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- EMDB-7939: Integrin alpha-v beta-8 in complex with the Fabs 8B8 and 68 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7939
タイトルIntegrin alpha-v beta-8 in complex with the Fabs 8B8 and 68
マップデータHeadpiece map, 4.8 A resolution, sharpened with a B-factor of -144
試料
  • 複合体: Alpha-v Beta-8 Integrin in complex with the Fabs 68 and 8B8
    • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-v
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-8
    • タンパク質・ペプチド: 8B8 heavy chain Fab
    • タンパク質・ペプチド: 8B8 light chain Fab
    • タンパク質・ペプチド: 68 heavy chain Fab
    • タンパク質・ペプチド: 68 light chain Fab
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


ganglioside metabolic process / Langerhans cell differentiation / integrin alphav-beta6 complex / integrin alphav-beta8 complex / hard palate development / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / : / opsonin binding ...ganglioside metabolic process / Langerhans cell differentiation / integrin alphav-beta6 complex / integrin alphav-beta8 complex / hard palate development / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / : / opsonin binding / integrin alphav-beta1 complex / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / extracellular matrix protein binding / Laminin interactions / placenta blood vessel development / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / negative regulation of lipid transport / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / regulation of phagocytosis / Elastic fibre formation / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / transforming growth factor beta binding / filopodium membrane / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / extracellular matrix binding / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / cartilage development / apoptotic cell clearance / wound healing, spreading of epidermal cells / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of intracellular signal transduction / microvillus membrane / negative chemotaxis / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / cell-substrate adhesion / endodermal cell differentiation / positive regulation of osteoblast proliferation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / PECAM1 interactions / lamellipodium membrane / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / fibronectin binding / positive regulation of cell adhesion / ECM proteoglycans / voltage-gated calcium channel activity / vasculogenesis / Integrin cell surface interactions / coreceptor activity / specific granule membrane / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ERK1 and ERK2 cascade / phagocytic vesicle / substrate adhesion-dependent cell spreading / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cell-matrix adhesion / Signal transduction by L1 / integrin-mediated signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / calcium ion transmembrane transport / protein kinase C binding / response to virus / ruffle membrane / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cell-cell adhesion / positive regulation of angiogenesis / cell migration / integrin binding / virus receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / angiogenesis / protease binding / cell adhesion / positive regulation of cell migration / symbiont entry into host cell / immune response / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / cell surface / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha cytoplasmic region ...: / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha cytoplasmic region / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin alpha-V / Integrin beta-8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Cormier A / Campbell MG / Nishimura SL / Cheng Y
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54HL119893 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01HL134183 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01HL113032 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD020054 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM098672 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41CA196276 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of the αvβ8 integrin reveals a mechanism for stabilizing integrin extension.
著者: Anthony Cormier / Melody G Campbell / Saburo Ito / Shenping Wu / Jianlong Lou / James Marks / Jody L Baron / Stephen L Nishimura / Yifan Cheng /
要旨: Integrins are conformationally flexible cell surface receptors that survey the extracellular environment for their cognate ligands. Interactions with ligands are thought to be linked to global ...Integrins are conformationally flexible cell surface receptors that survey the extracellular environment for their cognate ligands. Interactions with ligands are thought to be linked to global structural rearrangements involving transitions between bent, extended-closed and extended-open forms. Thus far, structural details are lacking for integrins in the extended conformations due to extensive flexibility between the headpiece and legs in this conformation. Here we present single-particle electron cryomicroscopy structures of human αvβ8 integrin in the extended-closed conformation, which has been considered to be a low-affinity intermediate. Our structures show the headpiece rotating about a flexible αv knee, suggesting a ligand surveillance mechanism for integrins in their extended-closed form. Our model predicts that the extended conformation is mainly stabilized by an interface formed between flexible loops in the upper and lower domains of the αv leg. Confirming these findings with the αvβ3 integrin suggests that our model of stabilizing the extended-closed conformation is generalizable to other integrins.
履歴
登録2018年5月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年7月25日-
マップ公開2018年7月25日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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ムービー
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  • 表面レベル: 0.25
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  • 原子モデル: PDB-6djp
  • 表面レベル: 0.25
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7939.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7939.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Headpiece map, 4.8 A resolution, sharpened with a B-factor of -144
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.67 Å/pix.
x 256 pix.
= 427.52 Å		1.67 Å/pix.
x 256 pix.
= 427.52 Å		1.67 Å/pix.
x 256 pix.
= 427.52 Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.67 Å
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表面レベル登録者による: 0.25 / ムービー #1: 0.25
最小 - 最大-0.59391224 - 1.0694352
平均 (標準偏差)0.0007614384 (±0.016480777)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 427.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.671.671.67
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z427.520427.520427.520
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.5941.0690.001

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添付データ

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追加マップ: Conformation V, sharpened with a B-factor of -300

