEKI FQESIGLAIH L LDGGNTEI QKSFHNLMMS DKKSERFFKV LHDRMKRAQQ ETKSTVAVNM NDLGSQPHED REPVDPTTKG RVASFSIPGS SS RYSLGPS LRRGHEVSER VQSSEMGTSV LIMQPILRFL QLLCENHNRD LQNFLRCQNN KTNYNLVCET LQFLDIMCGS TTG GLGLLG LYINEDNVGL VIQTLETLTE YCQGPCHENQ TCIVTHESNG IDIITALILN DISPLCKYRM DLVLQLKDNA SKLL LALME SRHDSENAER ILISLRPQEL VDVIKKAYLQ EEERENSEVS PREVGHNIYI LALQLSRHNK QLQHLLKPVK RIQEE EAEG ISSMLSLNNK QLSQMLKSSA PAQEEEEDPL AYYENHTSQI EIVRQDRSME QIVFPVPGIC QFLTEETKHR LFTTTE QDE QGSKVSDFFD QSSFLHNEME WQRKLRSMPL IYWFSRRMTL WGSISFNLAV FINIIIAFFY PYMEGASTGV LDSPLIS LL FWILICFSIA ALFTKRYSIR PLIVALILRS IYYLGIGPTL NILGALNLTN KIVFVVSFVG NRGTFIRGYK AMVMDMEF L YHVGYILTSV LGLFAHELFY SILLFDLIYR EETLFNVIKS VTRNGRSILL TALLALILVY LFSIVGFLFL KDDFILEVD RLPNNHSTAS PLGMPHGAAA FVDTCSGDKM DCVSGLSVPE VLEEDRELDS TERACDTLLM CIVTVMNHGL RNGGGVGDIL RKPSKDESL FPARVVYDLL FFFIVIIIVL NLIFGVIIDT FADLRSEKQK KEEILKTTCF ICGLERDKFD NKTVSFEEHI K LEHNMWNY LYFIVLVRVK NKTDYTGPES YVAQMIKNKN LDWFPRMRAM SLVSNEGEGE QNEIRILQDK LNSTMKLVSH LT AQLNELK EQMTEQRKRR QRLGFVDVQN CISR |
-分子 #2: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #3: D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: I3P |
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分子量 | 理論値: 420.096 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-I3P: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 8 mg/mL | |||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: 150mM Nacl 50mM Tris-HCl, pH 8.0 2mM DTT 0.06% Digitonin 5mM EGTA 50 micromolar IP3 | |||||||||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 2 seconds prior to freezing. | |||||||||||||||||||||
詳細 | ligand-free human type 3 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor in detergent micelles |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7420 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7676 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4519 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 61.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 376.7 / 当てはまり具合の基準: map-to-model FSC |
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得られたモデル | ![]() PDB-6dqz: |