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万見
- EMDB-7885: BG505 MD64 N332-GT5 SOSIP trimer in complex with BG18-like precur... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7885
タイトルBG505 MD64 N332-GT5 SOSIP trimer in complex with BG18-like precursor HMP42 fragment antigen binding and base-binding RM20A3 fragment antigen binding
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: BG505 MD64 N332-GT5 SOSIP trimer in complex with BG18-like precursor HMP42 fragment antigen binding and base-binding RM20A3 fragment antigen binding
    • 複合体: BG505 MD64 N332-GT5 SOSIP trimer
      • タンパク質・ペプチド: BG505 MD64 N332-GT5 SOSIP
    • 複合体: HMP42 fragment antigen binding
      • タンパク質・ペプチド: BG18-like precursor HMP42 fragment antigen binding heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: BG18-like precursor HMP42 fragment antigen binding light chain
    • 複合体: RM20A3 fragment antigen binding
      • タンパク質・ペプチド: RM20A3 fragment antigen binding light chain
      • タンパク質・ペプチド: RM20A3 fragment antigen binding heavy chain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Macaca mulatta (アカゲザル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者Torres JL / Ozorowski G / Steichen JM / Schief WR / Ward AB
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious DiseasesUM1 AI100663 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1084519 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: A generalized HIV vaccine design strategy for priming of broadly neutralizing antibody responses.
著者: Jon M Steichen / Ying-Cing Lin / Colin Havenar-Daughton / Simone Pecetta / Gabriel Ozorowski / Jordan R Willis / Laura Toy / Devin Sok / Alessia Liguori / Sven Kratochvil / Jonathan L Torres ...著者: Jon M Steichen / Ying-Cing Lin / Colin Havenar-Daughton / Simone Pecetta / Gabriel Ozorowski / Jordan R Willis / Laura Toy / Devin Sok / Alessia Liguori / Sven Kratochvil / Jonathan L Torres / Oleksandr Kalyuzhniy / Eleonora Melzi / Daniel W Kulp / Sebastian Raemisch / Xiaozhen Hu / Steffen M Bernard / Erik Georgeson / Nicole Phelps / Yumiko Adachi / Michael Kubitz / Elise Landais / Jeffrey Umotoy / Amanda Robinson / Bryan Briney / Ian A Wilson / Dennis R Burton / Andrew B Ward / Shane Crotty / Facundo D Batista / William R Schief /
要旨: Vaccine induction of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV remains a major challenge. Germline-targeting immunogens hold promise for initiating the induction of certain bnAb classes; yet for ...Vaccine induction of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV remains a major challenge. Germline-targeting immunogens hold promise for initiating the induction of certain bnAb classes; yet for most bnAbs, a strong dependence on antibody heavy chain complementarity-determining region 3 (HCDR3) is a major barrier. Exploiting ultradeep human antibody sequencing data, we identified a diverse set of potential antibody precursors for a bnAb with dominant HCDR3 contacts. We then developed HIV envelope trimer-based immunogens that primed responses from rare bnAb-precursor B cells in a mouse model and bound a range of potential bnAb-precursor human naïve B cells in ex vivo screens. Our repertoire-guided germline-targeting approach provides a framework for priming the induction of many HIV bnAbs and could be applied to most HCDR3-dominant antibodies from other pathogens.
履歴
登録2018年5月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年6月6日-
マップ公開2019年11月6日-
更新2019年12月18日-
現状2019年12月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6nfc
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7885.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7885.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 320 pix.
= 329.6 Å		1.03 Å/pix.
x 320 pix.
= 329.6 Å		1.03 Å/pix.
x 320 pix.
= 329.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.06765374 - 0.13547462
平均 (標準偏差)0.0000914945 (±0.0043334416)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 329.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z329.600329.600329.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0680.1350.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_7885_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_7885_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_7885_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BG505 MD64 N332-GT5 SOSIP trimer in complex with BG18-like precur...

全体名称: BG505 MD64 N332-GT5 SOSIP trimer in complex with BG18-like precursor HMP42 fragment antigen binding and base-binding RM20A3 fragment antigen binding
要素
  • 複合体: BG505 MD64 N332-GT5 SOSIP trimer in complex with BG18-like precursor HMP42 fragment antigen binding and base-binding RM20A3 fragment antigen binding
    • 複合体: BG505 MD64 N332-GT5 SOSIP trimer
      • タンパク質・ペプチド: BG505 MD64 N332-GT5 SOSIP
    • 複合体: HMP42 fragment antigen binding
      • タンパク質・ペプチド: BG18-like precursor HMP42 fragment antigen binding heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: BG18-like precursor HMP42 fragment antigen binding light chain
    • 複合体: RM20A3 fragment antigen binding
      • タンパク質・ペプチド: RM20A3 fragment antigen binding light chain
      • タンパク質・ペプチド: RM20A3 fragment antigen binding heavy chain

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超分子 #1: BG505 MD64 N332-GT5 SOSIP trimer in complex with BG18-like precur...