ファイルemd_7939_additional_1.map
注釈Conformation V, sharpened with a B-factor of -300
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ファイルemd_7939_additional_10.map
注釈Half-map 01 for headpiece map
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ファイルemd_7939_additional_11.map
注釈Half-map 02 for headpiece map
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ファイルemd_7939_additional_2.map
注釈Conformation I, sharpened with a B-factor of -300
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ファイルemd_7939_additional_3.map
注釈Conformation II, sharpened with a B-factor of -300
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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ファイルemd_7939_additional_4.map
注釈Conformation III, sharpened with a B-factor of -300
投影像・断面図
軸ZYX

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ファイルemd_7939_additional_5.map
注釈Conformation IV, sharpened with a B-factor of -300
投影像・断面図
軸ZYX

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追加マップ: Conformation VI, sharpened with a B-factor of -300

ファイルemd_7939_additional_6.map
注釈Conformation VI, sharpened with a B-factor of -300
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ファイルemd_7939_additional_7.map
注釈Full map, 6.4 A resolution, sharpened with a B-factor of -146
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ファイルemd_7939_additional_8.map
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ファイルemd_7939_additional_9.map
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試料の構成要素

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全体 : Alpha-v Beta-8 Integrin in complex with the Fabs 68 and 8B8

全体名称: Alpha-v Beta-8 Integrin in complex with the Fabs 68 and 8B8
要素
  • 複合体: Alpha-v Beta-8 Integrin in complex with the Fabs 68 and 8B8
    • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-v
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-8
    • タンパク質・ペプチド: 8B8 heavy chain Fab
    • タンパク質・ペプチド: 8B8 light chain Fab
    • タンパク質・ペプチド: 68 heavy chain Fab
    • タンパク質・ペプチド: 68 light chain Fab
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Alpha-v Beta-8 Integrin in complex with the Fabs 68 and 8B8

超分子名称: Alpha-v Beta-8 Integrin in complex with the Fabs 68 and 8B8
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 312 KDa

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分子 #1: Integrin alpha-v

分子名称: Integrin alpha-v / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 106.758266 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: FNLDVDSPAE YSGPEGSYFG FAVDFFVPSA SSRMFLLVGA PKANTTQPGI VEGGQVLKCD WSSTRRCQPI EFDATGNRDY AKDDPLEFK SHQWFGASVR SKQDKILACA PLYHWRTEMK QEREPVGTCF LQDGTKTVEY APCRSQDIDA DGQGFCQGGF S IDFTKADR ...文字列:
FNLDVDSPAE YSGPEGSYFG FAVDFFVPSA SSRMFLLVGA PKANTTQPGI VEGGQVLKCD WSSTRRCQPI EFDATGNRDY AKDDPLEFK SHQWFGASVR SKQDKILACA PLYHWRTEMK QEREPVGTCF LQDGTKTVEY APCRSQDIDA DGQGFCQGGF S IDFTKADR VLLGGPGSFY WQGQLISDQV AEIVSKYDPN VYSIKYNNQL ATRTAQAIFD DSYLGYSVAV GDFNGDGIDD FV SGVPRAA RTLGMVYIYD GKNMSSLYNF TGEQMAAYFG FSVAATDING DDYADVFIGA PLFMDRGSDG KLQEVGQVSV SLQ RASGDF QTTKLNGFEV FARFGSAIAP LGDLDQDGFN DIAIAAPYGG EDKKGIVYIF NGRSTGLNAV PSQILEGQWA ARSM PPSFG YSMKGATDID KNGYPDLIVG AFGVDRAILY RARPVITVNA GLEVYPSILN QDNKTCSLPG TALKVSCFNV RFCLK ADGK GVLPRKLNFQ VELLLDKLKQ KGAIRRALFL YSRSPSHSKN MTISRGGLMQ CEELIAYLRD ESEFRDKLTP ITIFME YRL DYRTAADTTG LQPILNQFTP ANISRQAHIL LDCGEDNVCK PKLEVSVDSD QKKIYIGDDN PLTLIVKAQN QGEGAYE AE LIVSIPLQAD FIGVVRNNEA LARLSCAFKT ENQTRQVVCD LGNPMKAGTQ LLAGLRFSVH QQSEMDTSVK FDLQIQSS N LFDKVSPVVS HKVDLAVLAA VEIRGVSSPD HVFLPIPNWE HKENPETEED VGPVVQHIYE LRNNGPSSFS KAMLHLQWP YKYNNNTLLY ILHYDIDGPM NCTSDMEINP LRIKISSLQT TEKNDTVAGQ GERDHLITKR DLALSEGDIH TLGCGVAQCL KIVCQVGRL DRGKSAILYV KSLLWTETFM NKENQNHSYS LKSSASFNVI EFPYKNLPIE DITNSTLVTT NVTWGIQPAP M PVPVW

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分子 #2: Integrin beta-8

分子名称: Integrin beta-8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 70.837234 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EDNRCASSNA ASCARCLALG PECGWCVQED FISGGSRSER CDIVSNLISK GCSVDSIEYP SVHVIIPTEN EINTQVTPGE VSIQLRPGA EANFMLKVHP LKKYPVDLYY LVDVSASMHN NIEKLNSVGN DLSRKMAFFS RDFRLGFGSY VDKTVSPYIS I HPERIHNQ ...文字列:
EDNRCASSNA ASCARCLALG PECGWCVQED FISGGSRSER CDIVSNLISK GCSVDSIEYP SVHVIIPTEN EINTQVTPGE VSIQLRPGA EANFMLKVHP LKKYPVDLYY LVDVSASMHN NIEKLNSVGN DLSRKMAFFS RDFRLGFGSY VDKTVSPYIS I HPERIHNQ CSDYNLDCMP PHGYIHVLSL TENITEFEKA VHRQKISGNI DTPEGGFDAM LQAAVCESHI GWRKEAKRLL LV MTDQTSH LALDSKLAGI VVPNDGNCHL KNNVYVKSTT MEHPSLGQLS EKLIDNNINV IFAVQGKQFH WYKDLLPLLP GTI AGEIES KAANLNNLVV EAYQKLISEV KVQVENQVQG IYFNITAICP DGSRKPGMEG CRNVTSNDEV LFNVTVTMKK CDVT GGKNY AIIKPIGFNE TAKIHIHRNC SCQCEDNRGP KGKCVDETFL DSKCFQCDEN KCHFDEDQFS SESCKSHKDQ PVCSG RGVC VCGKCSCHKI KLGKVYGKYC EKDDFSCPYH HGNLCAGHGE CEAGRCQCFS GWEGDRCQCP SAAAQHCVNS KGQVCS GRG TCVCGRCECT DPRSIGRFCE HCPTCYTACK ENWNCMQCLH PHNLSQAILD QCKTSCALME QQHYVDQTSE CFSSPS

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分子 #3: 8B8 heavy chain Fab

分子名称: 8B8 heavy chain Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.314826 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: EVQLVESGPG LVKPSQSLSL TCSVTGYYIT SSYYWNWIRQ FPGNELEWMG YISYDGSNSY NPSLKNRISI TRDTSKNQFF LKLNSVTTE DIATYFCVRE DYDSFDYWGQ GTTLTVSSAK TTAPSVYPLA PVCGDTTGSS VTLGCLVKGY FPEPVTLTWN S GSLSSGVH ...文字列:
EVQLVESGPG LVKPSQSLSL TCSVTGYYIT SSYYWNWIRQ FPGNELEWMG YISYDGSNSY NPSLKNRISI TRDTSKNQFF LKLNSVTTE DIATYFCVRE DYDSFDYWGQ GTTLTVSSAK TTAPSVYPLA PVCGDTTGSS VTLGCLVKGY FPEPVTLTWN S GSLSSGVH TFPAVLQSDL YTLSSSVTVT SSTWPSQSIT CNVAHPASST KVDKK

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分子 #4: 8B8 light chain Fab

分子名称: 8B8 light chain Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.241596 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: EIVLTQSPAI MSAFPGEKVT MTCSASSSVS YIHWYQQKSG TSPKRWIYDT SKLASGVPAR FSGSGSGTSY SLTISSMEAE DAATYYCHQ WTSNPATFGG GTKLEIKAAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK ...文字列:
EIVLTQSPAI MSAFPGEKVT MTCSASSSVS YIHWYQQKSG TSPKRWIYDT SKLASGVPAR FSGSGSGTSY SLTISSMEAE DAATYYCHQ WTSNPATFGG GTKLEIKAAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK DSTYSMSSTL TLTKDEYERH NSYTCEATHK TSTSPIVKSF NRNEC

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分子 #5: 68 heavy chain Fab

分子名称: 68 heavy chain Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 22.680303 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EVQLQQSGAE LMKPGASVKI SCKATGYTFS TYWIEWIKQR PGHGLEWIGD ILPGSGTTNY NEKFKGRATV TADRSSNTAY MQLSSLTSE DSAVYYCARW GWDSYWGQGT LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP EPVTVSWNSG A LTSGVHTF ...文字列:
EVQLQQSGAE LMKPGASVKI SCKATGYTFS TYWIEWIKQR PGHGLEWIGD ILPGSGTTNY NEKFKGRATV TADRSSNTAY MQLSSLTSE DSAVYYCARW GWDSYWGQGT LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP EPVTVSWNSG A LTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKK

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分子 #6: 68 light chain Fab

分子名称: 68 light chain Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.420795 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: DIEMTQSPSS LSASLGDRVT ISCSASQGIS NYLNWYQQKP DGTVKLLIYY TSSLHSGVPS RFSGSGSGTD YSLTISNLEP EDIATYYCQ QYSELPYTFG GGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIEMTQSPSS LSASLGDRVT ISCSASQGIS NYLNWYQQKP DGTVKLLIYY TSSLHSGVPS RFSGSGSGTD YSLTISNLEP EDIATYYCQ QYSELPYTFG GGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 713 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 41.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Cryosparc Ab Initio Model used as Initial Model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11) / 使用した粒子像数: 17442
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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