超分子名称: BG505 MD64 N332-GT5 SOSIP trimer in complex with BG18-like precursor HMP42 fragment antigen binding and base-binding RM20A3 fragment antigen binding
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
分子量理論値: 720 KDa

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超分子 #2: BG505 MD64 N332-GT5 SOSIP trimer

超分子名称: BG505 MD64 N332-GT5 SOSIP trimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: HEK293F

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超分子 #3: HMP42 fragment antigen binding

超分子名称: HMP42 fragment antigen binding / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: HEK293F

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超分子 #4: RM20A3 fragment antigen binding

超分子名称: RM20A3 fragment antigen binding / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: HEK293F

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分子 #1: BG505 MD64 N332-GT5 SOSIP

分子名称: BG505 MD64 N332-GT5 SOSIP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHEDIIS LWDQSLKPCV KLTPLCVTLQ CTNYAPKLRS MMRGEIKNCS FNMTTELRDK KQKVYSLFYR LDVVQINENQ GNRSNNSNKE YRLINCNTSA ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHEDIIS LWDQSLKPCV KLTPLCVTLQ CTNYAPKLRS MMRGEIKNCS FNMTTELRDK KQKVYSLFYR LDVVQINENQ GNRSNNSNKE YRLINCNTSA ITQACPKVSF EPIPIHYCAP AGFAILKCKD KKFNGTGPCP SVSTVQCTHG IKPVVSTQLL LNGSLAEEEV IIRSENITNN AKNILVQLNT PVQINCTRPS NNTVKSIRIG PGQAFYYFGD VLGHVRMAHC NISKATWNET LGKVVKQLRK HFGNNTIIRF AQSSGGDLEV TTHSFNCGGE FFYCNTSGLF NSTWISNTSV QGSNSTGSND SLILPCWIKQ IINMWQRIGQ AMYAPPIQGV IRCVSNITGL ILTRDGGSTN STTETFRPGG GDMRDNWRSE LYKYKVVKIE PLGVAPTRCK RRVVGRRRRR RAVGIGAVSL GFLGAAGSTM GAASMTLTVQ ARNLLSGIVQ QQSNLLRAPE PQQHLLKDTH WGIKQLQARV LAVEHYLRDQ QLLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALDGTKHHH HHH

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分子 #2: BG18-like precursor HMP42 fragment antigen binding heavy chain

分子名称: BG18-like precursor HMP42 fragment antigen binding heavy chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT GYYMHWVRQA PGQGLEWMGW INPNSGGTNY AQKFQGRVTM TRDTSISTAY MELSRLRSDD TAVYYCARDR GREWELESYY YYYYMDVWGK GTTVTVSS

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分子 #3: BG18-like precursor HMP42 fragment antigen binding light chain

分子名称: BG18-like precursor HMP42 fragment antigen binding light chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
SYELTQPPSV SVSPGQTARI TCSGDALPKQ YAYWYQQKPG QAPVLVIYKD SERPSGIPER FSGSSSGTTV TLTISGVQAE DEADYYCQSA DSSGTYVVFG GGTKLTVL

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分子 #4: RM20A3 fragment antigen binding light chain

分子名称: RM20A3 fragment antigen binding light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
配列文字列:
ALTQPPSVSG SPGQSVTISC TGTSSDIGSY NYVSWYQQHP GKAPKLMIYD VTQRPSGVSD RFSGSKSGNT ASLTISGLQA DDEADYYCSA YAGRQTFYIF GGGTRLTVLG QPKASPTVTL FPPSSEEL

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分子 #5: RM20A3 fragment antigen binding heavy chain

分子名称: RM20A3 fragment antigen binding heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
配列文字列:
EVQLVETGGG LVQPGGSLKL SCRASGYTFS SFAMSWVRQA PGKGLEWVSL INDRGGLTFY VDSVKGRFTI SRDNSKNTLS LQMHSLRDGD TAVYYCATGG MSSALQSSKY YFDFWGQGAL VTVSS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMTris
150.0 mMsodium chlorideNaCl
0.06 mMn-dodecyl beta-D-maltoside

詳細: Detergent (DDM) added immediately prior to grid preparation
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: Gatan Model 950 Advanced Plasma System
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 6 seconds blotting time.
詳細SEC purified complex

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2271 / 平均露光時間: 11.5 sec. / 平均電子線量: 50.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4zmj


詳細: PDB coordinates converted to low pass filtered map
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 154118
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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